食管裂孔疝主要是其並發症引起的臨床症狀需與其他疾病進行鑒別。
(1)急性心急梗死和心絞痛：食管裂孔疝的發病年齡也是冠心病的好發年齡，伴有反流性食管炎患者的胸痛可與心絞痛相似，可放射至左肩和左臂，含服硝酸甘油亦可緩解症狀。但一般反流性食管炎患者的胸痛部位較低，同時可有燒灼感，常於飽餐後和平臥時發生。心絞痛常位於中部胸骨後，常在體力活動後發生，很少燒灼感。有時上述兩種情況可同時存在，因從疝囊發出的迷走神經衝動可反射性地減少冠脈循環血流，誘發心絞痛，所以在作臨床分析時應考慮上述可能性。連續動態心電圖觀察及心肌酶檢測有助於鑒別診斷。
(2)下食管和賁門癌：易發生於老年人。癌組織浸潤食管下端可引起胃食管反流和吞咽困難，應警惕此病。
(3)慢性胃炎：可有上腹不適、反酸、燒心等症狀，內鏡及上消化道鋇餐檢查有助於鑒別。
(4)消化性潰瘍：抑酸治療效果明顯，與有症狀的食管裂孔疝治療後反應相似，上腹不適、反酸、燒心等症狀通常於空腹時發生，與體位變化無關。內鏡檢查可明確診斷。
(5)呼吸係統疾病：食管裂孔疝患者可出現咳嗽、咳痰、喘息、憋氣等呼吸係統疾病的症狀，X線CT檢查有助於鑒別診斷。
(6)膽道疾病：除上腹不適外，一般可有炎症性疾病的表現，如發熱、血白細胞增高、膽管結石伴膽管炎的患者多有黃疸，體檢右上腹可有局限性壓痛，血生化檢查、B 超及CT 掃描有助於鑒別診斷。
(7)胃穿孔：上腹呈持續性刀割樣疼痛，腹肌緊張，伴有或不伴有噯氣、反酸、惡心、嘔吐，但腹透無膈下液離氣體，鋇透可見膈上疝囊。
(8)滲出性胸膜炎：左下胸和左上腹明顯疼痛，左側胸呼吸音減弱，叩診濁音，X檢查示：左側胸腔積液，但胸部仔細聽診可聞及腸鳴，鋇餐檢查可發現胸內有充鋇的腸攀影。
(9)左側氣胸：心髒右移、心音遠弱，左上胸叩診呈鼓音，下胸叩診呈濁音， 語顫減弱，呼吸音減弱，胸透為左胸腔有氣液征，根據胸腔內有氣液征象，可與氣胸進行鑒別。叩診呈鼓音、語顫減弱、呼吸音減弱的區域多為胃疝入胸腔呈倒置的葫蘆狀，胃內充滿氣體致胃體極度擴大所致。
(10)腸梗阻：有腹痛腹脹、惡心、嘔吐、腸鳴消失，或有氣過水聲，多由於橫結腸疝入胸腔引起梗阻所致，鋇透胸腔有充鋇腸管。
(11)伴發疾病： Saint三聯征：指同時存在膈疝、膽石症和結腸憩室。有人稱此三聯征與老年、飲食過細所致便秘、腹壓增高有關。Casten 三聯征：指同時存在滑動型裂孔疝、膽囊疾患和十二指腸潰瘍或食管潰瘍。上述兩種三聯征的因果關係尚不明了，在鑒別診斷時應予以考慮。
