一、鑒別
1.食管巨細胞病毒(cytomegalovirus，CMV) 食管CMV感染常可伴有其他內髒感染，因此常可在胃、腸黏膜及黏膜下發現CMV。免疫重度抑製而長期存活的患者，CMV常可引起食管潰瘍，且易合並HSV、真菌及細菌感染。如果並發念珠菌感染或者胃酸反流，則患者常伴持續性食管疼痛。
2.水痘-帶狀皰疹病毒感染 水痘-帶狀皰疹病毒(varicetla-zostervirus，VZV)偶爾可在成年人導致食管的帶狀皰疹和在兒童導致食管出現水痘，一般能自愈。然而，在重度免疫抑製和免疫功能低下的患者，VZV可導致壞死性食管炎。食管中既可見到皰疹也可見到融合成片的壞死灶。食管刷取物和活檢標本中可見到HSV感染中類似的表現，但免疫組織學檢查可將兩類感染區分開來。在皮膚無帶狀皰疹的情況下，VZV感染可進一步導致內髒的播散性感染。對以前有VZV感染者可用ACV進行有效預防。
3.人類免疫缺陷病毒感染 食管可成為人類免疫缺陷病毒(human immune deficiency virus，HIV)感染的原發部位，可出現多個小潰瘍。臨床表現有發熱、腹瀉、吞咽疼痛及一過性的皮疹。
4.乳頭瘤病毒感染 乳頭瘤病毒(papillomavirus)可導致正常人鱗狀上皮長出疣和扁平濕疣。乳頭瘤病毒感染食管較肛門、會陰部少見，病變為皮膚疣和扁平濕疣的一種翻版。
診斷主要依靠組織病理學和免疫組化檢查。食管乳頭瘤病毒感染一般不需要進行治療，如果進行治療應用幹擾素大多有效。大的病變需在內鏡下進行摘除。
