一、鑒別
1.細菌性痢疾 由誌賀菌屬引起，腹瀉以膿血或黏液狀便較常見，量少，並常有裏急後重，多有寒熱。糞便鏡檢可發現大量膿細胞、紅細胞和吞噬細胞。嬰幼兒中毒型菌痢或非典型菌痢應以病原學診斷來鑒別。
2.霍亂 霍亂弧菌引起感染後，先發生劇烈的腹瀉而後嘔吐，很少惡心，嘔吐物及腹瀉大便呈米泔水樣，量多，無裏急後重，少數患者有少量血便。脫水重者常引起肌肉痛性痙攣，皮膚皺癟，體表溫度低於正常，鏡檢可發現運動極活潑的弧菌，應進一步作細菌培養鑒別。
3.副溶血弧菌性食物中毒 由副溶血性弧菌引起，主要因進食被該細菌汙染的食物(多與海產品有關)，起病急驟，先以畏寒、陣發性腹痛(上腹部絞痛)開始，相繼嘔吐腹瀉，多呈水樣便或血水樣便，多為同餐者先後發病，應進行細菌培養鑒別。
4.沙門菌食物中毒 進食被鼠傷寒沙門菌汙染食物引起。起病急，常伴有寒熱、腹痛、氣脹、惡心、嘔吐、腹瀉，呈水樣便並有惡臭，早期出現菌血症，多有同餐者集體發病。依靠病原學、血清學診斷鑒別。
5.病毒性腹瀉 由腸道病毒感染引起的腹瀉，其特點是高度傳染性。輪狀病毒、小圓病毒等感染早期有嘔吐，相繼腹瀉，多呈水樣便並有黏液，多發生在秋冬季。其他病毒性腹瀉多見於夏秋季，有惡心嘔吐，除消化道症狀外，常有呼吸道症狀，咽炎，並發輕癱，常累及頸肌、背肌。周歲內小兒多見有綠色水樣便或蛋花樣水便。抗生素治療一般無效，病程多在5～7天自愈。用血清學及病毒分離進一步鑒別。
6.空腸彎曲菌性腸炎 空腸彎曲菌引起輕症與病毒性腸炎相似，重症與潰瘍性結腸炎或克羅恩病相似。有發熱，腹瀉水樣或黏液樣便，有惡臭，呈膽汁色，重症有膿血便，似菌痢多在1周恢複。兒童患者常有腹絞痛，高熱時可發生驚厥。發病多與接觸家禽、家畜或飲用未消毒牛奶、生水有關。暗視野鏡檢可發現射箭樣活潑動力的彎曲菌，細菌培養進一步診斷。
7.耶爾森菌腸炎 多見於兒童發病，與食物、水汙染有關。腹痛、腹瀉、低熱、呈水樣便，可有敗血症，可並發結節性紅斑、假性闌尾炎、關節炎。細菌培養可進一步鑒別。
8.其他 應注意與賈第鞭毛蟲、阿米巴痢疾引起的腹瀉鑒別，糞便鏡檢可發現阿米巴原蟲或賈第鞭毛蟲。
