森林腦炎的症狀，患者會出現發熱，或者是伴有頭痛，全身肌肉疼痛以及食欲缺乏，惡心、嘔吐的症狀，同時有的患者可表現為意識障礙，精神損害等這些症狀。
（1）發熱一般起病2～3天發熱達高峰（39.5℃～41℃），大多數患者持續5～10天，然後階梯狀下降，經2～3天下降至正常。熱型多為稽留熱，部分患者可出現弛張熱、雙峰熱或不規則熱。
（2）全身中毒症狀高熱時伴頭痛、全身肌肉痛、無力、食欲缺乏、惡心、嘔吐等，並由於血管運動中樞的損害，患者還可出現麵部、頸部潮紅，結膜充血，脈搏緩慢。部分重症患者有心肌炎表現，常有心音低鈍、心率增快、心電圖檢查有T波改變。嚴重患者可以突然出現心功能不全，急性肺水腫等。
（3）意識障礙和精神損害約半數以上患者有不同程度神誌、意識變化，如昏睡、表情淡漠、意識模糊、昏迷，亦可出現譫妄和精神錯亂。
（4）腦膜受累的表現最常見的症狀是劇烈頭痛，以顳部及後枕部持續鈍痛多見，有時為爆炸性和搏動性，呈撕裂樣全頭痛，伴惡心、嘔吐、頸項強直、腦膜刺激征。一般持續5～10天，可和昏迷同時存在，當意識清醒後，還可持續存1周左右。
（5）肌肉癱瘓以頸肌及肩胛肌與上肢聯合癱瘓最多見，下肢肌肉和顏麵肌癱瘓較少，癱瘓多呈弛緩型，此與乙型腦炎不同。一般出現在病程第2～5天，大多數患者經2～3周後逐漸恢複，少數留有後遺症而出現肌肉萎縮，成為殘廢。由於頸肌和肩胛肌癱瘓而出現本病特有頭部下垂表現，肩胛肌癱瘓時，手臂呈搖擺無依狀態。
（6）神經係統損害的其他表現部分患者出現錐體外係統受損征，如震顫、不自主運動等。偶爾可見語言障礙、吞咽困難等延髓麻痹症狀，或中樞性麵神經和舌下神經的輕癱。
