在大致不變的情況下，真菌不會侵犯正常角膜，但當有眼外傷、長期局部使用抗生素、角膜炎症及幹眼症等情況時，非致病的真菌就可能變為致病菌，引起角膜繼發性真菌感染。真菌性角膜炎起病緩慢、病程長，病程可持續達2至3個月，常在發病數天內出現角膜潰瘍。因致病菌種不同，角膜潰瘍形態不一。盡管致病的真菌株有些是人類的寄生物,但絕大多數是存在於泥土中的,所以本病多見於農業性角膜外傷(樹枝、稻草、麥杆等擦傷)或剔除泥土、砂石等角膜異物後。常見的致病菌為曲黴菌，其次是鐮刀菌、白色念珠菌、頭芽孢菌及鏈絲菌等。此外尚有單孢子菌屬、奴卡菌、毛黴菌以及頭孢菌等。長期局部使用皮質類固醇和廣譜抗生素,可促進真菌的生長。真菌在角膜內生長時產生蛋白分解酶,能進一步加重對角膜的毀壞,並使真菌在角膜組織內擴展,最終導致失明。
疾病的產生大部分都會伴隨著一係列的並發症，真菌性角膜炎也是如此。一般進行手術後會出現並發症。細菌性角膜潰瘍。前房出血。感染複發等。它可以造成角膜的斑痕，可以造成永久性視力的損害，可以引起角膜的潰瘍，造成角膜的穿孔，可以引起前方積膿，虹膜睫狀體炎，也可以引起眼內炎等等一係列嚴重的並發症。特別是這種疾病，不容易治療，就是比較頑固，有效的藥物又比較少，所以它是比較難治的角膜炎。 一般它的病程比較長，如果造成的角膜潰瘍，它就會侵犯到角膜的基質，那麼輕都會留下永久性的瘢痕，就會造成視力的損害，那麼嚴重就會導致眼內發炎，今後導致摘除眼球，否則就會像顱內擴散，可能危及生命。看似小小的真菌性角膜炎發展嚴重甚至會危及生命，這可能是很多人都覺得驚訝的事，但卻確實有發生的可能。所以，我們就更應該對真菌性角膜炎引起重視了。
真菌性角膜炎的出現會伴隨著一些症狀的發生，這就需要我們去進一步了解與認識才能在第一時間阻止它。第一，角膜炎大多數病例在發病前3～4天出現非特征性改變，此時所見主要為角膜原發病，4～6天後浸潤進一步擴大出現典型體征。綜合文獻目前公認的較有代表性體征為：角膜炎起病緩慢、病程長，常在傷後數天內出現角膜潰瘍，病程可持續達2～3個月。刺激症狀較輕。第二.角膜潰瘍因致病菌種不同，其形態不一致。早期潰瘍為淺在性，表層有點狀結節樣浸潤，呈灰白色或乳白色混濁；形狀不規則，表麵粗糙不平，有幹性感，與健康角膜界限清楚。壞死組織無粘性，易取掉。深在型潰瘍，除自覺症狀較重外，表現形似“匐行性角膜潰瘍”，潰瘍麵平而粗糙，呈“舌苔”或“牙膏”狀，高起於角膜表麵。基質有菌絲繁殖，浸潤較為致密。因菌絲伸入潰瘍四周而形成偽足，或在潰瘍外圍呈現出所謂“衛星”病灶。有時在潰瘍邊界處可出現淺溝。在潰瘍向深部發展時，壞死組織脫落，角膜穿孔，或出現“露水”現象，可推測前房已消失。有時在壞死的角膜中，夾雜有虹膜組織，表示潰瘍已穿孔。第三，前房積膿，特別是在早期，常為本病的特征之一。早期積膿呈白色，發展至嚴重階段時，則呈淡黃色，質地粘稠不易移動，很難分清潰瘍、膿腫或積膿，膿液內常含真菌。角膜後沉降物常為棕灰色粉沫狀、顆粒狀或淡黃色漿糊狀。
眼角膜外傷及藥物的濫用是真菌性角膜炎發病的主要相關因素；避免眼角膜外傷禁止濫用抗生素及皮質類固醇等激素類藥物是預防本病的關鍵.真菌性角膜炎的患者絕大多數為農民，雖然整年均可發生，但主要集中在農業夏收和秋收季節這個病如果做好預防，也是能夠避免的，首先要養成良好的衛生習慣，勤洗手，常剪指甲；不要長期佩戴隱形眼鏡；更換隱形眼鏡時要小心；與急性結膜炎的預防相同，主要是切斷傳染源與注意眼和手的衛；禁止患者在公共場所洗浴、遊泳；治療以局部用藥為主，藥物內服及針刺也有一定作用；多吃一些具有寒性與清熱瀉火作用的食物與水果，如茭白、冬瓜苦瓜、鮮藕、甘蔗、香蕉、西瓜等等除了經常滴眼藥水之外
根據角膜植物損傷史，結合角膜病灶的特征，可作出初步診斷。必須與細菌性角膜潰瘍進行鑒別。有農業性眼外傷史，典型的臨床表現，是診斷的主要依據。再者，疑為真菌感染時，應作角膜病變處刮片。將取下的壞死組織放於玻片上，滴5％氫氧化鉀一滴，覆蓋破片，立即鏡檢，尋找真菌菌絲。有條件時應進行真菌培養。實驗室檢查找到真菌和菌絲可以確診。常用方法有角膜刮片Gram和10％－20％氫氧化鉀濕片刮片及培養均為陰性，而臨床又高度懷疑者，可考慮作角膜組織活檢。此外，免疫熒光染色、電子顯微鏡檢查和PCR技術也用於真菌角膜炎的診斷。角膜共焦顯微鏡作為非侵入性檢查，可直接發現病灶內的真菌病原體。角膜刮片此法是角膜真菌病早期診斷的重要手段。Polack指出刮片最好在裂隙燈或手術顯微鏡下操作，這樣可做到取材方便及操作精確，避免角膜穿孔。．角膜活檢等1987相繼報道了4例臨床上疑診為角膜真菌病患者，但角膜刮片及培養均陰性，後經角膜活檢確診。作者還利用動物實驗進一步證實角膜活檢直接鏡檢較角膜刮片及培養更優越。 培養因真菌生長緩慢，培養主要為分離菌株，進行藥敏試驗，培養時若同時采用幾種培養基可望提高陽性率。
多吃一些具有寒性與清熱瀉火作用的食物與水果，如茭白、冬瓜苦瓜、鮮藕、甘蔗、香蕉、西瓜等等維生素C和E：可排除人體內不正常堆積的氧化物，避免組織破壞。如果人體缺乏這些維生素，眼睛會出現早發性白內障。可多攝取深綠色的蔬菜及各種水果，以補充維生素C，另外，可以通過植物種子，如花生、核桃、鬆果等，獲得足夠的維生素E。維生素A：夜間視力不良和幹眼症與維生素A缺乏是息息相關的。動物肝髒、魚肝油、魚子、全奶及全奶製品、蛋類等維生素A含量較高。維生素A原在綠色蔬菜和黃色蔬菜、水果如菠菜、韭菜、豌豆苗、苜蓿、青椒、紅薯、胡蘿卜、南瓜、杏、芒果中含量較多。鋅離子及蛋白質：鋅與蛋白質對於視網膜的保健不可或缺。鋅可通過食用肝、腎、海產品、乳類、穀類、豆類、硬果類等來補充。瘦豬肉、牛肉、羊肉、雞鴨、動物內髒、牛奶、魚類和豆類食物則含有豐富的蛋白質。我們可以多食用胡蘿卜、紅棗、橘子、西紅柿等蔬果，或是由深海魚類、魚肝油來補充。還可多攝取深綠色的蔬菜及各種水果，以補充維生素C，另外，可以通過植物種子，如花生、核桃、鬆果等，獲得足夠的維生素E。
真菌性角膜炎藥物治療目前尚無十分滿意的廣譜抗真菌藥。一般可使用二性黴素B、氟康唑、伊曲康唑以及那他黴素等藥物局部和全身應用。氟康唑對念珠菌、隱球菌、曲黴菌及球孢子菌感染有效；那他黴素對曲黴菌、念珠菌、鐮刀菌等均有效。對真菌性角膜炎，目前應用的抗真菌藥物對眼部真菌感染總體療效不佳。散瞳 1～3％阿托品液點眼；手術對長期不愈或有角膜穿孔危險時可行結膜瓣遮蓋術或治療性角膜移植術。由於真菌性角膜炎容易誤診，常因治療不當而導致失明。因此，眼睛出現不適時應盡快到正規醫院就診。