角膜基質炎的病因可能與細菌、病毒、寄生蟲感染有關。梅毒螺旋體、麻風杆菌、結核杆菌和單純皰疹病毒感染是常見的病因。雖然致病微生物可以直接侵犯角膜基質，但大多數角膜病變是與感染原所致的免疫反應性炎症有關。
梅毒螺旋體是梅毒的致病因子，這種螺旋體呈蝸牛狀，直徑小於0.2m，長度5～10m。體外培養困難，隻能在實驗動物體內培養。根據不同的感染途徑分為先天性和後天性兩種，先天性梅毒是通過胎盤或分娩時直接接種於新生兒，後天性梅毒來源於活動性下疳的黏膜接觸感染。
結核杆菌是角膜基質炎不太常見的病因，結核蛋白是細胞壁的成分，為免疫反應提供了抗原刺激物質。麻風杆菌和結核杆菌同是一種耐酸杆菌。在美國，麻風病非常罕見，而我國近年來多數省份已很少見。
角膜基質炎的並發症有脈絡膜視網膜炎、視神經萎縮、耳聾等。
1、視網膜炎引視網膜炎以視網膜組織水腫、滲出和出血為主，引起不同程度的視力減退；一般繼發於脈絡膜炎，導致脈絡膜視網膜炎症。病因分外源性和內源性的。眼觀症狀不明顯，主要表現為視力減退，甚至失明。
2、視神經萎縮不是一種單獨的疾病，它是視神經各種病變及其髓鞘或視網膜神經節細胞及其軸突等的損害，致使神經纖維喪失、神經膠質增生的最終結局，為病理學通用的名詞。一般發生於視網膜至外側膝狀體之間的神經節細胞軸突變性。由於神經纖維的蛻變及萎縮，病人多有視功能的減退、視野的縮小。
3、耳聾一般認為語言頻率(0.5，1.2Hz)平均聽閾在26dB以上，即有聽力障礙，聽力損失在70dB以內者稱重聽，在70dB以上者為聾，臨床上習慣統稱為聾。
角膜基質炎一般臨床表現為眼部有疼痛，流淚及畏光，伴有水樣分泌物和眼瞼痙攣，視力輕度到重度下降，睫狀充血等。
1、梅毒性角膜基質炎：
先天性梅毒性角膜基質炎，是先天性梅毒最常見的遲發表現，由胎兒在母體內感染，多在青少年時期（5～20歲）發病，成年後發病者極少見。發病初期為單側性，數周至數月後常累及雙眼。可發生於任何種族，女性多於男性。起病時可有眼痛、流淚、畏光等刺激症狀，視力明顯下降。裂隙燈檢查見角膜基質深層有濃密的細胞浸潤及水腫，多從周邊向中央擴展，病變的角膜增厚、後彈力層皺折，外觀呈毛玻璃狀。常伴有虹膜睫狀體炎。炎症持續數周或數月後，角膜浸潤和水腫逐漸吸收，新生血管在角膜板層間呈紅色毛刷狀，可延及角膜全周。炎症消退後，多數患者角膜可恢複透明，少數可遺留厚薄不等的深層瘢痕。萎縮的血管則在角膜基質內留下幻影血管，表現為灰白色纖細絲狀物。還常合並其他的先天性梅毒病體征，如Hutchinson齒、馬鞍鼻、口角皸裂、馬刀脛骨等。
2、結核性角膜基質炎：
結核是引起基質炎的另一個原因，其基質浸潤常表現為扇形、周邊性、單側性、且較為表淺。
角膜基質炎是發生在角膜基質內的一種炎症，不形成潰瘍是其特征以胎傳性梅毒感染引起的最為典型，經常波及雙眼，主要發生於少年，目前國內已極罕見結核、風濕、麻風等疾病亦可波及眼部而發生角膜基質炎患眼有怕光、流淚、眼痛、異物感和視力減退等症狀眼瞼常處於痙攣狀態，難以自行睜開角膜混濁一般從邊緣部開始，逐漸向角膜中央擴展；炎症高潮時，角膜因腫脹而變得很厚，但從不出現潰瘍本病暫無有效預防措施，早發現早診斷是本病防治的關鍵
角膜基質炎的檢查主要針對梅毒及結核等進行實驗檢查，如梅毒血液學檢查的補體結合試驗和沉澱試驗以及結核菌毒試驗等。
角膜光鏡檢查顯示在角膜基質層內有局限性或彌漫性的淋巴細胞浸潤，同時可對於麻風患者進行皮膚結節的病理學檢查，以明確診斷。
中醫認為角膜基質炎證候屬實熱，飲食可適當增加滋陰降火，清肝明目的食物，如蓮子、百合、梨等。對於年老患者，中醫認為脾胃虛弱，運化無力，氣血容易虧損，宜食清淡、溫熱、熟軟之品，忌食生冷、粘硬、不易消化之品。
角膜基質炎的治療方法根據病因、症狀不同，采取不同的方法。
1、藥物治療
針對病因全身給予抗梅毒或抗結合治療。
2、眼部治療
伴有虹膜睫狀體炎，需1％阿托品眼液或眼膏散瞳；點用糖皮質激素可以減輕角膜炎症及症狀，但要持續使用，防止症狀反複。
3、患者畏光強烈，可戴深色眼鏡。
4、角膜移植
用於角膜瘢痕形成造成視力障礙者。