因為胎糞堵塞綜合症患者為新生嬰兒，根本無法詳細檢查，所以此病的具體原因不詳。現在流行性的說法是新生兒高鎂血症是致病因子。患子癇的孕婦用較大量的硫酸鎂抗驚厥治療後，可引起胎兒血液含鎂過高。一般認為，當血鎂超過108mmoL／L濃度時，可出現中毒症狀，抑製中樞及周圍神經係統，並導致橫紋肌和平滑肌麻痹，出現反射遲鈍，肌肉鬆弛、無力，腹部膨脹，結腸蠕動功能減退，使胎糞無法排出，而滯留在乙狀結腸和直腸內。滯留胎糞中的大量水分被結腸吸收後，可使胎糞表麵張力增加而濃縮結塊。Clatworthy認為，胎糞成分異常和腸蠕動減弱為本征的主要原因。
此外，早產、低體重、缺氧、低體溫、分娩產傷和孕婦用藥等，均可造成新生兒結腸蠕動異常，而導致胎糞堵塞綜合症的發生。
隨堵塞程度不同而並發肺不張，肺氣腫，縱隔氣腫和氣胸，缺氧酸中毒嚴重者可致顱內出血和肺出血，病程遷延者常有間質性肺炎及肺部纖維化。
1.氣漏和氣胸由於胎糞阻塞小氣道導致氣陷，使肺泡破裂，變成肺大皰，如果胸膜髒層破裂，可以出現氣胸，如果氣體沿肺泡間質小血管鞘漏出，可以造成縱隔氣腫和心包積氣，治療上可以采用胸腔閉式引流治療氣胸，同時使用肌鬆劑等抑製患兒過強烈的自主呼吸活動。
2.持續肺動脈高壓一般采用吸入一氧化氮治療，可參見持續肺動脈高壓。
3.顱內出血和肺出血缺氧酸中毒嚴重者可致顱內出血和肺出血。
4.肺部並發症病程遷延者常有間質性肺炎及肺部纖維化。
胎糞堵塞綜合症主要表現為新生兒在出生後的2天內無胎糞排出，腹部逐漸膨脹，並可能有膽汁性嘔吐發生，腸鳴音減弱或消失。表現出一係列低位腸梗阻的症狀。
還有可能出現以下兩種症狀：
①肺氣腫：粘稠小的胎糞顆粒不完全阻塞部分小氣道，形成“活瓣”吸氣時小氣道擴張，氣體進入肺泡，引起CO2瀦留；如肺泡破裂則可發生間質氣腫，縱隔氣腫或氣胸。
②肺不張：部分肺泡因其小氣道被較大胎糞顆粒完全阻塞其遠端肺泡內氣體吸收，引起肺不張，導致肺內右向左分流，發生低氧血症。
預防胎糞堵塞綜合症需要做到以下幾點：
1、出生時如發現羊水混有胎糞，應在患兒開始呼吸前進行氣管插管，吸淨氣管內胎糞
2、加強圍生育期保健，及早治療導致胎兒缺氧的高危妊娠
3、及早診斷，積極治療胎兒窘迫
4、如產程中發現羊水胎糞汙染，可用羊水置換術，衝淡胎糞濃度方法為39℃的生理鹽水，通過宮腔導管，經宮頸置入子宮腔內，以500ml/20—30min速度注入，然後再從三通管放出宮內液250—300ml，再注入生理鹽水，再放出宮腔液，反複1—2次，至宮腔液接近清晰為止輸入量應比放出量多，使宮內保持有800—1000ml液體
胎糞堵塞綜合征需要做
直腸指檢：可發現肛管緊縮，能觸及稠厚的胎糞塊，手指退出可見胎糞汙染及大量氣體排出；如指檢不能觸及糞塊或手指退出時極少或無胎糞汙染，經用生理鹽水適量灌腸後，即可清除胎糞堵塞症狀。新生兒指檢宜用右手小指進行，最好不用食指。
腹部X線檢查有助於確診：可見小腸、結腸彌漫性積氣，提示低位結腸梗阻；鋇劑低壓灌腸造影顯示腸道直徑正常，結腸內有多個細長的透明區。
胎糞性腹膜炎病人應禁食水，施行胃腸減壓，給予補液、輸血等支持治療，直至臨床證明腸道恢複暢通。根據腸道恢複情況逐漸恢複喂水和喂奶。
凡早產兒、新生兒出生24小時後不能自行排出胎糞者，可行直腸指檢引出胎糞或用生理鹽水適量灌腸，使胎糞排出，解除阻塞，腹脹即消失。本征患兒痊愈後，須隨訪觀察1～2周。