1.腸梗阻 為Crohn病較為常見的並發症，北京一組病例中占66%。腸梗阻的原因多見於纖維性狹窄的形成，也可由於急性炎症水腫所致。少數由於膿腫或粘連包塊壓迫引起。腸梗阻開始為不完全性梗阻，經保守治療可迅速緩解。可反複出現，最終出現完全性腸梗阻。
2.瘺管形成 病變侵及肌層及漿膜層，如進一步發展，與另一小腸腸段、結腸或鄰近的內髒粘連穿透則形成內瘺。如瘺管通向膀胱、陰道，則尿道及陰道中排出腸內容物。腸瘺管可無症狀或大量的腹瀉(這取決於消化道中的流通量)。瘺管可向外延伸至皮膚，稱為外瘺。往往發生於術後吻合口,也可能發生於無手術患者，常在肛門周圍，偶爾在鼠蹊部或腰部出現。外瘺說明有廣泛的腸周圍炎，常被認為是手術治療指征。瘺管發生率國外報道多為40%左右，北京一組病例中瘺管發生率為11.7%。
3.腹腔膿腫 腹腔內瘺，如竇道繼發感染則形成腹腔膿腫。好發部位多在相當於末段回腸的右下腹，其次是肝脾曲部位。臨床表現為發熱和腹痛，可出現具有壓痛的包塊。伴白細胞增高。CT、B超有助診斷，膿液培養多為革蘭陰性菌屬。
4.消化道出血 上下消化道均可出血。以結腸病變所致便血較為多見。隱匿性慢性出血多於可見性出血。有報道可見性出血占17%～25%，少數病例可發生嚴重失血。常致缺鐵性貧血。
5.腸穿孔 Crohn病發生腸穿孔是較少見的，這是因為受累腸管的漿膜麵往往與鄰近的結構粘連。北京1組病例中腸穿孔占10%。
6.癌變 Crohn病癌變發生率較正常人群高，西方國家報道為1%～3%。長期活動的患者，病變部位的腸段發生癌變的風險大。Crohn病患者患小腸癌的危險高於正常人群的100倍，但由於正常人群中小腸癌很少見，所以Crohn病小腸癌變的絕對危險還是相當低的。結腸型Crohn病患者結腸癌的危險仍在爭論中。有證據表明，當病變範圍較大時，其癌變的危險性較高。
