1.小腸及回盲部疾病
(1)急性闌尾炎：一般腹瀉少見，右下腹痛比較嚴重，壓痛及肌緊張更明顯。發病急，病程短，有發熱，血白細胞增加。但有些病例仍難準確地鑒別。當可疑急性闌尾炎，病情重且持續時，應剖腹探查，以免闌尾壞死或穿孔造成更嚴重後果。腹部CT掃描有助於兩者的鑒別。
(2)腸結核：與本病不易鑒別，X線表現也很相似。在其他部位如肺部或生殖係統有結核病灶者，多為腸結核。結腸鏡檢查及活檢有助鑒別，如仍不能鑒別，可試用抗結核治療。如療效不顯著，常需開腹探查，經病理檢查才能診斷。病理檢查中，結核病可發現幹酪性肉芽腫，而Crohn病則為非幹酪性肉芽腫。
(3)小腸淋巴瘤：腹瀉、腹痛、發熱，體重下降，疲勞感更為明顯，更易發生腸梗阻。症狀多為持續性，惡化較快。腹部腫塊與Crohn病比邊界較清楚，較硬，一般無壓痛。可有淺表淋巴結和肺門淋巴結腫大以及肝、脾明顯腫大。X線及小腸鏡檢查可發現腸腔內腫物及潰瘍。小腸活檢有助於診斷。
(4)十二指腸壺腹後潰瘍：十二指腸Crohn病常與消化性潰瘍的症狀和X線表現相似。但Crohn病的疼痛不如十二指腸潰瘍有規律。纖維內鏡檢查及活檢有助於診斷。製酸劑治療對消化性潰瘍有效，而對Crohn病則無效。
(5)非肉芽腫性潰瘍性空腸回腸炎：腹痛和腹瀉是此病的突出表現。體重下降，吸收不良和低蛋白血症更為明顯。小腸活檢病變為彌漫性，絨毛變平和增厚，基底膜炎症浸潤，黏膜潰瘍。
2.結腸疾病
(1)潰瘍性結腸炎。 (2)缺血性結腸炎：為血管供血障礙所致。多見於老年人。起病較急驟，多先有腹痛，繼之腹瀉便血。病程為急性過程。結腸鏡及鋇灌腸造影有助於診斷。
(3)結、直腸結核：較回盲部少見。其特點見回腸、小腸結核。
(4)阿米巴腸炎：尋找阿米巴原蟲有助於診斷，但慢性阿米巴腸炎難以找到阿米巴原蟲。據報道，血凝試驗是診斷阿米巴腸炎的有用方法。
(5)結腸淋巴瘤：參見小腸淋巴瘤。通過結腸鏡及其活檢一般可明確診斷。
(6)放射性結腸炎：與放射部位相一致，病變程度與放射量有關。
