鼻淚管囊腫是屬於先天性的，因鼻淚管開口的膜堵有關，對眼睛發育沒大的影響，建議出生後讓眼科或五官科醫生作適當處理就好了。
確切原因至今尚無定論。鼻淚管囊腫常繼發於鄰近組織如結膜、鼻腔和鼻旁竇的炎症，或一些特殊感染如結核或梅毒等。原發於淚道係統者，原因不清楚。正常情況下，淚道黏膜完整，淚液引流通暢，淚液有一定抗菌能力，鼻淚管囊腫並不容易發生炎症。一個重要的誘發因素是下淚道阻塞所致的淚液瀦留。開始時並不是器質性阻塞，而是由於鼻淚管黏膜暫時的充血水腫，而膜性鼻淚管居於骨管內，黏膜的血管、淋巴管豐富，稍微腫脹即可造成阻塞，使淚囊內容物瀦留，易於細菌滋生，黏膜為細菌感染，炎症更促進充血水腫，形成惡性循環。若細菌毒力不強，鼻淚管囊腫持續慢性炎症，最終形成鼻淚管固定性阻塞。每遇毒力強的細菌進入淚囊，即可引起急性發作，多數感染來自鄰近的鼻腔、鼻旁竇或淚囊周圍組織。非特異性淚囊炎的主要細菌是肺炎鏈球菌，其次是葡萄球菌、大腸埃希杆菌和摩拉克菌，少數為綠膿杆菌或淋病雙球菌。還有多種因素影響這個過程。
