肛門失禁的現象並不少見，對患者而言，給自己的生活工作都會造成很多不良的影響，常見的病因有神經障礙損傷或者是肌肉功能障礙受損等問題，當然也可能是因為手術或外傷引起的。
1.神經障礙和損傷（神經源性）
如中風、休克、驚嚇之後，都可出現暫時性大便失禁；若胸、腰、骶椎斷壓迫損傷脊髓或脊神經，可造成截癱，而引起肛門失禁；此外，直腸靠近肛門處黏膜切除後、直腸壁內感覺神經缺損、智力發育不全等均可造成肛門失禁。
2.肌肉功能障礙和受損（肌源性）
肛門的鬆縮和排便功能是受神經支配內外括約肌和肛提肌來維持的。這些肌肉鬆弛，張力降低，或被切斷、切除，或形成大麵積瘢痕，都會引起肛門失禁。若直腸脫垂、痔瘡、息肉脫出引起的肌肉鬆弛、張力降低也會引起肛門失禁。老年人患有某些疾病也可引起肌肉萎縮性肛門失禁。肛門直腸膿腫、肛瘺、直腸癌等手術切斷或切除括約肌也可引起肛門失禁。燒傷、燙傷、化學藥品腐蝕也可引起大麵積瘢痕的肛門失禁。久瀉和肛管直腸癌也可引起肛門失禁。
3.手術或外傷（醫源性）
由於手術損傷和分娩時外陰撕裂引起的括約肌局部缺陷。
4.先天性疾病
高位鎖肛、發育不全嬰兒，因先天性肛門括約肌不全而引起肛門失禁。
