酸奶與牛奶不同地方主要是它加了乳酸菌能夠有效調節體內的菌群平衡，促進胃腸蠕動，緩解便秘。但是，酸奶含酸，空腹吃會刺激腸胃。因此，酸奶一般是飯後吃。另外，相對牛奶，酸奶因為添加成分較多，熱量也較高。100克牛奶熱量為72卡，而同量的牛奶，熱量才54卡。並且，酸奶相對牛奶較好消化，在第二天醒來後，容易感到饑餓，食欲會增大。
據中國食品飲料網記者了解，事實上從營養價值來說，兩者差異不是很大。不過，酸奶與牛奶相比，酸奶更易於消化和吸收，使得它的營養素的利用率有所提高。此外，牛奶中所含的糖分大部分是乳糖，有部分成人的消化液中缺乏乳糖酶，影響了對乳糖的消化、吸收和利用，造成這些人喝牛奶後胃部不適甚至腹瀉，稱為"乳糖不耐受症"，此時可以用酸奶來代替牛奶。
現在市麵上有大量的乳酸飲料都打著“酸奶飲料”的名號，但所謂的酸奶飲料跟酸奶的營養價值差距很大，酸奶的本質是牛奶，酸奶飲料的本質是飲料，由粉、糖、乳酸或檸檬酸、蘋果酸、香料和防腐劑等加工配製。
酸奶裏最重要的就是乳酸菌，它能夠分解出對人體有益的物質，能夠促進營養吸收和調節胃腸功能，但一般酸奶飲料裏隻有乳酸，是沒辦法發揮乳酸菌功能的。兩者的蛋白質含量差別也很大，酸奶約為2.7%到2.9%，酸奶飲料則在1% 以下，喝酸奶飲料，對於補充人體營養沒有積極意義的。
