流腦AC疫苗一般沒有明顯副作用，隻有少部分患者可能個人體質原因，接種之後會出現過敏反應、局部紅腫疼痛及低熱等症。
流腦AC疫苗通常是指A+C群流腦疫苗，主要用於預防流行性腦脊髓膜炎，注射疫苗可能會對局部肌肉及皮膚軟組織造成損傷，導致局部出現紅腫疼痛的情況，大多會在兩天到三天左右自行減輕和消失，但如果對疫苗成分過敏而不自知，接種之後可能會發生過敏反應，症狀較輕的，一般兩天左右會自行恢複，而症狀嚴重的則需要及時到醫院就診治療。
接種流腦AC疫苗後24小時內不要洗澡，保持注射部位幹燥衛生，避免發生感染影響疫苗抗體生成。
