本病係真菌直接侵入角膜感染所致，在感染角膜的潰瘍麵上刮取壞死組織進行塗片檢查，常可找到真菌菌絲，將壞死組織接種於真菌培養基上，可有真菌生長，對人類角膜有致病的真菌達數十種，有資料分析有21屬及25種，主要為曲黴菌，其次為鐮刀菌。
1964～1976年某醫院從318例真菌性角膜潰瘍的臨床病例中，培養得到的204株真菌，經中國科學院微生物研究所鑒定。
1957～1965年國內文獻報導13例，菌種有白色念珠菌，曲黴菌，鐮刀菌，酵母菌以及頭孢黴菌等。
國外文獻以曲黴菌，鐮刀菌，白色念珠菌，頭孢黴菌等為主。
多半病例起病時有誘因史，發病大多與農業勞動時受植物性小葉傷有密切關係，我院的病例，誘因中以脫粒時被稻穀彈傷最多，其次為植物枝葉擦傷及塵土等異物入眼，亦可見於長期患者其它性質的角膜炎時繼發感染真菌者，國外有人認為與眼部濫用抗生素或皮質類固醇有關。
角膜外傷造成上皮破損，致傷物如稻穀，植物枝葉或塵土等處常有真菌存在，當角膜上皮破損的同時，真菌即可接種於角膜，引起發病，潛伏期通常為1～4天，平均為2.4天。
本病常伴有嚴重的虹膜炎反應，必須用阿托品充分擴大瞳孔。皮質激素類藥物對潰瘍有擴散作用，無論局部與全身皆不宜使用。
真菌性角膜潰瘍的診斷比較困難，一般應從下列三方麵著手。
1、病史：
有以下情況之一者，應進一步作病原體檢查：
①農村患者，起病前有稻穀等農業外傷史，或角膜炎史，或挑除異物史；
②較長時間滴用或球結膜下注射多種抗生素而潰瘍未能控製者。
2、症狀及體征：
①常伴有前方積膿的白色，黃白色或灰白色潰瘍，其發展程度與病程對比，相對為慢性者；
②眼部刺激症狀與潰瘍大小對比，相對為輕微者。
3、病原：
①潰瘍壞死組織進行刮片檢查，可找到真菌菌絲，將刮片接種於真菌培養基上，可有真菌生長；
②細胞培養一般陰性，或僅有雜菌生長。
4、真菌的檢查方法：取潰瘍麵壞死組織進行塗片檢查，如能找到真菌菌絲，或取壞死組織進行培養，而有真菌生長，是最可靠的診斷依據，采取標本方法是先滴表麵麻醉劑，然後用尖頭小刀片在浸潤致密處刮取直徑0.5毫米潰瘍部壞死組織一小塊，作為標本，一般先做氫氮氧化鉀塗片檢查，如果尚有標本可取，可同時作真菌培養，有時，一次以兔過多損傷瞳孔區角膜，切勿在潰瘍深處采取標本，以防潰瘍穿孔。刮取標本時，有時已能在真菌性與細菌性之間作出初步鑒別，一般說來，真菌性潰瘍麵的壞死組織呈“苔垢”或“牙膏”樣，質地疏鬆，缺少粘性；而細菌性潰瘍麵的壞死組織呈“膠凍”樣，富於粘性。
⑴真菌塗片法：取潰瘍麵壞死組織一小塊置於玻片上，滴5％氫氧化鉀溶液一小滴於其上，覆以蓋玻片，略加輕壓，用高倍顯微鏡檢查，即可檢得真菌菌絲，多者常滿布視野，但少量菌絲則需仔細檢查才能發現，塗片陽性，一般即可確定診斷，標本需當時檢查，不能保存。
⑵真菌培養法：取壞死組織一小塊，置於固體土豆或沙氏培養基斜麵上，如能同時接種在幾個培養基上，則有助於提高培養陽性率，放在攝氏37度溫箱內，每日觀察，接種次日起即有真菌生物可能，如果一周後尚未見生長，即為陽性，培養法可以觀察真菌菌落的形態，色澤，在顯微鏡下檢查菌絲，孢子等，以鑒別菌咱，保存菌種以及作藥物敏感度試驗，培養的陽性率一般塗片為低。
開始時僅有眼部劃物敏感或刺激感，伴有視力模糊，有外傷史者，在受傷後數天內出現潰瘍，發展較緩，和外傷後迅速發展的綠膿杆菌性角膜潰瘍有所不同。
早期眼瞼紅腫及畏光流淚等刺激症狀輕重不等，嚴重階段刺激症狀大多反見較輕，充血常很嚴重，主要為混合性，部分病例可有少量灰白色分泌物。
由於真菌菌株的不同，感染時間的久暫以及個體情況的差異，臨床上所見到的潰瘍形態很不一致，典型的早期潰瘍呈灰白或乳白色，常為不規則形，表麵粗糙，致密，略高出平麵，潰瘍和浸潤的密度分布不均勻，潰瘍與健區角膜分界大多清楚，潰瘍邊緣常不整齊。
較大的潰瘍常為黃白色，多數為不規則圓形，表麵似幹燥粗略，呈“苔垢”或“牙膏”樣，基質浸潤致密，潰瘍邊緣稍有隆起，病變如發展，潰瘍周圍可見結節狀或樹根樣基質浸潤。
有人對於真菌性角膜炎常用以下名稱描述。
菌絲苔波：是附著在潰瘍表麵的菌絲和壞死組織，色白不透明，微隆起，與健區角膜分界清楚，可刮除，刮除後的潰瘍麵較透明。
菌絲灶：是真菌菌絲長入角膜基質的病灶，表麵微隆起幹燥粗糙，混濁區的浸潤密度濃淡不一致，質地較硬，用刀刮時，刀尖上附著的刮物很疏鬆，刮過後的潰瘍仍混濁不透明。
菌絲灶邊緣：有些潰瘍邊緣毛糙不齊，有時伸出樹根浸潤，稱為“偽足”；或在潰瘍周圍出現孤立的結節狀圓形浸潤點，稱為“衛星灶”。
反應環：在菌絲灶的周圍有一圈炎性細菌浸潤，一般不太寬，約1～2毫米，是機體對菌絲的防衛反應，有人稱做“免疫環”。
分界溝：位於菌絲灶和反應環中間，此處炎症細胞浸潤最多，是淺層組織壞死，輕度低陷而成的淺溝。
真菌性角膜潰瘍的裂隙燈檢查，潰瘍的發展由淺層到深層，早期潰瘍為淺表性，角膜厚度幾乎無甚改變，潰瘍底部為濃密的基質浸潤，可達角膜全層的0.2，0.4，0.6不等，基質水腫雖輕，但常為全層性，正對菌絲灶後麵的內皮，常有水腫粗糙及增厚，同時伴有皺褶，有人稱做“內皮斑塊”，有時整個角膜出現彌漫性霧狀水腫，提示潰瘍在發展中。
潰瘍的發展過程，常先在周圍或底部出現浸潤，繼而形成膿瘍，膿瘍壞死而成潰瘍，潰瘍麵壞死組織不斷融解脫落，使角膜逐漸變薄，最後導致穿孔。
穿孔一般較緩慢，位置，大小及形態不定，穿孔處經常微隆起，每有虹膜顯露，中央穿孔時角膜略呈圓錐形，穿孔發生率約10％左右。
有時壞死組織雖未脫落，角膜即已出現“漏水”現象，以至前房在不知不覺中消失，又有時在壞死的角膜組織中，顯露少許虹膜組織，亦是潰瘍穿孔的另一種跡象。
潰瘍一旦穿孔，炎症漸見減輕，但較在麵積的穿孔，前房多數很難再度形成，潰瘍壞死組織不斷脫落，可使透明的後彈力層完全暴露，虹膜清晰可見，由於抵擋不住正常的眼內壓，進而發展成角膜局部或全部葡萄腫。
當潰瘍趨向愈合時，眼痛減輕，刺激症狀改善，粘性分泌物消失，潰瘍色澤由黃白轉變為灰白色，潰瘍表麵清潔，周圍上皮向內生長，熒光素著色範圍縮小，前房積膿和丁道爾現象以及角膜後沉著物減少，潰瘍愈合後，角膜基質仍有浸潤及水腫，常需曆時數月才能吸收。
潰瘍愈合過程中可有新生血管伸入，細長單枝者少見，密集粗短的每見於菌絲灶周圍，頗似角膜變小，角膜緣內移。
嚴重的虹膜睫狀炎反應，是真菌性角膜潰瘍特征之一，約50％病例可有前房積膿，自1毫米或2～3毫米，少數病例積膿可達前房一半以上，甚至充滿整個前房，積肥膿呈乳白或淡黃色，前者為潰瘍早期現象，而後者常代表炎症發展至嚴重階段，膿液粘稠，不易移動，潰瘍，膿瘍以及前房積膿三者時在形態上融為一體，易於混淆，需裂隙燈切麵檢查，才能區別。
角膜後沉澱物有兩種類型，一種是棕灰色的粉末狀或細顆粒狀，每見於潰瘍早期，麵積較小的病例，前房大多無膿或少量積膿，另一類是淡黃色漿糊樣片狀，或者是灰白色斑塊狀，附著於粗糙的角膜內皮麵上，通常伴有前房積膿，前房積膿如果未能吸收，最後在前房角，虹膜，晶體表麵形成機化膜。
真菌性角膜潰瘍已經愈合，上皮生長，熒光素完全不染色時，在短期內仍有複發可能，這是同細菌性潰瘍不同之處。
患者絕大多數為農民，雖然整年均可發生，但主要集中在農業夏收和秋收季節
1，養成良好的衛生習慣，勤洗手，常剪指甲；
2，不要長期佩戴隱形眼鏡，更換隱形眼鏡時要小心
3，與急性結膜炎的預防相同，主要是切斷傳染源與注意眼和手的衛生
4，禁止患者在公共場所洗浴，遊泳
5，治療以局部用藥為主，藥物內服及針刺也有一定作用
6，多吃一些具有寒性與清熱瀉火作用的食物與水果，如茭白，冬瓜，苦瓜，鮮藕，甘蔗，香蕉，西瓜等
1、潰瘍壞死組織進行刮片檢查，可找到真菌菌絲；將刮片接種於真菌培養基上，可有真菌生長。
2、細胞培養一般陰性，或僅有雜菌生長。
3、裂隙燈檢查，潰瘍的發展由淺層到深層，早期潰瘍為淺表性，角膜厚度幾乎無甚改變，潰瘍底部為濃密的基質浸潤，可達角膜全層的0.2，0.4，0.6不等，基質水腫雖輕，但常為全層性，正對菌絲灶後麵的內皮，常有水腫粗糙及增厚，同時伴有皺褶，有人稱做“內皮斑塊”，有時整個角膜出現彌漫性霧狀水腫，提示潰瘍在發展中。
多食營養豐富、易消化、含維生素A豐富的食物，如動物的肝髒、胡蘿卜、蛋類等，多吃蔬菜、水果以改善角膜營養。
少吃煎炸性食物。忌煙酒和其它刺激性食物，如辣椒、大蔥等。
治療必須從速。潰瘍階段，真菌高度生長繁殖，應首選對真菌敏感的藥物。由於真菌常潛伏於角膜組織內，十分頑固，要求藥物與潰瘍麵保持連續性的接觸，使藥物在深部組織達到足夠濃度，才能消滅或抑製真菌的活動。到目前為止，用來治療真菌性角膜潰瘍的藥物尚不夠理想。對於藥物治療無效的病例，尚須進行手術。
常用的抗真菌藥物有以下幾種：
1、兩性黴素B（amphotericinB）是目前國內外常用的抗真菌藥物。近年來上海等地已有國產供應。配製眼藥水濃度為0.2％，眼膏為1％。我院治療40餘例，治愈率為50～60％。
2、大蒜（alliumsalivum）對真菌亦有一定療效。我們用0.1％眼藥水，治療數例，獲得治愈，但對眼部刺激性大，患者往往不願接受治療。
其它藥物尚有30％磺胺醋酰鈉藥水（sulfacetamide），1～2％碘化鉀藥水（potarsimuiodide）、50，000單位/毫升製黴菌素藥水（mystatin,mycostatin）。
近年來，報導了一些新的抗真菌藥物。如曲古黴素（tricomycin）、匹馬黴素（pimaricin）、克黴唑（clotrimazole）等等，但由於致病菌種和治療方法的不同，對以上藥物臨床效果的評價頗不一致。
1973年春中國科學院上海藥物研究所發現了一種新的抗真菌抗生素，定名為金褐黴素（aureofuscin）。經體外試驗及動脈實驗證明，具有廣譜抗真菌作用。配製眼藥水濃度為0.1％，每半小時一次；眼膏濃度為1％，每2小時一次。經我院長期臨床試用，治療300餘例，治愈率為75～80％，有效率可達90％以上，為目前比較有效的抗真菌藥物，可能推廣使用。
本病常伴有嚴重的虹膜炎反應，必須用阿托品充分擴大瞳孔。皮質激素類藥物對潰瘍有擴散作用，無論局部與全身皆不宜使用。
潰瘍穿孔或後彈力層膨出病例，結膜囊置入金褐毒素眼膏或二性黴素B眼膏後，應用繃帶加壓包紮，以促進潰瘍愈合。
藥物治療失敗的病例，可進行結膜瓣遮蓋術或穿透角膜移植術。在角膜穿透性移植時，潰瘍及其臨近的不健康組織必須全部清除，如果留有感染的角膜，反而可使炎症加速擴展。