肺泡蛋白沉著症病因未明。推測與幾方麵因素有關：如大量粉塵吸入（鋁，二氧化矽等），機體免疫功能下降（尤其嬰幼兒），遺傳因素，酗酒，微生物感染等。而對於感染，有時很難確認是原發致病因素還是繼發於肺泡蛋白沉著症。例如巨細胞病毒，卡氏肺孢子蟲，組織胞漿菌感染等均發現有肺泡內高蛋白沉著。
雖然啟動因素尚不明確，但基本上同意發病過程為脂質代謝障礙所致。即由於機體內、外因素作用引起肺泡表麵活性物質的代謝異常。到目前為止，研究較多的有肺泡巨噬細胞活力，動物實驗證明巨噬細胞吞噬粉塵後其活力明顯下降，而病員灌洗液中的巨噬細胞內顆粒可使正常細胞活力下降，經支氣管肺泡灌洗治療後，其肺泡巨噬細胞活力可上升。而研究未發現Ⅱ型細胞生成蛋白增加，全身脂代謝也無異常。因此目前一般認為本病與清除能力下降有關。
肺泡蛋白沉著症常易並發細菌感染如奴卡菌屬、真菌屬、組織胞漿菌、分枝杆菌及巨細胞病毒等，還可並發肺部感染和呼吸衰竭等。臨床症狀應注意與燒傷毒血症或敗血症鑒別。
肺泡蛋白沉著症男性多於女性，男女之比約2.5∶1，本病任何年齡均可發病，從嬰兒到70歲老年，但30～50歲的中年人常見，約占病例總數的80％。
本病的臨床表現差異很大，有的可無任何臨床症狀，僅在體檢時發現，此類約占1/3；約有1/5的病人則以繼發性肺部感染症狀為首發表現，有咳嗽、發熱、胸部不適等；另有約1/2的病人隱襲起病，表現為咳嗽、呼吸困難、乏力，少數病例可有低熱和咯血，呼吸道症狀與肺部病變受累範圍有一定關係，體格檢查一般無特殊陽性發現，肺底有時可聞及少量撚發音，雖然呼吸道症狀與肺部病變受累範圍有關，但臨床體征與胸部X線表現不平衡是本病的特征之一，重症患者可出現發紺，杵狀指和視網膜斑點狀出血，極少數病例可合並肺心病。
肺泡蛋白沉著症患者合並機會感染的幾率較大，約為15％左右，除了常見的致病菌外，一些特殊的病原菌如奴卡菌屬，真菌屬，組織胞漿菌，分枝杆菌及巨細胞病毒等。
預防肺泡蛋白沉著症應避免感染分支杆菌病、卡氏肺囊腫肺炎、巨細胞病毒等注意鍛煉身體，提高免疫力嚴格控製鹽的攝入肺泡蛋白沉著症的飲食一定要偏淡些，醃臘製品、鹹蛋、鹹魚等含鹽量過高的食品盡量不要食用
肺泡蛋白沉著症應該血常規、血生化檢查及痰液檢查等。
1、血常規：多數患者血紅蛋白正常，僅少數輕度增高，白細胞一般正常，血沉正常。
2、血生化檢查：多數患者的血清乳酸脫氫酶（LDH）明顯升高，而其特異性同工酶無明顯異常，一般認為血清LDH升高與病變程度及活動性有關，其升高的機製可能與肺泡巨噬細胞和肺泡Ⅱ型上皮細胞死亡的增多有關，少數患者還可有血清球蛋白的增高，但無特異性。近年來，有學者發現肺泡蛋白沉著症患者血清中肺泡表麵活性物質相關蛋白A（SP-A）和肺泡表麵活性物質相關蛋白D（SP-D）較正常人明顯升高。但SP-A在特發性肺間質纖維化（IPF）、肺炎、肺結核和泛細支氣管炎患者也有不同程度的升高，而SP-D僅在IPF，PAP和結締組織並發的肺間質纖維化患者中明顯升高。因此對不能進行支氣管鏡檢查的患者，行血清SP-A和SP-D檢查可有一定的診斷和鑒別診斷意義。
3、痰液檢查：雖然早在20世紀60年代，就有學者發現PAP患者痰中PAS染色陽性，但由於其他肺部疾病如慢性支氣管炎、支氣管擴張、肺炎和肺癌患者的痰液也可出現陽性，加之PAP患者咳痰很少，故痰的檢查在PAP患者的使用受到很大限製。
4、動脈血氣分析：示動脈血氧分壓和氧飽和度降低，動脈二氧化碳也因代償性過度通氣而降低。
5、X線表現：常規的胸部X線平片表現為雙肺彌漫性細小的羽毛狀或結節狀浸潤影，邊界模糊，並可見支氣管充氣征，這些病變往往以肺門區密度較高，外周密度較低，酷似心源性肺水腫，病變一般不發生鈣化，也不伴有胸膜病變或肺門及縱隔淋巴結腫大。
6、胸部CT檢查：尤其高分辨CT（HRCT）可呈毛玻璃狀和（或）網狀及斑片狀陰影，可為對稱或不對稱性，有時可見支氣管充氣征，病變與周圍肺組織間常有明顯的界限且邊界不規則，形成較特征性的“地圖樣”改變，病變部位的小葉內間隔和小葉間間隔常有增厚。
7、肺功能檢查：可呈輕度的限製性通氣功能障礙，表現為肺活量和功能殘氣量的降低，但肺彌散功能降低最為顯著，可能是由於肺泡腔內充滿蛋白樣物質有關。
8、纖維支氣管鏡肺活檢和開胸肺活檢：病理檢查可發現肺泡腔內有大量無定型呈顆粒狀的嗜酸性物質沉積，PAS染色陽性，奧星藍染色及黏蛋白卡紅染色陰性，肺泡間隔可見輕度反應性增厚和肺泡Ⅱ型上皮細胞的反應型增生，但由於經纖支鏡肺活檢的組織較小，病理陰性並不能完全排除該病。
9、支氣管肺泡灌洗液檢查：典型的支氣管肺泡灌洗液呈牛奶狀或泥漿樣，肺泡蛋白沉積物的可溶性很低，一般放置20min左右，即可出現沉澱。支氣管肺泡灌洗液的細胞分類對PAP診斷無幫助，BALF中可以以巨噬細胞為主，也可以淋巴細胞為主，CD4/CD8比值可以增高也可降低。BALF的生化檢查如SP-A、SP-D可明顯升高，將BAL液加福爾馬林離心沉澱後，用石蠟包埋，進行病理切片檢查，可見獨特的組織學變化。在彌漫性的嗜酸顆粒的背景中，可見大的，無細胞結構的嗜酸性小體；PAS染色陽性，而奧星藍（Alcianblue）染色及黏蛋白卡紅染色陰性。
肺泡蛋白沉著症患者日常生活中飲食應以清淡、易消化為主，多吃溫和滋潤的食物，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意營養充足。此外，患者還需注意忌辛辣、油膩、生冷的食物。
由於部分肺泡蛋白沉著症患者的肺部浸潤可以自行緩解，因此對於症狀輕微或無臨床症狀的患者，可以不馬上進行治療，適當觀察一段時間，當病人症狀明顯加重或病人不能維持正常活動時，可以考慮進行治療。
1、藥物治療：對於症狀輕微或生理功能損害較輕的患者，可以考慮使用溶解黏液的氣霧劑或口服碘化鉀治療，但效果均不可靠。有人曾試用胰蛋白酶霧化吸入，雖然可使部分病人症狀有所改善，但體外試驗發現胰蛋白酶並不能消化肺泡蛋白沉著症患者的肺泡內沉積物，加之胰蛋白酶霧化吸入療程長，可引起支氣管痙攣、發熱、胸痛、支氣管炎等副作用，因而逐漸被臨床放棄。糖皮質激素對肺泡蛋白沉著症無治療作用，而且由於本病容易合並感染，糖皮質激素的使用可能會促進繼發感染，所以臨床上不提倡使用糖皮質激素。
2、全肺灌洗：全肺灌洗是治療肺泡蛋白沉著症最為有效的方法。雖然到目前為止尚無隨機對照研究，但有足夠的證據表明全肺灌洗可以改善病人的症狀、運動耐受能力、提高動脈血氧分壓、降低肺內分流，改善肺功能。近年來還有學者證實全肺灌洗可以改善肺泡巨噬細胞功能，降低機會感染的發病率。
（1）全肺灌洗的適應證：隻要病人診斷明確，日常活動受到明顯限製，均可認為具有全肺灌洗的指征。Rogers等提出的指征是：診斷明確；分流率>10％；呼吸困難等症狀明顯；顯著的運動後低氧血症。
（2）全肺灌洗需在全身麻醉下進行，病人麻醉後經口插入雙腔氣管插管，在確定雙腔管的位置正確後，分別向支氣管內套囊（一般位於左主支氣管內）和氣管套囊充氣，以確保雙側肺完全密閉，然後用100％的純氧給雙肺通氣至少20min，以洗出肺泡內的氮氣。病人可取平臥位，也可取側臥位。在用100％的純氧給雙肺通氣20min後，在呼氣末，夾閉待灌洗側肺的呼吸通路，接通灌洗通路，以100ml/min左右的速度向肺內注入加溫至37℃的生理鹽水，當肺充以相當於功能殘氣量（FRC）的生理鹽水後，再滴入大概相當於肺總量（通常500～1200ml）鹽水，然後吸出同量的肺灌洗液。這個過程可反複進行，直至流出液完全清亮，總量一般20～40L。灌洗結束前，應將病人置頭低腳高位進行吸引。
在進行全肺灌洗過程中應密切監測病人的血壓、血氧飽和度及灌洗肺的液體平衡。一側肺灌洗之後，是否立即行對側肺灌洗，需取決於病人的當時情況而定。如果病人情況不允許，可於2～3天後再行另一側肺灌洗。全肺灌洗的主要優點是灌洗較為徹底，患者可於灌洗後48h內症狀和生理指標得到改善，一次灌洗後可以很長時間不再灌洗。其缺點是所需技術條件較高，具有一定的危險性。
3、經纖維支氣管鏡分段支氣管肺泡灌洗：經纖維支氣管鏡分段支氣管肺泡灌洗具有安全、簡便、易推廣使用、可反複進行以及病人易接受等優點。某醫院也曾對7例肺泡蛋白沉著症的患者進行了經纖維支氣管鏡分段支氣管肺泡灌洗，除一例效果不好，改用全肺灌洗外，其餘6例的臨床症狀均明顯好轉，勞動耐力增加，肺部浸潤影明顯減少，肺一氧化碳彌散量由治療前的54.23％±15.81上升到90.70％±17.95，動脈血氧分壓由治療前的6.95±0.98kPa上升到10.52±0.3kPa。灌洗液一般采用無菌溫生理鹽水。每次灌洗時，分段灌洗一側肺，每一肺段或亞段每次灌入溫生理鹽水100～200ml，停留數秒鍾後，以適當負壓將液體吸出，然後反複進行2～3次，再進行下一肺段灌洗。全肺灌洗液總量可達2000～4000ml。每次灌洗前應局部給予少量2％利多卡因以減輕刺激性咳嗽，吸引時可拍打肺部或鼓勵患者咳嗽，以利於液體咳出。由於整個灌洗過程較長，可給予患者鼻導管吸氧。灌洗後肺部常有少量細濕羅音，第2天常可自動消失。必要時可適當使用口服抗生素，以預防感染。經纖維支氣管鏡分段支氣管肺泡灌洗與全肺灌洗相比，前者對肺泡蛋白沉積物的清除不及後者，因而常需反複多次灌洗。
4、新的治療方法展望GM-CSF替代療法：由於在粒細胞巨噬細胞集落刺激因子（GM-CSF）基因缺失的小鼠肺髒出現了與人類肺泡蛋白沉著症類似的改變，所以有學者試用GM-CSF、治療肺泡蛋白沉著症。到目前為止，國外使用GM-CSF共治療了約12例患者，其中有6例反應良好，表現在呼吸困難症狀明顯改善，動脈血氧分壓上升，運動耐力增加。胸部X線檢查：雙肺浸潤陰影明顯吸收，其餘6例反應不好，考慮可能與GM-CSF/IL-3/IL-5受體β鏈缺陷或體內存在抗GM-CSF抗體有關。故這種新療法的療效尚需更多臨床實驗證實。
5、基因治療：由於肺泡蛋白沉著症可能與SP-B基因突變、GM-CSF、表達低下以及GM-CSF/II-3/IL-5受體β鏈缺陷等有關，因而存在著基因治療的可能性。目前已有學者將正常SP-B基因、GM-CSF基因通過病毒載體轉入動物體內，並且成功表達，今後能否用於臨床治療也尚需進一步研究。