腸道病毒71型為耐熱、耐酸的微小RNA病毒，對乳鼠有致病力，引起類似柯薩奇A組病毒所引起的肌炎。在恒河猴中經口或注射感染能產生類似脊髓灰質炎的疾病。在猴子中的神經毒力似與該病毒在高溫中的複製能力有關，但寡核苷酸電泳和凝膠電泳分離病毒蛋白後卻未能區分無神經毒力株。
腸道病毒71型感染可出現各個係統的並發症，例如出現流行性肌痛皰疹性咽峽炎嬰兒急性心肌炎無菌性腦膜炎，急性流行性眼結膜炎等並發症並由此進入血循環導致病毒血症(第一次病毒血症)，病毒可隨血流帶至全身各器官如中樞神經係統皮膚粘膜心髒，呼吸器官肝胰肌肉等處在該處進一步繁殖，引起病變並再次進入血環引起病毒血症。
腸道病毒71型可引起多種臨床表現，在澳大利亞，瑞典和日本，主要表現為手，足，口腔病，通常發生於1～3天的前驅性發熱之後，未觀察到嚴重的中樞神經係統疾病，而1975年在保加利亞發生的腸道病毒71型流行中，則以無菌性腦膜炎為主，21％病例表現為類似於脊髓灰質炎的急性癱瘓，病情發展迅速，起病後10～30h即出現癱瘓，約半數病例表現為腦炎或腦神經損害(延髓性麻痹)，確診病例的總病死率為6.2％，其中29.5％為癱瘓性疾病，65％為延髓性麻痹。
在美國的羅徹斯特，紐約和日本，香港發生的小規模流行暴發中均觀察到手，足，口腔病與嚴重中樞神經係統感染可發生於腸道病毒71型的同一次流行之中。
其他較少見的臨床表現包括：全身性斑丘疹，心肌炎，傳染性多神經炎和上呼吸道炎，曾有1例新生兒疾病具有腸道病毒71型的血清學證據的報道。
腸道病毒71型感染的預防主要是日常生活中，要養成良好的習慣，注意衛生，杜絕傳染源教育孩童、學生自幼養成衛生習慣，改掉吮手指的習慣，遠離垃圾及不潔環境;養成遊戲後、飯前、便後一定徹底洗手的習慣大人感染後沒有症狀，成為隱性傳染源，更危險因為此病毒一般來說並不沒特殊的治療藥物，而且還會並發其它症狀特別是腸病毒流行高峰期(6～9月)，家長更要多多注意，防治腸病毒必須由個人衛生及環境衛生著手，除了要養成良好的生活習慣，經常正確洗手，注意飲食及飲水必須煮熟及煮沸其他的預防辦法如下：
1、保證公共場所的衛生條件符合要求
對幼托機構的環境及玩具、公共遊泳池等必須嚴格消毒
2、防止病毒通過口傳染
兒童和成人都可能感染，因為此病毒是通過唾液、皰疹液、糞便汙染的食物和物品密切接觸傳播
3、隔離患者
一發現有此病的症狀，例如發現手足口征候的孩子，應將其與其他孩子隔離，且用具、玩具等要分開，馬上送醫院隔離治療
4、健全疫情報告製度
凡出現發熱、感冒或呼吸道症狀，或發現手足口皰疹皮疹病兒，應速去醫院就診
5、提高人體免疫力，抵抗病毒
提高提高人體免疫力和做好預防措施一樣重要，這是比較根本的措施日常生活中多吃些水果
腸道病毒71型可從多種臨床標本中分離出來，包括皰疹液，糞便，口咽分泌物，尿和腦脊液，其中以皰疹液的分離率最高，腦脊液的分離率最低，分離培養陽性率以非洲綠猴腎細胞和乳鼠接種為最高，盡管在最適宜條件下，細胞病變也要到第5～8天才能觀察到，血清特異性抗體檢測有助於診斷。
嚴重腦神經損害患者，可出現腦電圖異常。
腸道病毒71型感染患者在飲食上無特殊禁忌，主要是注意用餐衛生，飯前要洗手。患者的飲食以清淡、易消化為主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意營養充足。此外，患者還需注意忌辛辣、油膩、生冷的食物。
EV71感染目前缺乏特異高效的抗病毒藥物，臨床上以對症支持治療為主。絕大多數患者為輕症，自然病程約為1周，預後較好，僅需對症治療。但對於重症患者，需早期識別，積極救治。