菌痢病程超過二個月以上者稱為慢性菌痢。多由急性菌痢轉變而來，以福氏菌感染者居多。有的病程可長達數月或數年，在此期間腸道病變此起彼伏，原有潰瘍尚未愈合，新的潰瘍又形成。因此新舊病灶同時存在。由於組織的損傷修複反複進行，慢性潰瘍邊緣不規則，粘膜常過度增生而形成息肉。腸壁各層有慢性炎症細胞浸潤和纖維組織增生，乃至疤痕形成，從而使腸壁不規則增厚、變硬、嚴重的病例可致腸腔狹窄。
慢性菌痢發生並發症較多，主要是機體營養不良和免疫功能低下所致。最常見的有營養不良及營養不良性水腫，多種維生素與微量元素缺乏，表現為幹燥性眼病、營養不良性貧血、佝僂病，嚴重者可出現腳氣病及壞血病。後者在我國已很少見到。腸部潰瘍深者可致大量腸出血，腹瀉頻繁者可致脫肛，用抗生素過久可致腸道菌群紊亂或合並真菌感染。個別嚴重營養不良患兒腸道潰瘍長久不能修複，可發生腸穿孔。
慢性菌痢，有持續輕重不等的腹痛、腹瀉、裏急後重，排粘液膿血便的痢疾症狀，病程超過兩個月。菌痢病情遷延不愈超過2個月以上者稱作慢性菌痢，多與急性期治療不及時或不徹底，細菌耐藥或機體抵抗力下降有關，也常因飲食不當、受涼、過勞或精神因素等誘發。依據臨床表現慢性菌痢的症狀分為以下三型：
（1）急性發作型此型約占5％，其主要臨床表現同急性典型菌痢，但程度輕，恢複不完全，一般是半年內有痢疾病史或複發史，而除外同群痢菌再感染，或異群痢菌或其它致腹瀉細菌的感染。
（2）遷延型發生率約10％，常有腹部不適或隱痛，腹脹、腹瀉、粘膿血便等消化道症狀時輕時重，遷延不愈，亦可腹瀉與便泌交替出現，病程久之可有失眠、多夢、健忘等神經衰弱症狀，以及乏力、消瘦、食欲下降、貧血等表現。左下腹壓痛，可捫及乙狀結腸，呈條索狀。
（3）隱慝型此型發生率約2~3％，一年內有菌痢史，臨床症狀消失2個月以上，但糞培養可檢出痢菌，乙狀結腸鏡檢查可見腸粘膜病變。此型在流行病學上具有重要意義。
為了預防痢疾，應做到以下幾點：搞好環境衛生，加強廁所及糞便管理，消滅蒼蠅滋生地，發動群眾消滅蒼蠅加強飲食衛生及水源管理，尤其對個體及飲食攤販做好衛生監督檢查工作對集體單位及托幼機構的炊事員、保育員應定期檢查大便，做細菌培養加強衛生教育，人人做到飯前便後洗手，不飲生水，不吃變質和腐爛食物，不吃被蒼蠅沾過的食物不要暴飲暴食，以免胃腸道抵抗力降低
慢性細菌性痢疾多與急性期治療不及時或不徹底，細菌耐藥或機體抵抗力下降有關，也常因飲食不當、受涼、過勞或精神因素等誘發。需要做的檢查有：
（一）血象急性病例白細胞總數及中性粒細胞有中等度升高，慢性病人可有輕度貧血。
（二）糞便檢查典型痢疾糞便中無糞質，量少，呈鮮紅粘凍狀，無臭味，鏡檢可見大量膿細胞及紅細胞，並有巨噬細胞，培養可檢出致病菌，如采樣不當，標本擱置過久，或患者已接受抗菌治療，則培養結果常不理想，常用的鑒別培養基為SS瓊脂和麥康凱瓊脂。
（三）其他檢查熒光抗體染色技術為快速檢查方法之一，較細胞培養靈敏，國內采用免疫熒光菌球法，方法簡便，靈敏性及特異性均高。采樣後8小時即可作出診斷，且細菌可繼續培養並作藥敏試驗，乙狀結腸鏡檢查可見急性期腸粘膜彌漫性充血、水腫、大量滲出，有淺表潰瘍，有時有假膜形成。慢性期的腸粘膜呈顆粒狀，可見潰瘍或息肉形成，自病變部位刮取分泌物作培養，可提高檢出率。此外，X線鋇劑檢查在慢性期患者，可見腸道痙攣，動力改變，袋形消失，腸腔狹窄，腸粘膜增厚，或呈節段狀。近年來有人以葡萄球菌協同凝集試驗作為菌痢的快速診斷手段，具有良好的敏感性和特異性。
為了預防細菌性痢疾傳播，除注意環境衛生和個人衛生，養成飯前便後洗手的習慣外，在飲食上還有下列禁忌，傳染科疾病專家為您詳細介紹：
1、忌肉類濃汁及動物內髒。因其含有大量的含氮浸出物，如嘌呤堿和氨基酸等。含氮浸出物具有刺激胃液分泌作用，汁越濃作用越強，加重了消化道負擔。而且細菌性痢疾病人腸道有病變，有惡心嘔吐等症，消化吸收更差。
2、忌粗纖維、脹氣食物。如芥菜、芹菜、韭菜等纖維粗較多的食物，不易消化，導致局部充血水腫，炎症不易愈合。而牛奶和糖、豆製品也易引起腸道蠕動增加，導致脹氣。
3、忌刺激類食物。如煎、炸及醃、熏的大塊魚肉，對腸壁有直接刺激，使腸壁損傷加劇；這些食物又難以消化，脹氣發熱，停留的時間長，會加重消化道負擔。
4、忌汙染食物。未經消毒的瓜果蔬菜，這些既帶菌又易引起中毒，是致病因素，並使病人抵抗力下降。
5、忌性寒滑腸食物。如荸薺、甲魚、生梨、花生等物，性寒傷脾胃，易滑腸致瀉，故忌用。
慢性菌痢除抗菌治療外，還應注意改善患者的營養狀態。尋找誘因，對症處置。應避免過度勞累，勿使腹部受涼，勿食生冷飲食。體質虛弱者應及時使用免疫增強劑。當出現腸道菌群失衡時，切忌濫用抗菌藥物，立即停止耐藥抗菌藥物使用。改用酶生或乳酸杆菌，以利腸道厭氧菌生長。加用B族維生素、維生素C、葉酸等，或者口服左旋咪唑，或肌注轉移因子等免疫調節劑，以加強療效。對於腸道粘膜病變經久未愈者，同時采用保留灌腸療法，可用1～5000呋喃西林液150ml，或加氫化可地鬆100mg，或5～10％大蒜溶液150ml加強地鬆20mg及0.25％普魯卡因10ml，保留灌腸，每晚一次，10～14日為一療程。