嗜酸細胞性胃炎的病因不甚明確，一般認為是對外源性或內源性過敏原的變態反應所致。近半數患者個人或家族有哮喘、過敏性鼻炎、濕疹或蕁麻疹病史；部分患者的症狀可由某些食物如牛奶、蛋類、羊肉、海蝦或某些藥物諸如磺胺、痢特靈和消炎痛等誘發；某些病人攝食某些特異性食物後，血中IgE水平增高，並伴有相應的症狀，因而認為本病與特殊食物過敏有關。
嗜酸細胞性胃腸炎以組織中嗜酸性粒細胞浸潤為特征，認為本病受某些物質刺激引起全身或局部過敏反應，是繼發於某種原因不明抗原和過敏反應的一種綜合征。一般認為是通過嗜酸性粒細胞脫顆粒，釋放各種酶類，造成組織損傷導致發病。根據本病用激素治療有效，部分病人血液IgE增高，有過敏史或家族史，提出Ⅰ型變態反應假說。認為由於某種因素破壞了胃腸道黏膜的完整性，食物等抗原進入組織，使肥大細胞致敏並脫顆粒，釋放組胺嗜酸細胞趨化因子等，引起嗜酸性粒細胞浸潤及脫顆粒，造成組織損傷，所釋放的嗜酸性粒細胞過氧化酶又進一步刺激肥大細胞釋放組胺，形成惡性循環。除外Ⅰ型過敏反應外，免疫功能異常在嗜酸細胞性胃腸炎的發病中占重要位置，但尚未發現一致的免疫功能異常。有提出嗜酸細胞性胃腸炎是消化道的特異性炎症，這種嗜酸性炎症是某些不明抗原引起的過敏反應，可作為克羅恩病、潰瘍性結腸炎、阿米巴痢疾、乳蛋白結腸炎反應的一部分。
青少年期嗜酸細胞性胃腸炎可導致生長發育遲緩，並可有閉經。以肌層受累為主時可見腸梗阻或幽門梗阻，偶爾嗜酸性粒細胞浸潤食管肌層，引起賁門失弛緩症。
嗜酸細胞性胃腸炎可發生於任何年齡，以20～50歲發病最多，無性別差異，病變可侵犯自食管至結腸的全消化道黏膜。嗜酸細胞性胃腸炎的臨床症狀和體征依賴於胃腸壁受浸潤的深度和食管胃小腸和結腸病變的有無，臨床可分為3型。
1、黏膜型(Ⅰ型)病變主要侵犯胃腸黏膜組織，常見症狀有惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、體重下降和腰背痛，特殊過敏食物的攝入可使症狀加重，體檢可發現皮膚濕疹、蕁麻疹、足踝部水腫等，部分患者還可因胃腸道出血表現為貧血，病變廣泛時出現小腸吸收不良、蛋白丟失性腸病、貧血等全身性表現，青少年出現發育不良，生長遲緩，女性可有繼發性閉經。
2、肌層型(Ⅱ型)以肌層病變為主，由於本型胃和小腸壁增厚、僵硬，臨床主要表現為完全性或不完全性幽門和小腸梗阻，惡心、嘔吐，腹痛，抗酸藥或抗膽堿藥難以緩解。
3、漿膜型(Ⅲ型)漿膜下層病變為主，相對少見，占整個嗜酸細胞性胃腸炎的10％左右，可出現腹水，腹水中含大量的嗜酸性細胞，本型可單獨存在，亦可與其他兩型並存。
嗜酸細胞性胃腸炎是一種自限性變態反應性疾病，無有效預防措施，早發現、早治療是本病防治的關鍵雖可反複發作，但長期隨訪未見惡變，多數預後良好
嗜酸細胞性胃腸炎可通過實驗室檢查和影像學檢查確診，具體如下：
一、實驗室檢查
1、血液檢查 80％的病人有外周血嗜酸性粒細胞增多，黏膜和黏膜下層病變和肌層病變為主的病人(1～2)×109/L，漿細胞病變為主時，可達8×109/L，還可有缺鐵性貧血，血清白蛋白降低，血IgE增高，血沉增快。
2、糞便檢查 嗜酸細胞性胃腸炎糞便檢查的意義是排除外腸道寄生蟲感染，有的可見到夏科-雷登(Charcot-Leyden)結晶，便常規檢查潛血呈陽性，有些病人有輕中度脂肪瀉，Cr標記白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收試驗異常。
二、影像學檢查
1、X線檢查 嗜酸細胞性胃腸炎缺乏特異性，X線鋇餐可見黏膜水腫，皺襞增寬，呈結節樣充盈缺損，胃腸壁增厚，腔狹窄及梗阻。
2、CT檢查 可發現胃腸壁增厚，腸係膜淋巴結腫大或腹水。
3、內鏡及活檢 適用於黏膜和黏膜下層病變為主的嗜酸細胞性胃腸炎，鏡下可見黏膜皺襞粗大、充血、水腫、潰瘍或結節，活檢從病理上證實有大量嗜酸粒細胞浸潤，對確診有價值，但活檢組織對於肌層和漿膜層受累為主的病人價值不大，有時需經手術病理證實。
4、腹腔穿刺 腹水病人必須行診斷性腹腔穿刺，腹水為滲出性，內含大量嗜酸性粒細胞，必須做腹水塗片染色，以區別嗜酸性粒細胞和中性粒細胞。
5、腹腔鏡檢查 腹腔鏡下缺乏特異性表現，輕者僅有腹膜充血，重者可類似於腹膜轉移癌，腹腔鏡檢查的意義在於進行腹腔黏膜組織活檢，得到病理診斷。
6、手術探察 對於懷疑嗜酸細胞性胃腸炎一般不行剖腹探查術來證實，但當有腸梗阻或幽門梗阻或懷疑腫瘤時才進行手術。
嗜酸細胞性胃腸炎可采用以下食療方輔助治療：將30克山楂切成片狀後炒焦，與生薑3片、紅糖15克一起放入水中煎煮，然後取汁。每天分2次口服此汁，可收到收斂止瀉、健脾和胃、散寒止嘔的功效。
嗜酸細胞性胃腸炎的中醫治療主要為辯證治療：
1、脾胃虛弱：稟賦不足，素體脾虛，飲食稍有不慎即吐瀉，大便溏薄，嘔吐清水，且時作時休，麵色不華，乏力倦怠，舌淡，脈弱。
治法：健脾理氣，和胃止瀉。
方藥：人參3克、白術12克、山藥10克、茯苓12克、白扁豆12克、陳皮10克、砂仁3克、薏苡仁12克、甘草6克。
2、食滯胃腸：惡心厭食，得食愈甚，吐後反快；腹痛，瀉下穢臭，氣迫不爽，瀉後痛減，苔厚膩，脈滑實。
治法：消食化滯，和胃降逆。
方藥：焦山楂10克、神曲10克、製半夏10克、茯苓12克、陳皮10克、萊菔於10克、大腹皮10克。
3、寒濕阻滯：嘔吐清水，惡心，腹瀉如水，腹痛腸鳴並伴有畏寒發熱，頸項或全身關節酸痛，苔薄白或白膩，脈灞。
治法：散寒除濕，和中止瀉。
方藥：藿香10克、大腹皮10克、白芷10克、紫蘇10克、茯苓12克、清半夏10克、白術10克、陳皮10克、厚樸10克、生薑5克、甘草6克。
4、腸胃濕熱：病起急驟，惡心頻發，嘔吐吞酸，腹痛陣作，瀉下急迫，便行不爽，糞色黃褐而臭，口渴欲飲，心煩，尿短赤少，舌苔黃膩，脈淆數或滑數。
治法：清熱化濕，理氣止瀉。
方藥：葛根10克、黃芩10克、黃連6克、木香10克、茯苓12克、車前子10克、白扁豆10克、薏苡仁15克、荷葉10克、生甘草6克。