本病是由於染有疫毒的不潔之物，從口入腹，蘊伏腸胃，為其主要發生原因。著涼、疲勞、饑餓，以及其他疾病後體弱未複，則為發生本病的誘因。夏秋之季，濕熱內盛，脾胃受困。小兒脾胃脆弱，穢邪疫毒最易入侵，毒聚腸中，其正氣尚盛者與邪相爭，則濕從熱化，熱盛化火，內竄營分，進迫厥陰、少陰，則可出現壯熱、神昏、抽風的邪實內閉；若正不敵邪或在閉厥的同時，又可伴見正氣不支的虛脫證。
疫毒痢患兒如嘔吐、腹瀉嚴重時，可並發水和電解質紊亂(脫水、酸中毒、低鉀、低鈉、低鈣等)。慢性疫毒痢發生並發症較多，主要是機體營養不良和免疫功能低下所致。最常見的有營養不良及營養不良性水腫，多種維生素與微量元素缺乏，表現為幹燥性眼病、營養不良性貧血、佝僂病，嚴重者可出現腳氣病及壞血病。後者在我國已很少見到。腸部潰瘍深者可致大量腸出血，腹瀉頻繁者可致脫肛，用抗生素過久可致腸道菌群紊亂或合並真菌感染。個別嚴重營養不良患兒腸道潰瘍長久不能修複，可發生腸穿孔。
發病急驟，腹痛劇烈，裏急後重頻繁，痢下鮮紫膿血，嘔吐頻繁，寒戰壯熱，頭痛煩躁，精神極其痿靡，甚至四肢厥冷，神誌昏蒙，或神昏不清，驚厥抽搐，瞳仁大小不等，舌質紅絳，苔黃膩或燥，脈滑數或微細欲絕。臨床亦可下痢不重而全身症狀重者，突然出現高熱，神昏譫語，嘔吐，喘逆，四肢厥冷，舌紅苔幹，脈弦數或微細欲絕。
濕熱疫毒之邪多形成於夏秋季節，加之其時氣候炎熱，人們喜嗜生冷，尤易導致邪從口人，蘊結胃腸，逆亂氣機，燔灼氣血而病病變主要在氣分胃腸，可內陷心營，甚者可致內閉外脫濕熱疫毒之邪壅滯腸道，燔灼氣血，為疫痢的主要病機疫毒之性猖獗，傷人最速，故發病急驟，熱毒鴟張，氣血瘀滯，故腹痛劇烈，裏急後重；熱毒燔灼，耗傷氣血，互為搏結，化為膿血下利，或暴注下迫；熱盛陽明，灼傷津液，則壯熱口渴；熱擾於上，攻及脾胃，故頭痛煩躁，腹滿不食，嘔吐惡心；舌紅、苔膩，脈滑疾，為熱毒熾盛之征象若疫毒蒙蔽神明，引動肝風，則見神昏驚厥；若熱毒鴟張，鬱結腸腑，氣機逆亂，可見暴利致脫疫毒痢病總的治療原則以清熱解毒、行氣和血為主結合不同證候表現，可分別兼以除積導滯，或涼血平肝，或救逆固脫等
一、血常規檢查
在急性時，白細胞總數、中性粒細胞增高，慢性時常有輕度貧血。
二、糞便檢查
1、糞便常規
外觀黏液便及膿血便，鏡下見較多紅、白細胞，以及吞噬細胞。
2、糞便培養
約70％以上可培養出致病菌。應在應用抗生素之前取糞便的膿血部分做培養。標本應新鮮。陽性者做藥物敏感試驗。
3、糞便細菌抗原檢測
采用熒光抗體染色法、免疫熒光表菌球法、乳膠凝集試驗，協同凝集試驗、PCR直接檢測法等，是具有快速、敏感、簡便的診斷方法。
1、馬齒莧粥
馬齒莧500克，粳米100克。馬齒莧洗淨，搗爛後過濾取汁，與粳米煮成稀粥，分次食用，主治濕熱赤白痢。
2、馬齒莧綠豆湯
馬齒莧200克(幹品50克)，綠豆100克，洗淨後共煎湯，頓服，連服3～4日。主治濕熱赤白痢。
3、白頭翁飲
白頭翁50克，金銀花30克，木槿花30克，白糖30克。將前三味藥加水煎，取濃汁200毫升，加白糖溫服，每日3次。主治濕熱赤白痢及疫毒痢。
一、外治法
1、大黃適量，研為細末，過篩，醋調為膏，用紗布包裹，敷於神闕穴。一日一換，直至病愈。
2、苦參適量，烘幹研為細末，過篩。每次6～8克，用開水調為膏，紗布包裹，敷於神闕穴。一日一換，直至病愈。
二、針灸療法
高熱驚厥者，針人中、百會、內關、風池穴，中強刺激。如見脫證，針人中、中衝穴，采用間歇性刺激法，進針後每隔4-5分鍾撚針1次，並可同時艾灸氣海、百會。呼吸不整者，可頻頻針刺會陰穴。
三、推拿療法
推大腸、分陰陽，推上三天、退下六腑，揉龜尾，推下七節，推上七節。
四、飲食療法
1、馬齒莧粥
馬齒莧500克，粳米100克。馬齒莧洗淨，搗爛後過濾取汁，與粳米煮成稀粥，分次食用，主治濕熱赤白痢。
2、馬齒莧綠豆湯
馬齒莧200克(幹品50克)，綠豆100克，洗淨後共煎湯，頓服，連服3～4日。主治濕熱赤白痢。
3、白頭翁飲
白頭翁50克，金銀花30克，木槿花30克，白糖30克。將前三味藥加水煎，取濃汁200毫升，加白糖溫服，每日3次。主治濕熱赤白痢及疫毒痢。