經過大量的臨床試驗證明，幻肢痛可能與感覺傳入的各個環節發生變化有關，如外周感受器、感覺傳入纖維、脊髓傳導通路、丘腦，甚至皮質出現改變，同時幻肢痛與病人的心理狀態也有一定的關係。但經過試驗論證，截肢後的大腦皮質功能重組可能與幻肢痛的形成有著直接關係，外周傷害性刺激傳入可能是引起大腦皮質功能重組的主要原因之一。
本病發病原因還與患者心理上的障礙與幻肢痛密切相關，患者從心理上難以接受事實，無法擺脫傷肢所帶來的心理上的創傷。使之喪失了完整的自我，與常人有異。且肢體殘廢人往往處於眾人矚目之中，這樣給患者帶來精神上的壓力和痛苦，使患者會經常回憶以前的美好情景。因此，截肢後短時期難以使患者改變原有的思維和動作習慣，從而造成心理的障礙。
患者心理上的障礙與幻肢痛密切相關，患者從心理上難以接受事實，無法擺脫傷肢所帶來的心理上的創傷。使之喪失了完整的自我，與常人有異。且肢體殘廢人往往處於眾人矚目之中，這樣給患者帶來精神上的壓力和痛苦，使患者會經常回憶以前的美好情景。因此，截肢後短時期難以使患者改變原有的思維和動作習慣，從而造成心理的障礙。
患者感到被切斷的肢體仍在，且在該處發生疼痛。疼痛多在斷肢的遠端出現，疼痛性質有多種，如電擊樣、切割樣、撕裂樣或燒傷樣等。表現為持續性疼痛，且呈發作性加重。各種藥物治療往往無效。
幻肢痛的預防措施如下：
1、做好耐心細致的解釋及情誌疏導，引導患者正視肢體已被截除的事實
2、心理誘導和心理治療是預防幻肢痛的有效方法，誠退地與病人交往給予極大的幫助和照顧通過交往、暗示、說服，誘導等方法，使得病人學會放鬆轉移自己的注意力消除不良心理因素，增強戰勝疾病的信心
3、可輕輕叩擊神經殘端，也可進行多種理療，如熱敷、離子透入、臘療和睡眠等療法，使疼痛緩解
4、早期裝配假肢，經常穿戴加壓刺激一般1～3個月穿正規假肢後，幻肢覺，幻肢痛可逐漸消失
5、頑固性幻肢痛除心理護理及其他治療外，可行普魯卡因局部封閉，交感神經阻滯或切除術
6、對幻肢疼痛多不主張鎮痛藥物治療，因易形成依賴性
研究顯示截肢後的大腦皮質功能重組很可能是產生幻肢痛的中樞機製之一。截肢後伴有幻肢痛者，大腦皮質出現明顯的功能重組現象，而截肢後不伴有幻肢痛患者，無明顯的皮質功能重組現象。大腦皮質功能重組的程度與幻肢痛的程度有關，而與無痛性幻肢感(non-painfulphantomlimb)之間無明顯關係。若給上肢截肢後伴有幻肢痛者應用臂叢麻醉，麻醉後幻肢痛明顯緩解者，出現功能重組後的麵與手感覺代表區的分界線（向中線有過移位），在疼痛緩解期會向外側移位，即有退回至功能重組前所在位置的趨勢。而麻醉後幻肢痛不緩解者和無痛性幻肢感者，麻醉前後其麵與手代表區的分界線無明顯移位現象。這項研究進一步說明，截肢後的大腦皮質功能重組可能與幻肢痛的形成有直接關係。
正電子斷層成像技術(pisitron emission tomography，PET)檢測發現，正常人痛刺激所誘發的神經活動出現在扣帶回前部，而軀體感覺代表區皮質活動則沒有明顯改變。提示，正常成人大腦皮層的痛覺感受區與慢性痛者（包括幻肢痛）的痛覺感受區可能不同。
幻肢疼痛患者並無特別飲食要求，但剛完成截肢手術後患者需要注意飲食營養均衡，適當補充蛋白質和維生素，加速傷口愈合。禁食辛辣、刺激性食物。
中醫認為本病由於外傷切割，痰濁瘀血阻滯經絡，日久心肝心虛，腦失榮養，神魂失調，則出現如夢寐變幻的幻肢痛。針灸治療本病基本上證實具有較好臨床效果，具體方法如下：
體針加頭針
主穴：分2組。a.風池、風府、四神聰、神庭、內關、神門。b.感覺區上1/5（頭針穴）。
配穴：腰夾脊、環跳、秩邊、陽陵泉、足三裏、豐隆、懸鍾、太衝。
主穴每次取一組，頭針穴取健側，雙穴均取兩側，二組可輪換使用。配穴除腰夾脊取雙側，環跳、秩邊取患側，餘穴均取健側。每次取2～3穴，交替選用。以28號1.5寸毫針，刺入得氣後平補平瀉。風府、風池不留針，餘穴留針30分鍾。針刺時注意誘發出針感向大腿、小腿或足部傳導，往往會增強止痛效果。頭針穴，進針至要求深度後，接通電針儀，用連續波，頻率為200次/分，電流強度以可忍受為度，通電30～40分鍾。患肢殘端局部發涼者，可用艾條在該處施雀啄灸，至皮膚潮紅為度。上法每日1次，須連續治療3～4周。
療效判別標準：緩解：疼痛及其他症狀完全消失；顯效：疼痛程度減輕50％以上；有效：疼痛程度減輕25％以上；無效：疼痛及其他症狀略有或均無改善。