鰓裂瘺管的形成與以下因素有關：鰓溝與鰓囊間的隔膜破裂；鰓溝閉合不完全；鰓器官上皮殘留；鰓器官發育異常；頸竇未閉合。以上一種或幾種因素可同時存在。
由於患者的皮膚完整性被破壞，持續有分泌物從瘺管流出，故臨床上常並發感染，皮膚完整性被破壞，通常繼發於體質低下，或長期使用免疫抑製劑以及有灰指甲等真菌感染的患者，如並發細菌感染可有發熱、皮膚腫脹、破潰及膿性分泌物流出等表現。嚴重病例可導致膿毒血症，故應引起臨床醫生的注意。
囊腫或瘺管內為複層鱗狀上皮，偶見其他上皮成分，上皮層外為結締組織包膜，術中容易分離，囊腔內含有脫落上皮，粘液及膿液，常有膽固醇結晶。
一、分類
根據鰓裂瘺管的胚胎發育來源不同，可分為以下四種類型：
1、第一鰓裂瘺管
臨床上較少見，其外瘺口多位於下頜角的後下方，靠近胸鎖乳突肌上端的前緣，舌骨以上平麵的頸側皮膚上，內瘺口位於外耳道的軟骨部或耳廓的前方或後方，鼓室及咽鼓管，瘺管在咽鼓管的下麵，齶帆張肌的後麵，頸動脈或莖突咽肌的前麵走行，有的靠近麵神經幹走行。
2、第二鰓裂瘺管
臨床上較常見，外瘺口多位於胸鎖乳突肌前緣的中，下1/3交界處，瘺管自外瘺口穿通頸闊肌，沿頸動脈鞘上行，穿過頸內，頸外動脈之間，經舌咽神經，莖突咽肌和舌下神經的淺麵，到達扁桃體窩上部，內瘺口位於此處。
3、第三鰓裂瘺管
較少見，外瘺口位於胸鎖乳突肌前緣的下部，與第二鰓裂瘺管的外瘺口位置相似，瘺管穿過頸闊肌的深部，穿過頸內動脈的後麵，沿迷走神經的淺麵上行，跨過舌下神經，止於梨狀窩的內瘺口。
4、第四鰓裂瘺管
少見，外瘺口與第二鰓裂瘺管相似，瘺管穿過頸闊肌深部，沿頸動脈鞘下降到胸部，再自鎖骨下動脈或主動脈弓下方上升到頸部，止於食管上端的內瘺口。
二、臨床表現
1、第一鰓裂瘺管主要表現為耳內流膿，下頜角後下方有包塊，壓之耳內分泌物增多，繼發感染可出現疼痛，發熱等症狀。
2、第二、三、四鰓裂瘺管在胸鎖乳突肌前緣有瘺口，有時瘺口很細，細如針尖或小凹陷，該處常有少許分泌物，病人常覺口內有臭味。
本病病因尚不明確，可能和環境因素、遺傳因素、飲食因素以及孕期的情緒、營養等具有一定的相關性故無法針對病因直接預防本病早期發現、早期診斷、早期治療對間接預防本病具有重要意義，同時也可以減少感染並發症的發生，對於已經出現感染的患者，應盡早使用抗生素治療
1、臨床體格檢查：為耳內流膿，下頜角後下方有包塊，壓之耳內分泌物增多，繼發感染可出現疼痛、發熱等症狀。三、四鰓裂瘺管在胸鎖乳突肌前緣有瘺口，有時瘺口很細，細如針尖或小凹陷，該處常有少許分泌物，病人常覺口內有臭味。
2、實驗室檢查：經瘺口行X線碘油造影，可明確診斷。
鰓裂瘺管飲食清淡，注意膳食平衡。忌煙、酒、咖啡、可可等。忌油膩、煎炒、燒烤、煙熏等熱性食物，如羊肉、火腿、熏肉、肥肉等。
一、非手術療法
可用碘油、三氯醋酸等燒灼瘺管、電灼瘺管以及用鹽酸奎寧、25％水楊酸鈉衝洗瘺管，這些方法主要用於不適合或暫緩手術治療病人的臨時性處置。
二、手術切除
是根治鰓裂瘺管的方法。其手術方法：
1、切口：在外瘺口周圍做梭形切口，切開皮膚、皮下組織及頸闊肌。用組織鉗抓住瘺口，沿瘺管的周圍向深部分離至頸動脈竇處，再於頸動脈竇處做橫切口，將已遊離的瘺管下半部分經此切口中拖出。
2、切除瘺管：將胸鎖乳突肌向外牽拉，暴露頸動脈三角，再沿瘺口的上半部分向深部分離，直到咽側壁的扁桃體窩。若為第三、四鰓裂瘺管，應沿瘺管的走行分離至梨狀窩或食管上段。切除瘺管，如與咽腔相通，應立即縫合。
3、逐層縫合傷口，並置引流管。