當靜坐達到入靜狀態時，不僅能主觀上感受到那些極其舒適的心理效應，身體上也會出現許多客觀的變化，產生良好的生理效應。這些客觀變化表現在全身各個係統。對這方麵的研究，是從50年代開始的。大量研究已證實了入靜的生理效應，這裏作一簡介：
一、神經係統：當練功人進到入靜狀態時，腦電圖發生顯著變化，與睡眠安靜狀態完全不同;大腦皮層主動性抑製增強與擴散，進一步可使感知覺發生改變;調節內髒活動的植物神經係統發生改變，表現為交感神經的興奮性降低，副交感神經的興奮性增強，受其支配的內髒功能發生改變，例如淚腺分泌增多，口腔稀薄唾液增多等。
二、循環係統：在入靜狀態下，可以見到心率減慢，血壓多降低，周身微循環改善;心髒收縮時間間期發生有益的變化，心電圖T波幅度增高。實驗證明，靜坐入靜對腦血流量有雙向調節作用，即腦血流不足之增加，偏高之降低，恢複到正常範圍。對入靜狀態下意守不同部位的多導血流同步定量觀察(包括每搏輸出量、腦血流量、上肢和下肢血流量)，發現通過意守可直接影響血液循環，完成血流量的再分配。
三、呼吸係統：入靜狀態下，呼吸逐漸變得柔和、細緩、均勻、深長，呼吸頻率變慢;肺活量增大，使氧氣的更新率提高，毛細血管通透性增強，氣體交換率增加。
四、消化係統：入靜後，胃腸活動增強，胃電增加，消化吸收能力增強，腸鳴作響，排氣增多;膽汁分泌活動增強。
五、內分泌係統：入靜狀態下對內分泌係統的影響是多方麵的。可使血漿核苷酸水平發生變化，CAMP/CGMP比值趨向正常，為靜坐的“平秘陰陽”作用提供了依據;可糾正性激素的異常，為靜坐“培精練氣”、“培本補腎”作用提供了佐證。
六、免疫係統：入靜後嗜酸性白細胞增加，白細胞吞嗜功能增高，唾液中的SIGA和溶菌酶明顯增高，機體細胞免疫及體液免疫能力增強，說明靜坐鍛煉可提高人體的抗病免疫能力。
此外還發現，入靜狀態中人體的基礎代謝率降低，氧耗量減少等。
總之，在入靜狀態下，各係統的指標都相應地出現了有益的改變。鍛煉從開始到入靜的過程中，首先是從心理調整啟動變化的，在良好的心理狀態下，神經係統功能向著同步協調的方向發展，進一步通過神經及神經內分泌途徑作用於全身，引起全身各係統功能活動向著健康協調的方向發展。
這是一個從心理到生理，從精神到形體，從局部到全身的變化過程。
