真菌性食管炎的病原菌以念珠菌最為多見，其中最常見的是白色念珠菌，其次是熱帶念珠菌和克魯斯念珠菌。其他少見的有放線菌、毛黴菌、組織胞漿菌、曲黴菌、隱球菌以及一些植物真菌等，這些菌是從外環境中獲得的，其所引起的原發性食管感染僅見於嚴重免疫低下的病人。
念珠菌存在於正常人體的皮膚和黏膜，當機體全身和局部抵抗力降低或大量使用廣譜抗生素，使其他微生物的生長受到抑製時，念珠菌便會大量生長而致病。因此，念珠菌食管炎多見於：
1、腫瘤患者,並接受放射治療或藥物治療者。
2、長期接受抗生素或類固醇激素治療者。
3、糖尿病或再生障礙性貧血患者等。
4、反流性食管炎，食管黏膜有明顯糜爛或潰瘍者。
5、艾滋病或艾滋病病毒攜帶者等免疫缺陷性疾病患者。
患上真菌性食管炎的朋友，為了自身的健康著想，是必須盡快接受治療的，這是因為真菌性食管炎如果耽擱病情的話，有很大可能會形成食管癌，而臨床上食管癌的死亡率是非常高的。所以，大家在生活中要是覺察到消化道有問題的時候，應盡快入院接受檢查。
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