克羅恩腸炎會表現出不同的症狀，如腹痛、腹瀉或者是常見的腹部有包塊，主要是因為腸黏連，或者腸粘連、腸壁與腸係膜增厚導致膿腫形成，同時全身還可表現出發熱，營養障礙等症狀。
1.消化係統表現
（1）腹痛 位於右下腹或臍周，呈痙攣性疼痛，間歇性發作，伴腸鳴，餐後加重，便後緩解。如果腹痛持續，壓痛明顯，提示炎症波及腹膜或腹腔內，形成膿腫。全腹劇痛和腹肌緊張可能是病變腸段急性穿孔所致。
（2）腹瀉 由病變腸段炎症滲出、蠕動增加及繼發性吸收不良引起。開始為間歇發作，後期為持續性糊狀便，無膿血或黏液。病變涉及結腸下段或直腸者，可有黏液血便及裏急後重感。
（3）腹部包塊 以右下腹與臍周為多見，是由腸粘連、腸壁與腸係膜增厚、腸係膜淋巴結腫大、內瘺或局部膿腫形成所致。
（4）瘺管形成 是Crohn病臨床特征之一。由透壁性炎性病變穿透腸壁全層至腸外組織或器官，形成瘺管。內瘺可通向其他腸段、腸係膜、膀胱、輸尿管、陰道腹膜後等處。外瘺則通向腹壁或肛周皮膚。
（5）肛門直腸周圍病變 少數病人有肛門、直腸周圍瘺管、膿腫形成，肛裂等病變。
2.全身表現
（1）發熱 發熱係由於腸道炎症活動或繼發感染引起，常為間歇性低熱或中等度發熱，少數呈弛張熱，可伴毒血症。
（2）營養障礙 因食欲減退、慢性腹瀉及慢性消耗疾病所致消瘦、貧血、低蛋白血症、維生素缺乏、缺鈣、骨質疏鬆等症。
（3）急性發作期有水、電解質、酸堿平衡紊亂。
3.腸外表現
部分病人有虹膜睫狀體炎、葡萄膜炎、杵狀指、關節炎、結節性紅斑壞疽性膿皮病、口腔黏膜潰瘍、慢性肝炎、小膽管周圍炎、硬化性膽管炎等，偶見澱粉樣變性或血栓栓塞性疾病。
