中東呼吸綜合症的治療問題，應該注意了解科學的方法，因為這種疾病其實是會直接威脅到人們的生命健康的，同時預防工作也很重要，要講究個人衛生，出現感冒流涕，咳嗽問題要注意治療。
一、治療
2013年12月香港大學新發傳染病國家重點實驗室的 Kwok-Yung Yuen 教授在Journal of Infection雜誌首次證明了黴酚酸具有針對新型 MERS-CoV的體外抗病毒活性，同時提示幹擾素 -β1b 和黴酚酸應考慮作為中東呼吸綜合征（MERS）的試驗性治療，但是目前仍沒有疫苗可以預防MERS。
在47例患者中，有42例（89%）在重症監護室治療，34例（72%）接受機械通氣。平均機械通氣時間為7天，平均死亡時間為14天。大多數病人接受奧司他韋和覆蓋常見社區獲得性肺炎病原菌的抗菌藥物治療。其中有5例患者經驗性接受氟康唑治療，2例應用激素，5例應用利巴韋林，1例應用幹擾素-α以及5例應用免疫球蛋白。
二、預防
既然治療困難，那預防一定是有意義的。根據WHO及中國衛生計生委對於防控中東呼吸綜合征的建議：
1、預赴中東地區的民眾，應注意個人衛生和手衛生，盡量避免密切接觸有呼吸道感染症狀的人員，避免接觸動物及其排泄物，用一次性紙巾和洗手，減少與當地人接觸，咳嗽講究禮節，咳嗽和打噴嚏時，捂鼻捂嘴。
2、自中東地區入境的民眾，如出現發熱或流涕、咳嗽、咽痛等呼吸道症狀，應主動通報邊檢防疫人員，配合接受檢疫並及時就診。返國14天內，如出現發熱或呼吸道症狀，應佩戴口罩盡快就醫，並避免乘坐公共交通工具前往醫院，應主動向醫護人員告知近期旅遊史及當地暴露史，以便得到及時的診斷和治療。
