原發性的肺動脈高壓可能很多人都不太了解，但實際上引發這些疾病的原因並不是單一的，如常見的自身免疫係統疾病，係統性紅斑狼瘡，類風濕性關節炎，都可能會合並原發性肺動脈高壓。
1、 肺血栓栓塞最初某些作者認為許多小的臨床亞型的血栓栓塞可能是多數原發性肺動脈高壓的原因，因為病理發現，臨床診斷的原發性肺動脈高壓患者約半數是慢性肺血栓栓塞，但以後的研究發現，組織學上血栓栓塞性肺動脈高壓不同於致叢性原發性肺動脈高壓。血栓栓塞性肺動脈高壓肺血管中層肥厚較輕，內膜纖維化呈偏心性，從不發生擴張性病變，類纖維素動脈炎及叢樣病變形成，與致叢性肺動脈病不同。
2、 自身免疫性疾病係統性紅斑狼瘡、雷諾病、CREST綜合征、硬皮病、類風濕性關節炎、皮肌炎、多發性肌炎和混合性結締組織病等均可合並原發性肺動脈高壓。原發性肺動脈高壓患者中，29%～40%循環抗
3、 核抗體陽性，11%合並雷諾現象。8例CREST綜合征[鈣質沉著，雷諾現象，食管動力障礙，指(趾)硬皮病和毛細血管擴張]患者中7例有肺動脈高壓，這些均提示原發性肺動脈高壓似部分與自身免疫性疾病有關。
4、與妊娠和月經周期有關的因素原發性肺動脈高壓經常在孕期被首先發現，妊娠過程血流動力學改變加重；月經周期可影響體血管的反應性，是否也影響肺血管尚不清楚。至於育齡婦女原發性肺動脈高壓增多的原因還不明了，顯然不是單一病因因素所引起。有人曾提出羊水栓塞可能是原發性肺動脈高壓的病因因素，但組織學檢查未能證實有殘留的羊水栓塞存在。
