厭氧菌感染並沒有首選藥，可以使用甲硝唑片、鹽酸林可黴素膠囊、地衣芽孢杆菌活菌膠囊等藥物治療，需要遵從醫生指導用藥。
1、甲硝唑片：主要成分是甲硝唑，屬於一種抗生素藥物，對大多數的厭氧菌具有強大的抗炎作用。
2、鹽酸林可黴素膠囊：主要適合於敏感葡萄球菌以及厭氧菌所引起的上呼吸道感染或者皮膚軟組織感染，能夠抑製細菌蛋白質的合成，達到抗菌作用。
3、地衣芽孢杆菌活菌膠囊：通常能夠幫助調理腸道菌群，對於厭氧菌感染引起的腸道功能紊亂，能夠起到輔助的作用。
除此之外，也可以使用鹽酸克林黴素膠囊、替硝唑膠囊或者注射用鹽酸氟黴素等藥物治療，需要按照醫生囑咐的療程以及用量使用，用藥期間還要注意合理飲食。
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