始基囊腫發生於成釉器發育的早期階段，牙釉質和牙本質形成之前，在炎症或損傷刺激後，成油器的星網狀層發生變性，並有液體滲出，蓄積其中而形成囊腫。
囊腫的組織病理發生和原因尚未確定，大多認為發生自牙源上皮發育異常的早期階段——牙板及其剩餘，因此不少學者將其歸類於始基囊腫，但角化囊腫可以含牙，其內容為白色或黃色的油脂樣角化物質；生物學行為具有侵襲性，較易複發；組織學上襯裏上皮增殖較為活躍。這些特點有別於始基囊腫，因此，二者宜分開討論。
角化囊腫可轉變為或同時伴有成釉細胞瘤存在，且其還有顯著的複發性和癌變能力。
囊腫的一些患者，當囊腫的病源牙根端突入囊中，牙齒根尖骨質會被吸收傾斜或脫落。角化囊腫易繼發感染，皮層吸收而致邊緣不清楚，從而造成慢性感染骨質增厚致密，較大的囊腫可影響鼻腔、上頜竇腔、眶內及翼後窩等結構。
嚴重的患者骨質逐漸向周圍膨脹，可形成麵部畸形。對於囊腫患者進行手術後，術中稍不小心可引起其它術後並發症，且發病率較高，其中包括術後感染、複發及瘺的形成等。就頜骨囊腫疾病是一定要有足夠的認識的。
囊腫多見於青少年。初期無自覺症狀。若繼續生長，骨質逐漸向周圍膨脹，則形成麵部畸形，根據不同部位可出現相應的局部症狀。
囊腫生長緩慢，臨床表現和其他囊腫有相似之處，但也有不同之處。由於頜骨的頰側骨板一般較舌側為薄，所以一般囊腫大多向頰側膨脹；但角化囊腫可有1/3病例向舌側膨脹，並穿破舌側骨壁。角化囊腫常沿頜骨長軸擴展，頜骨膨脹不如其他頜骨囊彙總及成釉細胞瘤明顯。一般囊腫囊液為黃色或草綠色液體，角化囊腫則為皮脂樣角化物質。其他牙源性頜骨囊腫一般以單發性多見；角化囊腫多發性比例較高。多發性角化囊腫如同時伴發皮膚基底細胞痣（或基底細胞癌），分叉肋、眶距增寬、顱骨異常、小腦鐮鈣化、脊柱畸形等，則稱為“痣樣基底細胞癌綜合征”或“多發性基底細胞痣綜合征”；如僅為多發性角化囊腫並無基底細胞痣（癌）等症狀時，則稱為角化囊腫綜合征。基底細胞痣（癌）或角化囊腫綜合征常有陽性家族史，被認為係常染色體顯性遺傳病。角化囊腫較其他頜骨囊腫更易於繼發感染。
1、早期預防
由於恒牙的形成、生長和發育是在胚胎期和兒童期完成的，因此，在兒童期要做好牙病預防，少食精製的甜食，每日刷牙2-3次一旦發現牙病要及時治療
2、早期檢查
在換牙期間，家長要仔細觀察孩子口腔內有無畸形牙，到期該換的牙齒是否按期萌出，鄰近未萌出牙的牙齒有無傾斜、移位等如發現疑點，要及時帶孩子到醫院就診拍一張口腔全景x線片，了解所有牙齒的位置情況如發現恒牙在頜骨內有倒生、水平阻生、移位或恒牙被鄰牙根阻擋不能正常萌出，應視情況及時拔除不能萌出的恒牙，並定期攝片觀察對於有麵部腫脹史、經常抗炎治療不能消除腫脹者，一定要攝片檢查，以確定頜骨內有無囊腫形成
對於本病的預防，早診斷早治療是本病的防治關鍵另外還需要注意，本病的患者中，大多數與死髓牙有關，因此應盡早處理由外傷、齲齒或畸形牙引起的牙髓病變，對預防或減少根尖囊腫的發生有重要意義
可根據病史及臨床表現。X線檢查對診斷有很大幫助。囊腫在X線片上顯示為一清晰圓形或卵形的透明陰影，邊緣整齊，周圍常呈現一明顯白色骨質反映線，但角化囊腫中有時邊緣不可不整齊。
一般囊腫在X線片上顯示為一清晰圓形或卵圓形的透明陰影，邊緣整齊，周圍常呈現一明晰白色骨質反應線，但角化囊腫有時邊緣不整齊。
始基囊腫飲食注意事項
1、初起及發熱期間，忌酒類及辛辣動火食物如牛肉、羊肉、狗肉、黃鱔、辣椒、胡椒、薑、蔥、韭、蒜之類，以免加重病情。
2、恢複期有陰虛症狀者，忌食香燥食物.如油炸、炒燴、熏烤食品和芳香調料等，以免耗傷津液；不宜多吃糖，因血糖過高時，可促使金黃色葡萄球菌和其他化膿菌生長繁殖加快，從而易引起瘡癤多發。
3、在傷口未完全愈合時，忌食發物，如豬頭、公雞肉等。此外，要注意皮膚與衣被的清潔。預防再次感染。
一旦確診後，應及時進行手術治療，以免引起鄰近牙的繼續移位和造成咬合紊亂。一般從口內進行手術，如伴有感染須先用抗生素或其他抗菌藥物控製炎症後再作手術治療。術前應作X線攝片，以明確囊腫的範圍及鄰近組織關係。
囊腫仍以手術摘除為主，對下頜角、升支處或較大的囊腫，應采用口外切口。以充分暴露術野，盡量在直視下徹底刮除囊腫，對疑有不徹底處，可去除部分骨質，並輔以苯酚（石炭酸）、硝酸銀等腐蝕劑塗抹骨腔創麵，或加液氮、電燒灼等局部處理以消除子囊，防止複發。對病變範圍大，穿破頜骨並波及軟組織，或囊腫已造成病理性骨折；以及多次行囊腫刮除術後複發者，應視其範圍大小連同病變組織作頜骨節段切除或一側下頜骨截除術，同時植骨修複缺損。
對上頜骨囊腫範圍較廣，累及上頜竇，而上頜竇本身有炎症者；或手術時與上頜竇穿通者，均應同時行上頜竇根治術，將囊壁與上頜竇黏膜同時刮除。嚴密縫合口內切口，骨腔內填塞碘仿紗條，並從下鼻道開窗引出，3～5天後逐步抽除碘紗條。
較大囊腫刮除後的骨腔可待其自行愈合，也可考慮用羥基磷灰石顆粒填塞，或采用自體碎骨（多取自髂骨），或聯合應用碎骨+羥基磷灰石顆粒+膠原蛋白充填骨腔，以消除死腔及促進骨愈合。
對病變範圍較大，已引起頜骨畸形但未穿破骨質的囊腫或青少年、兒童患者，可先采用口內開窗引流減壓術待囊腫縮小、變淺後再行根治性刮除術。開窗時應同時切除部分囊壁送病理檢查以證實。將開窗處黏膜內卷入囊腔，與囊壁組織相互縫合，建立囊腔與口腔的通道，並在此填入碘仿紗條，以保證日後引流通暢，碘仿可在術後3～5天逐漸抽出。但此法療程較長，且應注意勿使引流口阻塞，需定期到醫院複診，對於外地病人不方便。