含牙囊腫的發生是由於停留在牙槽骨中的未萌出牙可刺激造釉細胞，使呈增殖性並產生分泌而形成囊腫，牙釉質被包圍在囊內。
含牙囊腫細菌所產生的酶能促使體內血栓形成。含牙囊腫細菌進入血液，會促使人體產生一種作用類似於血小板的膠狀蛋白，形成血栓，阻塞血管，導致心髒病和中風。有報告稱，含牙囊腫患者發生冠心病和中風的幾率分別為正常者的1.4倍和2.1倍。
老年所患肺炎與含牙囊腫疾病關係密切。口腔內的大量細菌可以被吸入肺部，導致肺炎。口腔衛生差者容易發生含牙囊腫，其發生慢性肺部感染及肺功能降低的幾率是口腔衛生良好者的2倍。
發達國家裏2/3的死嬰是早產造成的。患含牙囊腫的孕婦，發生早產和低體重兒的危險性是牙周正常孕婦的7.5倍。美國北卡羅來那大學對早產兒及其母親口腔疾病的關係進行了調查，發現在一些早產兒體內，有與其母親口腔存在細菌相對應的抗體，證實這些早產兒與母親患含牙囊腫有關。
幽門螺杆菌是慢性胃炎、胃潰瘍甚至胃癌的致病菌。近年來，研究者在牙菌斑和唾液中檢出幽門螺杆菌，且含牙囊腫患者的菌斑中幽門螺杆菌的檢出率高於健康者。
此外，含牙囊腫還能引起多種炎症，如風濕性或類風濕性關節炎、腎小球腎炎、虹膜睫狀體炎及某些皮膚病等。
因含牙囊腫位於上頜骨內，囊腫增大時可使病側麵頰部和唇齦部隆起，隆起處皮膚和唇齦粘膜正常，隆起表麵光滑、乒乓球感或破雞蛋殼感。可出現病側鼻塞和眼球向上移位。
含牙囊腫發病年齡高峰在10～39歲，在兒童期，含牙囊腫的發生率較其他頜骨囊腫略高。男性患者多於女性。發病部位和年齡有關：10歲以內患者多位於下頜前磨牙，10～20歲患者病變多位於上頜恒尖牙、下頜第三磨牙和下頜第二前磨牙，20歲以上患者病變多位於下頜第三磨牙。
含牙囊腫的預防最主要的是注意口腔衛生，正確刷牙，定期檢查口腔患者的飲食以清淡、易消化為主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意營養充足此外，患者還需注意忌辛辣、油膩、生冷的食物
含牙囊腫可根據病史及臨床表現。X線檢查對診斷有很大幫助，囊腫在X線片上顯示為一清晰圓形或卵形的透明陰影，邊緣整齊，周圍常呈現一明顯白色骨質反映線，但角化囊腫中有時邊緣不可不整齊。
疾病症狀囊腫區可見受累牙未萌出。囊腫生長緩慢，為膨脹性生長，表現和始基囊腫相似。穿刺可得草黃色囊液，在顯微鏡下可見到膽固醇結晶。
含牙囊腫患者的飲食應以新鮮、易消化，富含優質蛋白質、維生素、礦物質的食物為主，新鮮蔬菜、水果每餐必備。
多吃有一定防癌抗癌的食物，如菜花，卷心菜，西蘭花，蘆筍，豆類，蘑菇類，海參，鯊魚等。
選用具有軟堅散結作用的食物：海蜇，紫菜，淡菜，海參，鮑魚，墨魚，海帶，甲魚，赤豆，蘿卜，薺菜，荸薺，香茹等。但此類食品性滯膩，易傷脾胃，食納差和發熱時要少吃。
不同體質選用不同食物。脾胃虛弱，中氣不足可食用乳鴿，鵪鶉，雞蛋，大棗，圓肉，生薑，大蒜，鮮菇等；肝腎陰虛可用烏雞肉，豬腰子，黑豆，黑芝麻，核桃，鮑肉等；血虛可食用豬肝，豬骨，鵝血，菠菜，豆製品等。
含牙囊腫的治療原則為囊腫刮治術，無論上下頜囊腫均可在口內進行手術，手術除去除囊壁外，還需拔除含於囊內的受累牙。但對於兒童萌出期含牙囊腫，當估計患牙可能萌出到正常位置，可打開囊腔，去除上部囊壁，保留患牙，讓其自然萌出，其上的牙間隙應用保持器維持，以利其正常萌出。