口腔菜花狀乳頭瘤的病因尚不明確，可能和環境因素、遺傳因素、飲食因素以及孕期的情緒、營養等具有一定的相關性。目前研究認為本病和人類的乳頭瘤病毒感染也具有直接相關性。
口腔菜花狀乳頭瘤病可造成其他皮膚黏膜的乳頭瘤感染，形成尋常疣樣的皮膚損害，也有並發生殖器的疣可能，本病也可以通過口交傳播。
口腔菜花狀乳頭瘤為淡褐色疣狀丘疹及息肉樣腫塊，一般累及整個齦黏膜，部分病例可出現整個口腔黏膜病變，甚至擴展至喉和氣管，損害呈增殖性，口腔常散發惡臭。病程為進行性，常遷延多年，可發展為上皮癌。
口腔菜花狀乳頭瘤病預防的重點應針對人類乳頭瘤病毒，可接種乳頭瘤病毒疫苗，對某些類型的HPV具有抵抗作用同時潔身自好，避免多性伴侶，也可減少本病的發生
組織病理
口腔上皮乳頭增生，淺層上皮細胞明顯空泡化，少見或無角化，正常成熟過程有不同程度的喪失，不擴散至基底膜下方，中度細胞浸潤，可見核有絲分裂，棘層明顯肥厚。
口腔菜花狀乳頭瘤病患者的飲食需注意以下事宜：
1、注意飲食衛生，不吃發黴的糧食及其製品，不吃醃製的食物，不吃病死禽畜。
2、不吃煙熏、火烤、燒焦、油炸的食物，不吃過期或可能受真菌毒素汙染的食物。
3、減少豬、牛、羊等紅肉的攝入，避免過度肥胖。
4、控製食用鹽和調料的攝入，少吃深加工食品。
5、不食用過硬、過燙食物。進食過於粗糙、過熱過燙的食物。
口腔菜花狀乳頭瘤病屬於乳頭瘤病毒的感染，根據具體的皮損情況選擇治療方案，可行冷凍、激光和切除病變黏膜，但局部可有複發。也可試服甲氨蝶呤、氨蝶呤鈉或巰嘌呤。同時也可以給予幹擾素以及胸腺肽等免疫調節藥物。