小兒甲狀腺疾病根據臨床分型不同，病因也不同。
1、單純性小兒甲狀腺腫
單純性小兒甲狀腺腫的病因與飲食中缺碘(如山區)和在某些情況下(如妊娠期，生長發育期)對碘的需求量增加有關。單純性甲狀腺腫病人一般頸部可以發現腫大的甲狀腺，B超也可以證實甲狀腺腫大，但甲狀腺內沒有結節。單純性甲狀腺腫病人甲狀腺功能是正常的，這和甲亢和橋本氏甲狀腺炎所引起的甲狀腺腫可以區別。
2、結節性小兒甲狀腺腫
是最常見的一種小兒甲狀腺疾病。其病因不是十分清楚，可能與內分泌紊亂、高碘飲食、環境因素、遺傳因素和放射線接觸史等有關。
小兒甲狀腺疾病是多種原因造成的甲狀腺功能增強、減弱，合成和分泌甲狀腺激素過多、過少，所導致的一種常見內分泌疾病，如不及時治療，可能一起諸多甲狀腺類疾病，主要並發症：
1、單純性甲狀腺腫。
2、甲狀腺功能減退。
3、甲狀腺結節、甲狀腺瘤。
4、急性化膿性甲狀腺炎。
5、亞急性甲狀腺炎。
6、慢性淋巴細胞性甲狀腺炎(橋本甲狀腺炎)。
7、慢性纖維性甲狀腺炎.
小兒甲狀腺疾病臨床表現為甲狀腺腫大，並可見到觸及大小不等的多個結節，結節的質地多為中等硬度。臨床症狀不多，僅為頸前區不適。甲狀腺功能多數正常，但部分患者會出現繼發性功能亢進。
對於兒童甲狀腺疾病來說，盡量避免兒童期頭頸部X線照射，同時注意碘的攝入孕婦在懷孕期間也應注意碘的攝入和避免X射線照射，以免對新生兒產生影響
臨床上對於兒童甲狀腺疾病的檢查主要分為兩步：檢查甲狀腺功能是否異常和鑒別甲狀腺疾病的種類。
1、診斷甲狀腺功能異常的檢查：甲狀腺吸131碘率；甲狀腺抑製試驗；促甲狀腺激素釋放激素試驗。
2、鑒別甲狀腺炎的種類：甲狀腺球蛋白抗體；甲狀腺微粒體抗體；甲狀腺組織活檢。
3、診斷甲狀腺腫瘤或觀察甲狀腺形態：甲狀腺同位素掃描；甲狀腺超聲波；甲狀腺組織活檢。
甲減患兒平時應該補充豐富的維生素，糾正患者貧血病情，有貧血者應補充富含鐵質的飲食、補充維生素B12，如動物肝髒，必要時可以進行補充葉酸、肝製等。
1、補充碘鹽，對於地方性甲狀腺腫大流行的地區，要進行碘鹽的補充，特別是對於生育期的婦女來說，應該做好防止由於母體缺碘而導致子代患上克汀病的措施，防止甲減疾病的產生。
2、甲減患兒要限製脂肪和富含膽固醇的飲食，原發性甲減患者通常會伴有高脂血症，故應限製脂肪飲食。甲減患兒還應該供給足夠的蛋白質，維持人體蛋白質平衡，改善患者病情。
小兒甲狀腺疾病分為單純性小兒甲狀腺腫和結節性小兒甲狀腺腫兩類，分別有不同的治療方法。
1、單純性小兒甲狀腺腫
單純性甲狀腺腫患兒不需手術治療，隻需補充甲狀腺素製劑治療即可。一般服藥一段時間後腫大的甲狀腺會自行消退。目前，國內使用的甲狀腺素製劑主要為兩種，一種是甲狀腺素片，40mg/粒；一種是左甲狀腺素納片(如優甲樂和雷替斯)，50ug/粒或100ug/粒。甲狀腺素片是從豬的甲狀腺內提取的動物製劑，比較粗糙，純度不是很高；左甲狀腺素片是人工合成的製劑，純度比較高。
2、結節性小兒甲狀腺腫
結節性甲狀腺腫如果要治愈，隻有手術治療，但並不是所有的結節性甲狀腺腫都需要手術治療。一般結節性小兒甲狀腺腫中的結節至少超過20mm或懷疑惡性或出現壓迫情況或位於胸骨後或繼發甲狀腺功能亢進或影響美觀、工作和生活者才考慮手術。如果未出現上述情況，建議每隔半年B超隨訪即可。藥物對治療結節性甲狀腺腫效果不好。