發病機理尚未完全闡明。
1、感染，包括細菌感染與病毒感染所致的某些疾病。
2、長期的精神創傷或強烈的精神刺激，如憂慮、悲哀、驚恐、緊張等。
3、少數病人的發病與過度疲勞、外傷、妊娠、攝入過多的含碘食物如：海帶、海魚、海蜇皮及含碘藥物如胺碘酮、複方碘液、碘化鋅、含碘中藥等有關。
一、甲亢性心髒病
16～73歲都可發病，發病率占甲亢患者的13.4％～21.8％，常發生於甲亢後2～3年，除有典型甲亢臨床表現外，其心電圖常有竇性心動過速，心房纖顫，心房撲動，房室傳導阻滯，室性期前收縮，心肌損傷與心肌肥大等，心髒擴大可呈主動脈瓣型，或左右心擴大型，甲亢治愈後心髒病可隨之好轉，本病常應與心肌炎，冠心病，風濕性心髒病及其他心髒擴大疾病鑒別診斷。
二、甲亢性周期性麻痹
本病多發生在男性青壯年身上，常與甲亢性肌病相混，甲亢肌病的血鉀正常，肌電圖異常，而甲亢周期性癱瘓則有：
1、血鉀
2、鉀分布異常：血糖升高可使鉀由細胞外移向細胞內；
3、中樞神經係統興奮性增強，迷走神經促進胰島素釋放增多後可促進鉀分布進一步異常；
4、免疫因素可致IATS，LATS-P，T3及T4等水平升高，甲狀腺激素促進鉀水平降低；⑤甲亢的高腎上腺素能狀態可促進鉀水平下降而發生甲亢性周期性麻痹，本型應與巴特綜合征(Bartterssyndrome)，家族性周期性麻痹症，低鎂血症，醛固酮增多症，重症肌無力以及藥物性低鉀血症鑒別。
甲狀腺功能異常的症狀讓患者感覺不適並能影響到患者的情緒工作和家庭生活但是更重要的是未及時治療的甲狀腺功能異常可能給患者帶來嚴重的甚至威脅生命的並發症
未治療的甲狀腺功能減退可能導致心率過慢甚至造成患者昏迷而且它與血壓升高和血膽固醇水平增高（二者都是心髒疾病的危險因素）有關與不孕不育和阿爾茨海默病（女性的患病危險增加）也相關
甲狀腺功能亢進如未得到治療可能導致心律失常（心肌收縮的節律不規則）甚至心髒病發作此外甲亢患者骨質疏鬆（骨量丟失骨折可能性增大）的危險性增加尤其是絕經後的女性
一、甲減的病因預防
1、呆小症的病因預防
地方性的呆小症，胚胎時期孕婦缺碘是發病的關鍵，散發性的呆小症，多由孕婦患的某些自身免疫性甲狀腺疾病引起，明確病因進行預防，母體妊娠期服用抗甲狀腺藥物盡量避免劑量過大，用是加用小劑量幹甲狀腺製劑，並避免其他致甲狀腺腫的藥物，
2、成人甲狀腺功能減退的預防
及時治療容易引起甲減的甲狀腺疾病，防止手手術治療甲狀腺疾病或放射性131碘治療甲亢引起的甲減，
二、積極防止甲減病情惡化
早期診斷.早期及時有效的治療.是防止甲減病情惡化的關鍵，早期采用中醫藥治療可有效的預防並發症的發生，注意生活調理避免加重病情因素的刺激，
三、防止甲減愈後複發
甲減病愈後機體尚處於調理陰陽，以“平”為期的階段，此時的飲食精神藥膳鍛煉藥物等綜合調理.增強體質提高禦病能力，是病後防止複發的重要措施
抗甲狀腺球蛋白抗體、抗甲狀腺微粒體抗體、抗平滑肌抗體、抗胃壁細胞抗體、抗線粒體抗體、抗心肌抗體、促甲狀腺激素、總甲狀腺素。
1、禁食乳製品至少3個月。禁用咖啡、茶、尼古丁和刺激性飲料食品。
2、甲亢患者可常吃花生、蘇子等具有抑製甲狀腺素合成的食物。火盛者可用西瓜、菜豆、芹菜、金針菜等涼性食物。陰虛者可用有滋陰功能的食物，如木耳、桑椹、甲魚、鴨等。脾虛者可用健脾止瀉的食物，如山藥、芡實、蘋果、大棗、芥菜等。
3、多吃含鉀高的食物，也應食用富含鈣和磷的食物。
4、患者除要忌用含碘高的食物外，飲食中還要忌溫熱、辛燥的食物，如辣椒、桂皮、生薑、羊肉等。還有濃茶、咖啡等。
5、限製食物纖維，應少吃糠麩、卷心菜、蘋果、胡蘿卜等含食物纖維多的食物。甲亢患者常伴有排便次數增多或腹瀉的症狀。
1.甲狀腺製劑終身替代治療：早期輕型病例以口服甲狀腺片或左旋甲狀腺素為主。
2.對症治療：中、晚期重型病例除口服甲狀腺片或左旋甲狀腺素外，需對症治療如升壓、給氧、輸液、控製感染、控製心力衰竭等。
甲亢治療的主要目的在於降低血中甲狀腺激素的濃度，重新建立機體正常的代謝狀態。目前控製甲亢征群的基本方法有3種：①抗甲狀腺藥物及輔助藥物的治療；②放射性碘(131Ⅰ)治療；③手術治療。三者各有利弊，選擇治療方案前，必須慎重考慮患者的年齡、性別、病情、合並症等多種因素。