根據近年來許多臨床和實驗資料證明本病是一種自身免疫性疾病，在多數患者的血清和甲狀腺組織內含有針對甲狀腺抗原的抗體，已知的主要有甲狀腺球蛋白抗體（TGA）、甲狀腺微粒體抗體（MCA）、甲狀腺細胞表麵抗體（FCA）、甲狀腺膠質第二成分（CA2）等。前兩者具有臨床實用價值。正常人血清中甲狀腺球蛋白抗體值為1∶32，很少超過1∶256，微粒體抗體值在1∶4以下；而在慢性淋巴細胞性甲狀腺炎患者的血清中，這兩種抗體值可分別高達1∶2500和1∶640以上。究竟何種原因使甲狀腺產生自身抗體，多數人認為由於免疫耐受性遭受破壞所致，歸納起來有兩點，一是靶器官因某種原因引起抗原性改變，使自已變成"非己"而加以排斥；另一是免疫活性細胞發生突變，抑製T細胞減少，B細胞失卻抑製而更活躍，產生過量的抗體。當抗體抗原結合時，形成的抗原抗體複合體覆蓋在甲狀腺細胞表麵，K細胞與之結合而受到激活。K細胞是一種殺傷淋巴細胞，具有抗體依賴性細胞介導免疫的細胞毒作用，激活後釋出細胞毒，造成甲狀腺細胞的破壞。此外，對這些免疫異常的發生也必須考慮到遺傳因素，許多病例說明同一家族中半數的同胞兄弟姊妹抗體水平顯著升高，並發生多起橋本病。Moens認為本病可能與人類白細胞HLA係統的DRW3和B8有關，這是先天性抑製T細胞的功能缺陷。盡管對本病的發病機理有了一些了解，慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的病因尚待進一步闡明。
慢甲炎病人常常合並其他自身免疫病，如幹燥綜合征、風濕關節炎、尿症、惡性貧血、統性紅斑狼瘡、上腺皮質功能低減、發性卵巢功能低減和慢性活動性肝炎等。病程遷延發展，年後可出現甲減：現為甲狀腺萎縮、液性水腫、率緩慢、身酸痛、乏力、不愛活動、膚粗厚等。
患者起病隱匿，病情發展緩慢，常因偶然發現甲狀腺腫大而進一步檢查被診斷，或出現甲低時方被發現。甲狀腺彌漫性腫大者較多，峽部腫大常較明顯，並可有錐葉腫大，是本病的特征之一；甲狀腺兩葉大小可不均一，可有結節，質地硬而韌如橡皮樣；甲狀腺一般無疼痛，與周圍組織無粘連；個別患者可有類似亞急性甲狀腺炎的表現如甲狀腺腫快，疼痛，壓疼等。
在橋本病發展過程中可有甲亢症狀出現，稱為橋本甲亢，發生率約占橋本病的20％—25％。其原因多數是甲狀腺受炎性破壞，甲狀腺激素釋放入血增多所致，故甲亢表現為一過性的；如受攝碘量和甲狀腺炎症與修複的影響時，可反複出現甲亢或甲亢與甲低交替出現。少數橋本甲亢是因橋本病合並毒性彌漫性甲狀腺腫所致，約占橋本病的0.3％-7.6％；患者甲亢可較長時間持續存在，可伴有典型毒性彌漫性甲狀腺腫的表現如突眼和脛前粘液性水腫、血TSI陽性。患者可以兩種疾病中的任何一種起病，臨床上也可以其中一種疾病的表現為主；例如甲亢症狀可持續數月至數年，但由於甲狀腺組織的不斷被破壞，最終仍然發展成為甲狀腺功能低下。
慢性甲狀腺炎患者在攝入大量碘劑後，甲狀腺容易變硬，容易誤診甲狀腺腫瘤，有些患者容易發生亞臨床甲減，亞臨床甲減患者攝入大劑量碘劑容易進展到臨床甲減，對慢性甲狀腺炎患者盡量避免大劑量碘劑攝入
1、積極鍛煉身體，提高抗病能力
2、盡量避免兒童期頭頸部X線照射
3、保持精神愉快，防止情誌內傷，是預防本病發生的重要方麵
4、避免應用雌激素，因它對甲狀腺癌的發生起著促進作用
5、對甲狀腺增生性疾病及良性腫瘤應到醫院進行積極、正規的治療
6、甲狀腺癌患者應吃富於營養的食物及新鮮蔬菜，避免肥膩、香燥、辛辣之品
7、甲狀腺癌術後放、化療後，積極采用中西醫藥物預防治療是提高療效的有效方法
8、針對水土因素，注意飲食調攝，經常食用海帶、海蛤、紫菜及采用碘化食鹽但過多地攝入碘也是有害的，實際上它也可能是某些類型甲狀腺癌的另一種誘發因素
慢性甲狀腺炎初起時常無特殊感覺，但可見甲狀腺逐漸呈對稱性增大，需要做的檢查如下：
一、基本檢查
1、甲狀腺功能檢查因病程不同而異。
(1)血清T4、T3早期正常，但TSH升高；後期血清T4下降，T3正常或下降，TSH升高。
(2)甲狀腺吸碘率早期正常或增高，但可被T3抑製；後期吸碘率降低，注射TSH也不升高。
2、免疫學檢查血中抗甲狀腺球蛋白抗體(TGA)、抗甲狀腺微粒體(過氧化物酶)抗體(TMA)滴度明顯升高，二者均大於50％(放免雙抗法)時有診斷意義，可持續數年或十餘年。
3、其他檢查血沉增快，可達100mm/h，血清白蛋白降低，r球蛋白增高。
二、進一步檢查
1、SPECT，甲狀腺掃描分布均勻或不均勻，可表現為“冷結節”。
2、病理學檢查對於臨床表現不典型，抗體滴度不高或陰性者，可作細針穿刺細胞學檢查或組織活檢以確診。
慢性甲狀腺炎患者可吃些含維生素高的新鮮蔬菜、水果及營養豐富的銀耳、百合、瘦肉、淡水魚、香菇、雞肉、鴨肉、甲魚、桑椹等，最好以清淡為主。保持心情愉悅，學會控製自己的情緒，忌食碘、羊肉、辣椒、海鮮、濃茶、咖啡等濕熱或有刺激性的食物。
但患者們需要注意的是：限製海帶、紫菜等海產品的攝入，減少食物中碘的含量。而對於慢性甲狀腺炎合並甲狀腺功能低下的病人，如慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的患者，飲食中卻應該增加食物中碘的含量，提高血液中碘的濃度，為甲狀腺激素的合成準備充足的原料，這也是慢性甲狀腺炎飲食需要注意的地方。
對輕度甲狀腺腫大而無症狀者可不予治療，應隨訪觀察。甲狀腺明顯腫大或有甲狀腺功能減低時，即使僅有血清TSH增高，應給予甲狀腺製劑治療。一般從小劑量開始，甲狀腺片每日20～40mg，或L—T425～50微克，逐漸增量至維持量，以保持TSH在正常範圍為宜。甲狀腺腫大迅速，或伴有疼痛，或有壓迫症狀者，可短期應用糖皮質激素治療。橋本甲亢應采用小劑量抗甲狀腺藥物及普萘洛爾製劑，一般不用碘131和手術治療，以免導致嚴重甲減。