1、甲狀舌管囊腫與鰓裂囊腫皆為發育異常性囊腫。
2、甲狀舌管囊腫是一種先天性發育性囊腫，源於甲狀舌管的殘餘上皮，由胚胎甲狀腺形成過程中的甲狀舌管退化不全，遺留在深部組織內並產生分泌物積聚於組織內而成。
3、鰓裂囊腫屬先天性發育異常，是由於第二鰓裂和第二咽囊在胚胎發育過程中未能閉合或閉合不全所致。
本病屬因組織液聚集形成的囊腫，故可因合並細菌感染，形成化膿性改變，可並發甲狀舌管的化膿性膿腫表現以及腮裂的化膿性感染。感染可直接蔓延到咽部以及扁桃體，可出現化膿性扁桃體炎。如患者全身抵抗力低下，以及使用免疫抑製劑者，感染可直接向遠端蔓延，造成全身的化膿性感染。
1、甲狀舌管囊腫與鰓裂囊腫皆為出現在頸部或麵側的隆起性軟性腫塊，前者較小（約蠶豆大小），發生在舌骨水平的頸中線，能隨吞咽上下活動；後者常較大（約雞蛋大小）多見於頸側部的動脈三角區，常有波動感。
2、甲狀舌管囊腫多見於兒童，易感染而有疼痛感，也有以婁管形式表現者，即位於舌骨水平皮膚上見一小口，常流出少量清亮液體。
3、鰓裂囊腫多見於青少年，由於上呼吸道感染可突然腫大疼痛，可因來源於第一，二，三，四不同的鰓裂而有腫塊位置的上下改變。
甲狀舌管囊腫是一種先天性發育性囊腫，源於甲狀舌管的殘餘上皮，由胚胎甲狀腺形成過程中的甲狀舌管退化不全，遺留在深部組織內並產生分泌物積聚於組織內而成本病屬於先天性疾病，故無法預防早期發現、早期診斷以及早期治療，可降低並發症的出現
1、對於臨床表現較典型：術前診斷已較明確者檢查專案以檢查框限“A”為主。
2、對於臨床表現不典型：鑒別診斷較困難者或腮裂囊腫緊鄰重要結構者檢查專案可包括檢查框限“B”和“A”其中同位素掃描或ECT檢查主要用於甲狀舌管囊腫與異位甲狀腺的鑒別。
注意口腔衛生，堅持早晚及飯後刷牙。減少煙酒和粉塵刺激，還需糾正張口呼吸的不良習慣。應加強身體鍛煉，增強體質，預防呼吸道感染，少用煙酒，積極治療咽部周圍器官的疾病。合理安排生活，保持心情舒暢，避免煩惱鬱悶。保持室內合適的溫度和濕度，空氣新鮮。宜吃清淡、具有酸、甘滋陰的一些食物，如水果、新鮮蔬菜、青果等。經常含服四季潤喉片、薄荷喉症片等。
1、一般性手術的預防性抗感染選用磺胺類藥物（如複方新諾明）或主要作用於革蘭氏陽性菌的藥物（如紅黴素、青黴素等）；體質差或並發感染者常聯合用藥，較常用為：作用於革蘭氏陽性菌的藥物＋作用於革蘭氏陰性菌的藥物（如慶大黴素）＋作用於厭氧菌的藥物（如滅滴靈）；手術前後感染嚴重或有並發症者可根據臨床和藥敏試驗選擇有效的抗生素。
2、甲狀舌管囊腫及鰓裂囊腫為良性腫物，非手術治療無效，一旦診斷確立，應予手術治療，更不宜使用民間一些不明成份的藥物內服外敷，少數並發感染者可先使用抗生素控製感染後再行手術治療。
3、治愈標準：
（1）治愈：囊腫完整摘除，創口愈合。
（2）好轉：治療後，囊腫尚有殘留。
（3）未愈：未行手術，外形及功能無改善。