遠端結腸腸壁肌間神經叢的神經節細胞減少或缺如，是引起先天性巨結腸的病因。
病變好發於乙狀結腸及直腸交界處，無神經節細胞的腸段從直腸向近端延伸的距離長短不一，可以是長的，個別病例可波及全部結腸，極少的情況下是很短的。無神經節細胞的腸段在肉眼或X線下均可顯示正常，因此欲肯定有無神經節細胞，有賴於直腸活檢。由於病變部位的腸管缺乏正常蠕動，經常處於痙攣狀態，形成功能性腸梗阻，使糞便通過發生困難。由於糞便不能順利地進入直腸，壺腹部常空虛，不能刺激直腸壁的感受器以引起正常的排便反射。因此，痙攣腸管的近端由於長期淤積大量糞便和氣體，使腸壁逐漸肥厚，腸腔擴張，形成了巨結腸。故本病的主要病變在於遠端的痙攣腸段，而巨大的結腸不過是功能性腸梗阻的後果。
巨結腸的肉眼解剖所見與臨床症狀，均取決於缺乏神經節腸管的水平和病人的年齡。新生兒期常因病變段腸管痙攣而出現全部結腸甚至小腸極度擴張，腸壁變薄，但因病程較短尚無巨結腸的典型腸壁肥厚變化。偶可並發腸穿孔，多發生在盲腸或乙狀結腸，即痙攣狹窄腸段的近端。年齡越大，結腸的擴張和肥厚越明顯，並越趨於局限。
小腸結腸炎是先天性巨結腸最嚴重的並發症，以新生兒期多見。發病較急、高熱、吐瀉，梗阻腸腔內積存大量腸液可導致嚴重脫水、酸中毒和休克，病死率可高達30％。其他並發症有腸梗阻、腸穿孔、營養不良、發育延遲等。
先天性巨結腸的症狀新生兒表現為不排胎便，年長兒表現為頑固性便秘，具體介紹如下：
1、新生兒和嬰幼兒
正常新生兒幾乎全部在出生後24h內排出第一次胎便。患兒則表現為生後不排胎便，開始排胎便及排空時間均推遲。出生後2～3天內出現部分甚至完全性腸梗阻症狀。患兒嘔吐，吐物含膽汁或糞便樣液體，並有腹脹及便秘。肛門指診或用溫鹽水洗腸，可排出大量胎便及氣體，症狀緩解。緩解數天後，腹脹、便秘又複出現，又需洗腸才能排便。體檢可完全正常，有時可捫到擴張的腸管橫貫於上腹部。如果看到有從右向左的蠕動波，可以推測是在無神經節細胞腸段近端擴張的橫結腸。腹脹緩解後可以進食，惟多數患兒由於嘔吐、拒食而體重不增，發育較差。
在新生兒，也可能以腹瀉為突出症狀而伴有腸梗阻，經常便秘與腹瀉交替出現。如反複遷延，患兒日趨消瘦，並引起營養不良性水腫。新生兒期，並發腸炎者甚為多見，炎症往往頑固難治，可發展為凶猛的小腸結腸炎。發病較急，有高熱，吐、瀉，梗阻腸腔內積存的大量腸液可導致重度脫水、酸中毒和休克，如不積極搶救，多於24h內死亡。腸炎病變可產生腹腔滲液，出現腹膜刺激征，臨床上很像化膿性腹膜炎。
如症狀較輕，於新生兒期往往未能作出診斷。到嬰幼兒期表現為進行性便秘及腹脹。輕症者常需瀉藥通便，重症者常需洗腸協助排便。患兒發育營養均低於正常標準，腹脹明顯，腹壁靜脈曲張，常出現腸型，左下腹部可觸及充滿糞便的腸襻。
2、年長兒和成人
有些年長兒和成人對此病耐受性好，可以活到較大年齡。頑固性便秘是主要的病史，有的2周才解一次大便，經常依靠瀉藥排便，而且瀉藥越來越不起作用。體檢可見麵色蒼白，營養不良，腹部突出，兩腿細長。偶見急性腸功能不全。病人發展到完全性腸梗阻而就醫。
先天性巨結腸是先天性疾病，無有效預防措施本病的診斷和治療近年來有了很大進步，患兒若能得到早期診斷早期手術治療，術後近期遠期效果較滿意但有些患兒術後大便次數多或失禁，則需較長時間進行排便訓練先天性巨結腸發病率高，病人通常年齡較小，手術相對複雜，術後可能遺留問題較多，建議病人選擇有一定技術水準的專科醫院就診手術，以免後期處理困難
先天性巨結腸患兒可用肛門直腸測壓法檢查，方法是將氣球置肛門壺腹部充氣，可見隨內壓的上升正常小兒的內括約肌開始鬆弛，而巨結腸患兒的內括約肌緊縮，無鬆弛反射。先天性巨結腸患兒的其他輔助檢查為：
1、X線鋇灌腸檢查
以少量鋇劑灌腸後拍正側位片，可顯示典型的痙攣腸段和擴張腸段;移行區呈鋸齒狀變化，是因為強烈的腸蠕動使鋇灌腸影呈現不規則的收縮環，鋇劑不能排空。
2、直腸活檢
對擬診為巨結腸而X線檢查未能確診的新生兒，還可作直腸活檢，協助診斷。目前活檢主要有兩種方法：
1、組織形態學方法，觀察神經節細胞和節前纖維的變化。
2、組織化學檢查，主要是測定乙酰膽堿酯酶的活性。
先天性巨結腸患兒術後一般禁食1～2天，禁食期間，液體24h內平均輸入，根據尿量調節滴速，必要時分次少量給予營養物質及脂肪乳劑等。
腸蠕動恢複後，即給予少量飲水，觀察24h若無腹脹、腹痛，可恢複母乳喂養，或進食流質飲食，以後改為半流飲食，逐漸恢複普食。開始進食時要少量多餐，逐漸加量。注意飲食要富含高蛋白、營養、高熱量，且清淡易消化。
先天性巨結腸根據患兒的症狀輕重選擇不同的治療方法，對於輕型的患兒采取保守治療，對於重症的患兒就要采取手術治療了。
1、內科治療
對輕型的先天性巨結腸患兒或有全身感染症狀，手術無法耐受者可用非手術療法維持營養和發育。用緩瀉劑或定時用生理鹽水灌腸，以避免糞便淤積。
2、結腸造瘺術
當患兒發生急性腸梗阻，或有腸穿孔、腹膜炎趨向，或伴有小腸結腸炎，或是全結腸無神經節症，應行結腸造瘺術。造口部位應盡量選擇靠近擴張腸管作單口造瘺。
3、手術治療
新生兒期患兒應盡量保守治療，待1歲左右再做根治手術。成人期患者症狀加重，經保守治療無效者亦應行根治術。根治手術要求切除距肛門齒狀線1～2cm處以上的狹窄直腸及狹窄段上5cm以上的擴張結腸。常用的術式有下麵3種：
(1)拖出型直腸、乙狀結腸切除術(Swenson手術)。
(2)結腸切除、直腸後結腸拖出術(Duhamel手術)。
(3)直腸黏膜剝離、結腸於直腸肌層內拖出切除術(Soave手術)。