1 飲食因素：食物纖維能維持腸道菌群正常生態平衡，且細菌代謝纖維的終產物對小腸上皮有營養作用，纖維能維持腸黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學。
2 菌叢的變化因素：菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。
3 藥物的代謝因素：腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用，包括乳果糖、水楊酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可導致結腸菌叢的改變，其取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。
4 年齡因素：隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發生改變，雙尾菌減少，產氣莢膜杆菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，後者導致毒素增加使免疫受到抑製。老年如能維持年青時的腸道菌群平衡，也許能夠提高免疫能力。
5 胃腸道免疫功能障礙因素：胃腸道正常免疫功能來自黏膜固有層的漿細胞，漿細胞能產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道黏膜合成單體，或雙體IgA，或合成分泌片功能發生障礙，致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA，則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調，引起慢性腹瀉。無症狀的IgA缺乏者，小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高，亦可能與免疫係統發育未成熟或不完善有關。
腸道菌群失調可引發下列疾病：
1、急、慢性腹瀉：典型的菌群失調腹瀉病例，大多發生在抗生素應用之後，此時大部分正常菌群中的生理性專性厭氧菌減少或消失，而其中具有耐藥性的"過路菌"，如假單胞菌屬、克雷伯菌屬、葡萄球菌、白色念珠菌、變形杆菌等過度繁殖。此外，正常腸菌由於在抗生素影響下發生結構上的改變，也可引起腹瀉。對這些病例的檢測結果表明，需氧或兼性厭氧菌，如腸杆菌、腸球菌等明顯減少或消失，並且厭氧的雙歧杆菌與乳酸杆菌也明顯減少。在腹瀉停止後，腸道菌群也恢複正常。臨床與動物實驗均已證明腸道茵群失調可引起急性腹瀉。某些旅遊者腹瀉的原因之一，可能就是因為氣候和環境的改變而發生的腸道菌群失調所致。國內外的研究證明，急性腹瀉的一些非特異病原菌，如假單胞菌屬、克雷伯菌屬、變形杆菌屬等亦可引起慢性腹瀉。但事實上，引起慢性腹瀉的病原菌就是常住菌的比例失調。隻有少數"過路菌"是引起慢性腹瀉的病因。康白等人的研究也證明了這一點。
2、熱帶脂肪瀉：盡管本病的病因未明，但有足夠證據表明，熱帶脂肪瀉的慢性腹瀉，體重下降以及碳水化合物、脂肪、葉酸、維生素B12吸收不良是來源於小腸腸道菌群失調。本病患者糞便中需氧菌和兼性厭氧菌明顯多於厭氧菌，而健康人則前者是後者的l％o。進一步研究證明在熱帶脂肪瀉患者的回腸內已分離出能產生腸毒素的肺炎杆菌、陰溝腸杆菌和大腸杆菌。這說明本病的臨床表現是近端小腸定植了上述細菌所致，而在正常情況下，這些細菌主要定植在大腸。
3、細菌過度生長綜合征：細菌過度生長綜合征以胃腸道解剖異常和生理功能紊亂為特征，此種改變促使結腸型菌群在小腸上部定植而導致脂肪瀉、維生素缺乏症、碳水化合物吸收不良等臨床表現。小腸細菌的過度生長綜合征患者的小腸細菌分析證明需氧菌和厭氧菌都存在。由此導致吸收不良和遊離膽酸增多引起腹瀉和營養不良、貧血和維生素缺乏症。
4、內毒素血症：腸道菌群失調腸內革蘭陰性杆菌在腸道菌群中的比例增加，進一步導致內毒素水平增高。一般情況下結腸內的內毒素可被細菌滅活或部分經門靜脈入肝再經庫普弗細胞解毒。如果內毒素水平異常增高，肝髒解毒功能降低，則出現體循環的內毒素血症。
腸道菌群失調症會伴隨著怎麼樣的症狀呢？首先以嚴重腹瀉或慢性腹瀉為主要臨床表現，在應用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能發生本症。腹瀉多為淡黃綠色水樣便，有時如蛋花樣。臨床常見的症狀類型：腸道菌群失調的症狀
1 白色念珠菌性腸炎：是腸道菌群失調症最常見的一種。多見於瘦弱的嬰兒，消化不良，營養不良，糖尿病，惡性腫瘤，長期應用抗生素或激素的患者。白色念珠菌感染一般多從上消化道開始，蔓延到小腸甚至肛周，鵝口瘡常是白色念珠菌腸炎最早的信號，如小腸黏膜糜爛或潰瘍可引起多次的無臭黏液膿性糞便，有時可呈水瀉，伴有消化不良，如治療不及時，可擴散至呼吸道、泌尿道甚至腦組織.
2 葡萄球菌性腸炎：多見於長期應用抗生素(四環素類、氨苄青黴素等)、腎上腺皮質激素和進行腸道手術的老年患者或慢性病患者。葡萄球菌感染可排黃綠色稀便，每日3～20餘次，伴有腹脹，腹痛一般不著，吐瀉嚴重者可伴有脫水，電解質紊亂、血尿素氮升高、血壓下降.
3 產氣莢膜杆菌性急性壞死性腸炎：產氣莢膜杆菌所產生的β黴素可引起急性壞死性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
4 綠膿杆菌腸道感染：綠膿杆菌為條件致病菌，常為繼發感染，在嬰幼兒、老年、某些惡性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。綠膿杆菌感染能產生藍綠色熒光素使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，個別病例糞便中有粉一般腹痛輕，少數伴惡心、嘔吐、多有水、電解質紊亂，重症可發生休克。有些旅遊者可能因氣候和環境的改變而發生腸道菌叢失調俗稱水土不服。
5 變形杆菌腸道感染：變表杆菌在一定條件下可為條件致病菌，如普通杆菌、奇異杆菌、摩根氏變形杆菌均可引起食物中毒，無恒變形杆菌可引起嬰幼兒夏季腹瀉。
6 肺炎杆菌腸道感染：當機體抵抗力降低或其他原因，正常寄生在腸道的肺炎杆菌可引起感染，特別是小兒的嚴重腹瀉。
腸道菌群失調的預防合理應用抗生素對年老體弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素時，嚴格掌握適應症，最好能作藥物敏感試驗，選擇最敏感的抗生素對老、細及病後體弱者，在用抗生素的同時並配合使用乳酸菌素或雙岐杆菌活菌製劑及維生素B族或維生素C等，以防腸道菌群失調在大手術前，應注意配合全身支持療法，如提高營養、輸血、肌注丙種球蛋白、服用維生素等把好食品采購關應選擇新鮮食物，病死的家禽、家畜、不新鮮的水產品不要購買即使對於鹽醃過的食品，也不能掉以輕心；烹調時，炊具要注意消毒，生熟食品用的炊具要分開下廚者也要注意個人衛生，要勤剪指甲勤換衣服
同時，餐具應該嚴格消毒；涼拌菜宜少吃，吃時應洗淨，並用冷開水衝洗瓜果宜洗淨去皮再吃；夏季不宜舉行家宴，飯菜應現做現吃，如有剩餘，第二天應煮透再吃但即使煮透，有些細菌的毒素仍不能被破壞，如葡萄球菌腸毒素在煮沸後30分鍾仍保存其致病性；保持室內清潔蒼蠅、蟑螂等可傳播腸道傳染玻因此，消滅蒼蠅與蟑螂也是預防夏季腸道傳染病的重要措施之一；充足的睡眠和豐富的營養有助於增強體力，也有助於預防夏季腸道傳染玻此外，夏季也要積極鍛煉多飲水，良好的體能狀態可以增強人體免疫力
腸道菌群失調的化驗檢查如下
1.醫技檢查 菌群分析：為主要檢查方法，有定性分析和定量分析2種。定性分析：與一般微生物學檢查相同，如葡萄球菌炎糞便塗片革蘭染色可發現成堆的陽性葡萄球及中性多形核細胞，糞便培養可有大量葡萄球菌生長。白色念珠菌性腸炎可采取其病理材料直接塗片，經氫氧化鉀溶液處理並革蘭染色，鏡檢可見成簇的卵圓形白色念珠菌。革蘭氏染色陽性，細胞內著色不均勻、細菌培養可形成奶油色表麵光滑細菌樣落，帶有酵母氣味。但除三度比例失調(即菌群交替症)能檢出外，其他比例失高則難以分析。因此，除定性檢查外，尚需進一步做定量檢查，以判斷數值是否正常。腸道菌群失調診斷1.12 ；定量檢查：首先需將糞質均質化，並按一定比例稀釋，培養後還須計算各類細胞菌落計數以求出細菌總數值，手續麻煩，一般實驗室很少采用。正常菌群分析所用的培養基，要求具有高度的選擇性，如S培養基對腸道致病菌，伊紅美藍培養基對腸道需氧的革蘭陰性杆菌，7.5％氯化鈉瓊脂對葡萄球菌，少鮑氏瓊脂對真菌等。培養方法除需氧培養外，必要時尚需厭氧培養，需氧培養與一般細菌培養相同，厭氧培養則采用生物厭氧法或厭氧缸法。
2.結腸鏡檢查：腸黏膜呈彌漫性充血、水腫、血管分支模糊不清或消失。有散在的糜爛潰瘍及出血，有時可見黃色假膜附著。
腸道菌群失調屬於慢性疾病，非一日所成，也非一日可治愈，除了配合治療，還要注意日常保健：飲食均衡；補充益生元；堅持體育鍛煉；保持良好心情。慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素時，嚴格掌握適應症，最好能作藥物敏感試驗，選擇最敏感的抗生素。對老、細及病後體弱者，在用抗生素的同時並配合使用立健及維生素B族或維生素C等。飲食宜清淡；飲食中適當增加瘦肉、魚、蛋、蕈類等，隻要不過多，不太油膩，增加葷食時慢慢增加，用不著擔心消化不良等；食物應以易消化，質軟少渣，無刺激性為宜。應該注意的：應少吃纖維素多的蔬菜如韭菜、芹菜、竹筍等，葉菜類也應適當控製，必要時可采用咀嚼後喝汁液吐渣的方法。忌吃產氣食物。如大豆、豆製品、炒蠶豆、白薯等;忌生冷瓜果。忌食牛奶及海鮮。腹瀉患者食用牛奶、煉乳、蝦、海魚等後易發生結腸過敏，導致腹瀉加重。另外蜂蜜及其製品有潤腸通便作用，所以也不能食用。
中藥治療：中醫認為：“泄瀉之本，無不由於脾胃”。急性泄瀉病多偏實，責在脾胃;慢性泄瀉病多為虛，每及脾腎。前者當清熱化濕，後者應高補脾腎。中藥中的清熱解毒藥對體液免疫有影響，如蒲公英、白花蛇舌草等能促進抗體生成，魚腥草能提高備解素濃度，而備解素、C3、Mg++組成的備解係統對痢疾杆菌、沙門氏菌、綠膿杆菌等革蘭氏陰性杆菌有一定殺滅作用，是機體產生抗體前的一種重要的非特異性的免疫防禦功能。在應用中醫辯證論治治療腸道菌群失調時，均應考慮以上藥物的作用，於清熱化濕、補氣健脾、和胃滲濕、溫腎健脾等法中，適當配伍應用則效果比較理想。
(一)辨證施治：
1.感受寒濕
證候：發病較急， 腹痛 腸鳴 ，大便清稀甚至如水樣，口不渴，或兼有 惡寒 發熱， 頭痛 鼻塞，肢體酸楚，舌苔白，脈濡。
治法：解表散寒，芳香化濁。
方藥：霍香正氣散《和劑局方》加減。霍香10克，紫蘇10克，白芷10克，川樸6克，大腹皮10克，半夏6克，陳皮10克，茯苓10克，白術10克，甘草6克。若表邪重者可加荊芥、防風; 胸悶 納呆，苔白膩，宜加蒼術、澤瀉。
2.濕熱下迫
證候： 腹痛 即瀉，瀉下急迫，糞便黃褐而臭，肛門灼熱，心煩 口幹 ，小便短赤，或兼發熱惡風，舌紅苔黃膩，脈滑數。
治法：清熱利濕。
方藥：葛根芩連場《 傷寒 論》加減。葛根15克，黃連9克，黃芩9克，甘草6克。可加銀花、木通、車前子助其清熱利濕，使表裏雙解，濕熱分消，泄瀉得止。濕邪重者可加藿香、佩蘭、厚樸;熱邪偏重者，可選添連翹、梔子、馬齒莧。
3.脾胃虛弱
證候：大便溏瀉，反複發作，時輕時重，脘悶， 納差 ，食後即欲大便，麵色萎黃，精神倦怠，舌淡，苔薄白，脈緩弱。
治則：益氣健脾。
方藥：參苓白術散《和劑局方》加減。黨參12克，白術12克，茯苓12克，山藥12克，扁豆15克，蓮肉10克，陳皮10克，砂仁6克，苡仁10 克，桔梗6克，甘草6克。若 脾虛 運化呆鈍，食積氣滯者可用香砂六君子湯加神曲、山楂、厚樸;若久瀉氣虛下陷者可用補中益氣湯，以益氣升提，止瀉。
4. 脾胃虛寒
證候：腹痛隱隱，喜溫喜按，瀉下清稀，甚或完穀不化，手足欠溫， 口幹 不渴，舌談，苔白，脈細緩。
治則：溫中健脾。
方藥：理中湯《 傷寒 論》加減。黨參12克，白術12克，幹薑10克，甘草6克。可酌加木香、砂仁、白豆蔻合用能溫中健脾，順氣和胃。若中陽虧甚引起腸滑不禁，不能自斂，治宜溫陽固澀，用理中湯加附子，並選添河子、罌粟殼、赤石脂;若虛寒久瀉而間雜熱邪，或食濕滯積化熱者，則出現寒熱錯雜證候，用連理湯化裁。
5. 脾腎陽虛
證候：黎明之前，臍腹隱痛， 腸鳴 即瀉，瀉後稍安，腹部 畏寒 ，形寒肢冷，腰膝酸軟，舌苔白，脈沉細 無力 。
治法：溫補牌腎。
方藥：四神丸《證治準繩》合附子理中丸《閻氏小兒方藥》加減。附子10克，補骨脂12克，吳萸12克，肉蔻12克，五味子15克，黨參10克，白術12克，幹薑10克，甘草6克。若腹脹加廣木香;年老體衰久瀉不止者可用四神九合養髒湯加減。
(二)其它療法
1.單驗方：大蒜100克，搗爛後加入生理鹽水100毫升，保留灌腸，一日3～4次。二花10克，梔子10克，地榆15克，公英10克，防風10克，黃連10克，白芍10克，甘草10克，水煎適量，80～100毫升待溫後保留灌腸，一日2～3次。
2.針灸：運用針灸治療泄瀉，在穴位配取、運針手法以及留針時間上都須嚴謹。 脾胃虛寒 者：取天樞、大腸俞、中脘、氣海(均用灸法)。濕熱下迫者：取下脘、合穀、內庭(均用瀉法)。 脾虛 濕盛者：取脾俞、水分(均灸)，陰陵泉、公孫(均瀉)。 脾腎陽虛 者：取命門、關元、百會(均灸)，腎俞、脾前(均用補法)。 腸道菌群失調症西醫治療方法
藥物治療：
1、飲食調整：發酵性 腹瀉 應限製碳水化合物;腐敗性 腹瀉 應限製蛋白質的攝入。增強腸粘膜的局部防禦屏障功能，防止細菌易位，應增加纖維食物。
2、抗菌藥物：立即停止原抗生素，應根據菌群分析以及抗菌藥物敏感試驗，選用合適的抗生素以及抑製過度繁殖的細菌，從而間接扶植腸道繁殖不足的細菌。此外還可采用廣譜抗菌藥物將腸道細菌大部分消滅，然後再灌入正常腸道菌群的菌液以使其恢複。
3、活菌製劑：目前常用的活菌製劑有嗜酸乳杆菌、保加利亞乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、分叉乳杆菌、糞鏈球菌、大腸杆菌、糞杆菌和枯草杆菌等。其中以分叉乳杆菌製劑療效最好。枯草杆菌製劑療效也較好，其療效機製可能是由於該菌是需氧的，能吸收氧氧，降低腸腔氧化還原電位，支持厭氧菌(類杆菌、乳杆菌)生長，從而間接扶植了正常菌菌群。還可以用正常人大便懸液做成複方活菌製劑用來治療葡萄球菌引起的偽膜性腸炎，收到較好的效果。用乳酸鏈球菌製成的乳酶生，臨床廣泛應用效果亦好。適用腸道正常菌群中繁殖不足的耐藥株做成製劑，以利定值，亦是調整腸道菌群失調的有效方法。目前最新的生物製品麗珠腸樂 (回春生膠囊)為雙岐杆菌活菌製劑(bifidobiogne)，據藥一研究表明該製劑具有屏障作用、控製內黴素血症作用、營養作用、抗 腫瘤 作用、免疫增強作用、抗衰老作用等。
4、菌群促進劑：口服菌群促進劑，亦可達到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植在腸杆菌，用葉酸扶植腸球菌，兒童常用分叉杆菌因子促進分叉乳杆菌生長。應用半乳糖甙一果酸，受細菌分解後形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑製其他細菌，而支持乳杆菌生長。
5、耐藥性腸球菌製劑：日本目黑氏等采用增厚傳代培養法獲得了耐鏈黴素、紅黴素、四環節、氨苄青黴素的腸球菌一類鏈球菌BIO―4R株。經動物和人體內試驗表明，本菌具有耐多種抗菌素性，故能阻止其他菌群異常繁殖，克服菌群失調，改善大便性異常，且比以往單用抗菌素治療療效迅捷，並能防止糞鏈球菌 BIO―4R株的耐藥因子向大腸杆菌K―12株轉移。