腸道菌群失調的症狀上包括了很多種，一般患者可能會早點常表現上出現突然的腹瀉，甚至可能會有腹脹比較嚴重的患者，可能會伴有消化不良和腸道不適的症狀，所以對此大家要注意規範的方法，進行有效的治療。
症狀體症
本症以嚴重腹瀉或慢性腹瀉為主要臨床表現，在應用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能發生本症，腹瀉多為淡黃綠色水樣便，有時如蛋花樣，真菌感染可呈泡沫樣稀便，有腥臭味，膿血便；葡萄球菌感染可排黃綠色稀便，每日3～20餘次，伴有腹脹，腹痛一般不著，吐瀉嚴重者可伴有脫水，電解質紊亂，血尿素氮升高，血壓下降；白色念珠菌感染一般多從上消化道開始，蔓延到小腸甚至肛周，鵝口瘡常是白色念珠菌腸炎最早的信號，如小腸粘膜糜爛或潰瘍可引起多次的無臭粘液膿性糞便，有時可呈水瀉，伴有消化不良，如治療不及時，可擴散至呼吸道，泌尿道甚至腦組織；綠膿杆菌感染能產生藍綠色熒光素使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，個別病例糞便中有粉一般腹痛輕，少數伴惡心，嘔吐，多有水，電解質紊亂，重症可發生休克，有些旅遊者可能因氣候和環境的改變而發生腸道菌叢失調俗稱水土不服，近年來，由於冰箱的普及使用，有的家庭儲存大量的肉食品及疏萊，過久的儲存使食物變質，食用後引起腸道菌群失調，造成嘔吐，腹瀉，有地出現精神不集中甚至精神恍惚。
臨床常見腸道菌群失調症狀類型如下：
㈠白色念珠菌性腸炎：是腸道菌群失調症最常見的一種，多見於瘦弱的嬰兒，消化不良，營養不良，糖尿病，惡性腫瘤，長期應用抗生素或激素的患者。
㈡葡萄球菌性腸炎：多見於長期應用抗生素（四環素類，氨苄青黴素等），腎上腺皮質激素和進行腸道手術的老年患者或慢性病患者。
㈢產氣莢膜杆菌性急性壞死性腸炎：產氣莢膜杆菌所產生的β黴素可引起急性壞死性腫瘤，消耗性疾病，以及使用抗生素，皮質激素等情況下最易發生感染。
