重疊綜合征的病因和發病機製尚不清楚，其可能的發病原因及作用機製如下所述。
一、發病原因
1、西醫：病因尚不清楚，但是主要與免疫功能異常、環境因素和遺傳背景相關。
2、中醫：內因是陰陽氣血失衡。
二、發病機製
1、西醫：發病機製還清楚，可能是一種結締組織病向另一種結締組織病轉化的過程。
2、中醫：氣血運行不暢、氣滯血瘀、經絡阻隔。熱毒之邪（可為病毒、細菌、藥物或風寒濕邪熱化)侵及多髒。 陰陽氣血失調為本，毒熱、寒濕、風邪為標。
重疊綜合征主要並發心血管疾病、中樞神經係統損害和腎衰，發病嚴重者可死亡。此外尚可與其他自身免疫病如慢性甲狀膽狀腺炎、自身免疫性溶血性貧血等重疊。
重疊綜合征雖可在所有結締組織病及其邊緣病間重疊組合，實際上所見到的病例以係統性紅斑狼瘡、多發性肌炎/皮肌炎和係統性硬皮病間的重疊為主。
1、係統性紅斑狼瘡與係統性硬皮病重疊
病初常表現為係統性紅斑狼瘡，以後出現皮膚硬化、吞咽困難及肺纖維化等表現。一般麵部紅斑發生率較單純係統性紅斑狼瘡低，雷諾現象發生率高。抗dsDNA效價較低，狼瘡細胞陽性率低。抗核抗體（ANA）呈高效價、高陽性率，成分為抗可溶性抗原（ENA）抗體，熒光核型呈斑點型。
2、係統性紅斑狼瘡與多發性肌炎重疊
除係統性紅斑狼瘡表現外，還有近端肌無力、肌痛及壓痛、萎縮及皮下硬結。血清ANA陽性率高，狼瘡細胞檢出率低。低補體血症、高γ球蛋白血症。血清肌漿酶如CPK、LDH及醛縮酶等增高，24小時尿肌酸排出量增加。
3、係統性紅斑狼瘡與類風濕關節炎（RA）重疊
除係統性紅斑狼瘡症狀外，還有關節炎、關節畸形等RA的表現。血清類風濕因子（RF）及RA特異性抗體（抗環狀瓜氨酸、抗角蛋白、抗核周因子等）可陽性。
4、係統性紅斑狼瘡與結節性多動脈炎（PAN）重疊
係統性紅斑狼瘡與PAN重疊時，除係統性紅斑狼瘡表現外，有沿血管分布之皮下結節及腹痛，腎損害較單一係統性紅斑狼瘡時更重，肺部及中樞神經係統受累多見。常見嗜酸性細胞增高，γ球蛋白高，但狼瘡細胞陽性率低。
5、係統性硬皮病與多發性肌炎/皮肌炎重疊
病人有近端肌無力、肌痛、關節痛、食管運動減慢及肺纖維化等改變。硬皮病改變常局限於四肢，毛細血管擴張及肢端潰瘍少見。血清Ku、PM-Scl-70和U1RNP抗體陽性為其特征。
6、其他
各種形式重疊均可變化，通常結締組織病與其近緣病重疊最常見者為幹燥綜合征，其他為貝赫切特綜合征、脂膜炎等。
重疊綜合征關鍵是預防各結締組織病的發生注意健康，做好安全防護，減少和避免不良因素的刺激及意外傷害，可以起到一定的預防作用另外，早發現、早診斷、早治療也是本病預防和治療的關鍵萬一發病，應積極治療，主動幹預，防止並發症的出現
重疊綜合征的檢查包括血清學、尿液、活檢及肌電圖等，其具體表現依據不同的類型，檢查結果有所不同，其具體檢查如下所述。
一、係統性紅斑狼瘡（SLE）和原發性幹燥綜合征（PSS）典型重疊綜合征（OCTD）
1、係統性紅斑狼瘡與係統性硬皮病重疊
（1）γ球蛋白增高，免疫球蛋白增高。
（2）狼瘡（LE）細胞陽性率低。
（3）抗核抗體（ANA）陽性呈高滴度。
（4）抗DNA抗體陽性率低且為低滴度。
（5）與單純SLE不同，熒光抗體類型為斑點型。
2、混合性結締組織病（MCTD）
（1）抗RNP抗體陽性呈高滴度（>1：1024）。
（2）抗狼瘡細胞抗體（抗Sm抗體）陰性。
（3）ANA陽性，呈斑點型。
（4）免疫病理學示皮膚表皮棘細胞核熒光染色體陽性。
二、SLE和多發性肌炎（PM）[糖尿病（DM）]的OCTD
1、尿肌酸及血清酶活性[穀草轉氨酶（GOT）、穀丙轉氨酶（GPT）、乳酸脫氫酶（LDH）、 肌酸激酶（CK），醛固酮（ALD）]明顯增高。
2、ANA陽性及LE細胞陽性離高。
3、肌電圖異常。
三、SLE和類風濕關節炎（RA）的OCTD具有以下特征
1、LE細胞多數陽性。
2、ANA陽性，多為斑點型。
3、血清類風濕因子（RF）大部分陽性。
四、SLE和結節性多動脈炎（PN）的OCTD
1、除有OCTD的一般免疫學異常外，血白細胞減少不明顯，常伴有嗜酸性粒細胞增加。
2、部分尚有乙肝表麵抗原（HBsAg）陽性。
五、SLE和血栓性血小板減少性紫癜（TTP）的OCTD
1、除有SLE一般免疫學改變外，可有正細胞正色素性貧血，血小板明顯減少。
2、抗人球蛋白試驗陽性。
重疊綜合征患者飲食宜清淡且富於營養，同時注意膳食平衡。多吃新鮮蔬菜和水果。新鮮的蔬菜和水果含有大量人體所需的營養成分。多吃提高機體免疫力的食物以提高機體抗病能力。骨折後可以吃些豬蹄湯、牛腱子等。盡量不吃刺激性的食物如酒、薑、辣椒等，以免病情反複發作。減少運動。
重疊綜合征在中醫上要進行標本兼治，其具體治療方法如下所述。
一、以益氣陰、調氣血、活血化瘀通絡治其本，清熱解毒疏風祛濕，抗敏治其標。
1、雷公藤類製劑有活血、清熱、消腫作用，對水腫性炎症性皮損、關節炎、關節痛有較好的改善作用。但該藥用之不當或應用時間較長或患者已有肝腎損害，會招致患者發生藥源性疾病而死亡，應引起警惕。近年來國內報道該藥中毒的病例與日俱增，故應用時宜十分謹慎。
2、丹參有活血、養血、通絡作用，對肢端循環障礙、皮膚軟、調經等有較好改善功能。
3、活血化瘀複方中的赤芍、川芎等對皮膚硬化、關節損害有一定的治療作用。如川芎的抑製纖維蛋白形成，丹皮的抗炎、止血，益母草的抗血栓形成，桃仁的抗變態反應，赤芍的調節神經。這些藥物的作用均可能對混合性結締組織病（MCTD）起不同的療效。血瘀僅為MCTD表現之一，因此單一活血化瘀不能治愈MCTD，應結合病因、病機、病理生理進行中西醫結合治療，才有可能治愈。
二、合並幹燥合征的中醫治療
病係陰虛體質，燥盛不已，蘊釀成毒，煎灼津液更益其燥，緩慢積累而成。病由咎之於"虛、痹、瘀"。肝腎兩髒為其根蒂，治療以滋陰潤燥為基本治則，可用增液湯之類。滋陰潤燥還可與其他治法配合應用。如潤燥養血活血、用生血潤膚飲等；潤燥清營解毒用三紫湯（紫草、紫竹根、紫丹參)、犀角地黃湯加減；潤燥養目用杞菊地黃類。但解毒清燥宜始終貫串，可試用土茯苓、生甘草、綠豆、磁石、紫草等。
其他生津養陰法也可合用或選用，尤其是健脾生津、酸甘化陰、醒胃生津、活血生津等法。藥物如烏梅、生地、葛根、木瓜、生甘草、威靈仙、山楂、玄參等，清熱生津之藥如生石膏、黃芩之類。