真菌是慢性肉芽腫性關節炎的常見致病因子。各種真菌都可以引起骨關節病變。侵害筋骨係統的最常見真菌是粗球孢子菌、莢膜組織胞漿菌、皮炎芽生菌、申氏孢子絲菌和免疫機能障礙者的念珠菌、曲黴、隱球菌和組織胞漿菌等。真菌感染關節的方式，很少由血行性傳播感染，大多是由於鄰近關節的骨骼真菌性病灶，直接擴散到關節。孢子絲菌還可以經皮膚及皮下直接侵入關節。球孢子菌由呼吸道吸入肺，也可由皮膚微小損傷進入皮膚，引起原發性肺或皮膚感染。
真菌性關節炎中孢子絲菌的係統型，可並發肺和腦膜的感染。芽生菌可並發骨髓炎。球孢子菌在中下肺葉可並發2～3cm直徑的結節，半數有鄰近關節骨骼骨髓炎。
真菌性關節炎的多數病例表現為慢性無痛性關節炎。由於身體原有病變吸引著患者和家屬的注意力，關節部位的不適、腫脹、活動範圍減少、少量積液等症狀常被忽略。有時直到關節內的骨和軟骨出現不可逆損害時，才被注意到。真菌性關節炎的具體臨床特征如下。
1、念珠菌:念珠菌性關節炎主要發生於播散型念珠菌病患者，多見於膝關節，也有相當一部分患者為多關節受累。
2、孢子絲菌:臨床上將孢子絲菌病分為皮膚型和係統型兩類。皮膚型表現為結節、毛囊性膿皰、斑塊、疣狀、腫瘤狀損害及潰瘍。沿淋巴管向近側作帶狀傳播時，呈典型帶狀分布，皮膚損害為蠶豆大小的肉芽腫、結節、膿腫和潰瘍。係統型表現為肺和腦膜的感染，而最常見的是侵犯骨骼和關節。
孢子絲菌關節炎的受累關節以上下肢大關節較多，可以是單個或少數幾個關節受累，也可以是多關節，同時可有內髒及皮膚受累。關節炎呈亞急性或慢性過程，也可有周圍皮膚損害或竇道形成。
3、皮炎芽生菌：廣泛分布於自然界中，如土壤、木材中。本病發病過程常表現為急性發病，全身中毒症狀明顯，可有發熱、局部化膿及形成竇道。關節炎與皮膚和肺部損害常同時存在，受累關節多見於膝關節和踝關節，發病過程大多是由於經血源性感染引起芽生菌骨髓炎，再由骨髓炎延及關節，引起關節炎。
4、球孢子菌病：受累關節多為單關節，好發於踝關節、膝關節以及腕、肘關節，組織病理顯示化膿和肉芽腫相互交替出現。臨床表現與其他肉芽腫性關節炎類同，主要表現為關節疼痛、腫脹。X線攝片除軟組織腫脹外無明顯改變，少數有關節間隙狹窄。半數有鄰近關節骨骼骨髓炎，關節損壞過程緩慢，若不治療，最終也可造成關節永久性損壞。
真菌性關節炎的預防主要是消除或避免發病因素，改善生活環境空間，養成良好的生活習慣，防止感染，注意飲食衛生另外，注意鍛煉身體，增加機體抗病能力，不要過度疲勞、過度消耗易感人群要做好勞動保護
真菌性關節炎在滑膜和關節液中可找到致病真菌，滑膜組織培養比關節液培養陽性率高。如念珠菌病、孢子絲菌病的滑膜液病原菌培養大多是陽性。
X線攝片表現為骨質溶解或骨溶解和骨硬化同時存在，但X線表現很難與其他肉芽腫性關節炎相區別。如念珠菌病X線攝片檢查可見2/3患者鄰近關節處有骨髓炎。滑膜液病原菌培養陽性可以確立診斷。
真菌性關節炎的患者飲食要注意清淡，多吃蔬菜水果。注意不要吃肥膩、高脂肪食品，諸如動物內髒、風尾魚、鯽魚子、蟹黃、蜆、蛋類、魚肝油等。豬油、奶油、油條更應禁吃。患者還要注意忌吃海產品，如海魚、海參、海藻、紫菜等。
真菌性關節炎的治療通常使用兩性黴素B靜脈滴注和關節內注射，或用酮康唑、克黴唑口服。病灶清除是縮短治療時間和治愈關節炎的重要手段。根據不同的真菌治療情況有所不同。
1、念珠菌病治療：首先要去除患病誘因，再用兩性黴素B關節內注射和靜脈滴注，或者用酮康唑、克黴素口服。此外，也可以采用手術清除關節內病灶方法來治療。
2.、孢子絲菌病治療：據報道碘製劑療效較好。方法是10％碘化鉀溶液，口服，每天3g，若無不良反應，可增至每天6g，療程1～3個月。症狀於用藥2周左右改善，皮損消退需4～12周。兩性黴素B靜脈滴注或關節注射，配合以手術清除肉芽腫性滑膜效果可更好，也有用關節內碘化物注射治療的報道。
3、芽生菌關節炎：用兩性黴素B靜脈滴注和關節內注射，效果非常好。
4、球孢子菌病：治療播散性病例，強調兩性黴素B或酮康唑足量使用。手術切除肉芽腫結節，可縮短病程。