衣原體感染人體後，首先侵入柱狀上皮細胞並在細胞內生長繁殖，然後進入單核巨噬細胞係統的細胞內增殖。由於衣原體在細胞內繁殖，導致感染細胞死亡，同時尚能逃避宿主免疫防禦功能，得到間歇性保護。衣原體的致病機理是抑製被感染細胞代謝，溶解破壞細胞並導致溶解酶釋放，代謝產物的細胞毒作用，引起變態反應和自身免疫。
1、性傳播
性傳播是衣原體感染最為常見的原因，在性生活中如果不注意衛生，或者性夥伴過多，又或者性生活過於頻繁，是很容易造成衣原體感染的，而且還很有可能感染其它疾病，所以一定要保證性生活健康，禁止存在多個性夥伴。
2、間接傳播
衣原體感染的間接傳播途徑也非常的多，與患者公用毛巾、衣物等私人物品，或者使用患者使用過的器械，或者與患者共用一個遊泳池等，這些情況都有可能導致衣原體感染。所以女性朋友一定要注意私人物品不要共用，盡量不要與衣原體感染的患者接觸，這樣才能減少被感染的機會。
3、分娩
生育分娩是女性衣原體感染的重要原因之一，孕婦在分娩的時候容易患有沙眼衣原體生殖道感染，新生嬰兒通過陰道分娩可能會感染沙眼衣原體導致嬰兒很有可能會患有結膜炎和衣原體肺炎。沙眼衣原體女性生殖感染臨床最常見的就是宮頸內膜炎。
雖然男性較少會因為感染衣原體而出現並發症，但如果不加治理，病菌可能會令睾丸發炎疼痛，因而導致不育，若女性染有衣原體而處理不善，病菌可令盤腔發炎，引致不育，病菌又可以由孕婦傳染給胎兒，令胎兒的眼睛或肺部受到感染，男女患有衣原體可引致眼睛炎、關節炎及尿道發炎綜合症。
1、易並發附睾炎，表現為附睾腫大，變硬及觸痛，多為單側，部分衣原體尿道炎患者的抗沙眼衣原體抗體升高，可直接從附睾抽吸液中分離出沙眼衣原體。
2、累及睾丸可出現睾丸炎，衣原體尿道炎患者表現為睾丸疼痛、觸痛、陰囊水腫及輸精管變硬變粗。
3、衣原體尿道炎患者累及前列腺時可出現後尿道、會陰及肛門部位鈍痛或觸痛，可有性功能障礙，直腸鏡檢可觸及有壓痛的前列腺。如前列腺明顯腫大，可壓迫後尿道而出現尿流變細、排尿無力及尿流中斷等。
4、衣原體尿道炎還可以合並Reiter綜合征，即關節炎、結膜炎、尿道炎三聯症。
衣原體感染的症狀有很多，一般根據衣原體感染的以泌尿係衣原體感染為例，衣原體感染的症狀不限於尿道，可累及整個泌尿生殖器官，此類感染常因缺乏自覺症狀或症狀輕微而忽視了治療，造成傳染源而擴散，形成危害。女性衣原體感染的症狀比男性要多，其主要感染部位為宮頸，其後遺症多導致不孕症。
一、女性感染衣原體的症狀
1、女性感染衣原體不限於尿道，可累及整個泌尿生殖器官，此類感染常因缺乏自覺症狀或症狀輕微而忽視了治療，造成傳染源而擴散，形成危害，應及時使用歐沁斯治療。
2、女性衣原體感染的主要感染部位為宮頸，由此可垂直感染給新生兒，引起嬰兒眼結膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及陰道炎等，不及時治療也可導致不孕症。
3、可出現無症狀感染(缺乏症狀反應)，即缺乏自覺症狀，臨床表現為陰道有膿樣分泌物，亦可為粘液或漿液性。分泌物量較多(為中等量)，稍有臭味。陰道粘膜為正常顏色，但常伴有宮頸糜爛。
4、衣原體性宮頸炎：宮頸炎是女性感染衣原體最容易引發的疾病之一，當伴發宮頸炎時、患者常常出現宮頸發紅，有漿液或膿性分泌物增加、陰道內糜爛擴大，易於出血等症狀。鏡檢下陰道分泌物的“陰道清潔度”多為III度以上。沙眼衣原體主要侵犯宮頸的柱狀上皮細胞，而磷狀上皮細胞常不被侵犯，故陰道，宮頸局部沒有改變。衣原體性宮頸炎的主要症狀是白帶增多，不時出血及小腹部疼痛等一般症狀，無特異性表現，多因其性伴患有尿道炎而來院就診。
5、衣原體性輸卵管炎：衣原體性輸卵管炎多由宮頸炎並發引起，用腹腔鏡直接從輸卵管抽吸物標本中，約30％以上可檢測出衣原體，病情多數較輕、下腹部可有輕微疼痛，一般體溫不高，但血沉稍快。由於這種非典型症狀，使病人拖延就醫，往往引起子宮附件損害，形成輸卵管炎的後遺症，其最主要表現是輸卵管性不孕症。
6、部分患者可導致宮外孕、流產、不孕、死胎及新生兒死亡，但也有些病人除不孕外，可無任何症狀。
二、男性衣原體陽性症狀
出現在約1-3周或數月後，男性衣原體陽性主要表現為尿道內不適，刺痛及燒灼感，並伴有不同程度的尿頻、尿急、尿痛，尿痛較淋病為輕。尿道口輕度紅腫並有漿液或粘液膿性分泌物，稀薄而量少，長時期不排尿或早晨首次排尿前可見尿道口分泌物汙染內褲，並可見尿道口有“糊口”現象;分泌物少時，於晨起擠壓尿道才流出少量粘液。合並膀胱炎時可有血尿;無症狀性非淋菌性尿道炎，約30-40％病人症狀不典型或根本無症狀。約1/3左右的淋球菌尿道炎病人合並沙眼衣原體感染，淋病治愈後又出現尿道炎症狀，易誤診為慢性淋病或PPNG菌株感染。
衣原體陽性表現為附睾腫大，變硬及觸痛，多為單側，部分患者的抗沙眼衣原體抗體升高，可直接從附睾抽吸液中分離出沙眼衣原體;累及睾丸可出現睾丸炎，表現為睾丸疼痛、觸痛、陰囊水腫及輸精管變硬變粗;累及前列腺時可出現後尿道、會陰及肛門部位鈍痛或觸痛，可有性功能障礙，直腸鏡檢可觸及有壓痛的前列腺。如前列腺明顯腫大，可壓迫後尿道而出現尿流變細、排尿無力及尿流中斷等;本病還可以合並Reiter綜合征，即關節炎，結膜炎，尿道炎三聯症。
女性預防支原體感染，可以從以下方麵做起：
(1)積極鍛煉身體
平日要有計劃地鍛煉身體，睡眠時室內要保持空氣清新，溫度適宜自幼應開窗睡眠，至少應間接通風充分利用日光浴、空氣浴及水浴增強體質是防病的第一重要因素
(2)講衛生，避免交叉感染
不到人群密集、通風不良的影劇院、百貨公司、超市等處去盡量避免接觸患者，有病就近就醫，少跑大醫院，縮短侯診時間以往認為呼吸道疾病僅由呼吸傳播，近年已證實，接觸傳染是重要的傳播方式應特別提醒注意的是，不要讓小兒被動吸煙，被吸煙是增加小兒患呼吸道疾病的重要原因
(3)藥物預防
某些中西藥物可提高機體細胞及體液免疫功能，最好是在醫生指導下用藥
(4)注射疫苗
目前有些地方用減毒病毒疫苗，但尚不能普及應用，曾設計疫苗進行預防，但保護率僅50％，抗生素預防也無係統報告
生殖道衣原體感染的診斷需要依靠性接觸史、臨床表現和化驗檢查結果。當有典型的尿道炎、宮頸炎症狀時，診斷不難。但由於無症狀感染多見，化驗檢查顯得十分重要。
通過化驗可以確定病因，從而針對病因進行治療，並有助於對病人的性伴侶做治療以防止進一步傳播;還可發現無症狀感染者，有助於消除傳染源;在女病人中檢查並治療衣原體感染將能防止異位妊娠或不孕的發生。
1、血常規
周圍血白細胞計數一般正常，嗜酸性粒細胞增多。
2、x線檢查
衣原體肺炎胸片無特異性，多為單側下葉浸潤，表現為節段性肺炎，嚴重者呈廣泛雙側肺炎。沙眼衣原體肺炎胸片顯示雙側廣泛間質和肺泡浸潤，過度充氣征比較常見，偶見大葉實變。
3、直接塗片鏡檢
取咽分泌物、痰、呼吸道教膜或其他部位標本做塗片，進行GZmesa染色，原體染成紅色，始體染成深藍色。沙眼衣原體包涵體因含有糖原。801染色染成褐色。
4、快速抗原檢測
多采用單克隆抗體直接免疫熒光法檢測標本中的衣原體，還可應用2I-IsA法加入抗衣原體抗體、酶標抗體18G及底物進行比色定量檢測。這兩種方法簡便敏感。
5、衣原體分離肺炎衣原體培養
最好用Hela細胞或Hep一2細胞，一般取氣管或鼻咽吸取物作為臨床標本，及時接種。目前衣原體鑒定多采用Hela細胞或Hep一2細胞培養後通過特異性單克隆熒光抗體法(MFA)，該技術敏感性高，特異性強，如能早期采集標本，可在48h內獲得陽性結果。
6、血清學檢全采用補體結合試驗
著恢複期血清抗體效價比急性期血清效價增高 4倍或4倍以上，即有診斷意義，但無早期診斷意義。微量免疫熒光法(MrF)適用於沙眼衣原體。
7、PcR技術
普通PcR技術檢測肺炎衣原體特異性DNA，具有快速、簡便、特異的優點，敏感性高於細胞分離技術，但在檢測咽拭於標本中效果不夠理想。用套式PcR(nPcR)檢測可顯著提高其敏感性。
衣原體感染患者據不同的症狀，有不同情況的飲食要求，具體詢問醫生，針對具體的病症製定不同的飲食標準。
1、可多吃一些流食、清淡(如稀飯、米粥、燒青菜)的食物，平時還要多喝水或果汁(果汁要加水)，還可以吃瘦肉粥、魚肉粥等。
2、禁酒、不吃辛辣食物，多飲水。
3、保證水分的供給，可多喝酸性果汁如山楂汁、獼猴桃汁、紅棗汁、鮮橙汁、西瓜汁等以促進胃液分泌，增進食欲。
4、忌吃糯米，牛肉，狗肉，羊肉，羊髓，雞肉，雞蛋，鯽魚，鰻魚，楊梅，胡椒，肉桂，炒米，薄荷等等。
衣原體感染的治療需針對致病體進行藥物抗炎治療，在生物技術的配合下，針對支原體等進行準確深入的藥物滅殺，根除病原體。可用四環素、紅黴素、複方磺胺甲基異唑、氨苄青黴素等全身治療。對眼部感染可用利福平、四環素、紅黴素眼藥水滴眼。首選阿齊黴素250mg每日1次，連服7天，或用強力黴素100mg每日2次，連服7日。複方新諾明亦有效。
另外近年來新開發的對各領域的感染症廣泛使用的新藥喹諾酮類，在治療衣原體方麵臨床效果較好，其中常用的藥物有氧氟沙星（OFIX），環丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治療效果也較好。