等孢球蟲病由等孢球蟲感染寄生引起，具體致病原因如下：
1、貝氏等孢球蟲寄生在人十二指腸末端和近端空腸上皮細胞內。患者糞便中含有卵囊，為本蟲感染階段。卵囊呈長橢圓形，大小約為（20～33）μm×（10～19）μm。一端稍窄，呈瓶頸狀。囊壁內外兩層光滑透明。內層薄膜狀，外層較堅硬而通透性相對較低。新鮮排出的卵囊通常含有一個成孢子細胞，但有時亦可有兩個。當糞便排出後，成孢子細胞一分為二並分泌囊壁，形成大小約（7～9）μm×（12～14）μm的孢子囊。每個孢子囊經兩次分裂，最終形成4個子孢子和一團顆粒狀殘留體。子孢子細長如新月狀。因此，每個成熟的卵囊含有兩個孢子囊，每個孢子囊又含有4個子孢子。
2、等孢球蟲的生活史，包括裂體生殖、配子生殖和孢子生殖，前兩者在宿主體內進行。人誤食被成熟卵囊汙染的食物或飲水後，卵囊在小腸內受消化液作用破裂，子孢子逸出並進入小腸黏膜上皮細胞內發育為滋養體。滋養體經數次裂體生殖後產生大量裂殖子。裂殖體破裂釋放出裂殖子並侵入鄰近的上皮細胞內繼續其裂體生殖過程。大約1周後，部分裂殖子在上皮細胞內或腸腔中發育為雌、雄配子母細胞與雌、雄配子，經交配後形成合子並分泌囊壁發育為卵囊，在體內或隨糞便排出並繼續發育。
本病發病機製尚未闡明，蟲體侵入腸黏膜上皮並反複分裂，可導致腸黏膜損傷及糜爛，吸收功能減退。蟲體代謝產物也可能具有毒性作用。活組織檢查可見小腸黏膜上皮細胞破壞、黏膜絨毛萎縮，部分患者則表現為絨毛伸長並頂端變粗或局灶性纖毛低平。固有層有較多的膠原沉積，並可見大量嗜酸性粒細胞、單核細胞及淋巴細胞浸潤。黏膜上皮還可發現大量不同發育階段的蟲體。慢性患者腸黏膜絨毛常變短、隱窩加深；固有層除可見嗜酸性粒細胞外，還可見中性粒細胞浸潤。
等孢球蟲病並發症較為少見，但個別情況下可導致慢性腹瀉、水電解質紊亂、持續性或脂肪性腹瀉、體重減輕等，甚至可引起死亡。由於腸道粘膜損害，導致腹瀉嘔吐等等，均可導致水電解質紊亂發生，如果病情治療不及時，或重症患者可導致脂肪性腹瀉、營養不良、並發全身多器官衰竭等等，最終導致死亡。
等孢球蟲感染可持續數周乃至數年，大多症狀輕微，腹瀉為其主要症狀，大便以黏液便多見，嗜酸性粒細胞常大量存在，但中性粒細胞則罕見，腹瀉一天數次，但也有報告每天達二十餘次持續3～4天，周期性發作達數月之久，此外，患者常有腹部絞痛、發熱、惡心、嘔吐、食欲減退、體重下降等，少數患者有小腸吸收不良，特別是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪顆粒，國外“誌願者”實驗感染或實驗室工作人員意外感染者中，症狀以腹部不適、低熱、腹瀉多見，腹瀉始於感染後1周，持續5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可繼續10～20天，本病存在無症狀帶蟲者，但由於大便中卵囊常被遺漏，準確的無症狀帶蟲者數量無法確定。
等孢球蟲病的預防措施包括以下方麵：
1、不喝冷水，不吃生食和不潔瓜果
2、飯前便後要洗手、勤剪指甲
3、徹底煮熟食物，尤其是燒烤或進食火鍋時
4、教育小兒改掉吃手指、咬指甲的習慣
5、最好給兒童穿死檔內褲睡覺，以防止他們抓撓肛門
6、定期清洗玩具，或用005％的碘液擦洗玩具
7、加強水源管理，避免水源汙染
8、不隨地大小便，加強糞便無害化處理，不用新鮮糞便施肥
9、農村應推行糞便無害化處理，在田裏工作時須穿上鞋子
10、加強家畜管理，城市不養雞、鴨、鵝
11、托幼機構、學校應定期檢查糞便，及早發現寄生蟲病兒，以利徹底驅蟲
等孢球蟲病的化驗檢查：
1、取新鮮大便並經硫酸鋅漂浮濃集後鏡檢可以提高卵囊檢出率。等孢子球蟲卵囊透明度較高，在直接塗片中很容易遺漏，此時可將顯微鏡光圈縮小直至塗片中其他原蟲或細菌輪廓清晰。
2、糞便檢查方法簡單，結果直觀，一般在驅蟲治療排便中檢出。腸道寄生蟲病的診斷多依靠在糞便中找到蟲卵、原蟲滋養體和包囊，找到這些直接證據就可以明確診斷為相應的寄生蟲病和寄生蟲感染。
一、等孢球蟲病參考食療方
1、原料：真豆油60克，藕粉適量。
2、製作：取豆油60克，同適量新藕粉一同調成稀糊狀即可。
3、用法：以上為1日量，分3次燉溫後服食。
二、等孢球蟲病宜食用食物
1、可吃一些富有營養的食物，如雞蛋、豆腐、魚、新鮮蔬菜和水果等。
2、驅蟲後還應適當多吃一些動物肝髒和瘦肉等。
三、等孢球蟲病禁忌食物
1、忌油炸、香炒之物。這是由於這些食物入胃後，引起寄生蟲躁動不安、可導致腹痛。故油氽花生、油氽豆板、炸豬排、烤羊肉、炒花生、炒葵花子、小核桃等奇香之物不宜食之。如食後腹痛，可稍食米醋以安蟲。
2、忌油膩之物食入過分油膩之物會阻滯中焦脾胃，使其運化失職，積濕成熱，為寄生蟲在體內生存創造有利條件，故不宜過食油膩之品，如肥肉、蹄膀湯、過油的雞鴨湯、羊肉等。再則，傳統的驅蟲藥服用時必須忌食油膩。
3、忌不潔之物蟲症的成因是由於食入不潔之物，如蛔蟲卵汙染的蔬菜、瓜果，或薑片蟲的蚴蟲汙染了的水菱、荸薺、蓮藕，或有囊尾蚴而未煮熟的豬、牛肉等。
等孢球蟲病目前尚無特效治療。首選的治療藥物為磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（複方磺胺甲噁唑），成人患者2片/次，4次/d，連服10天後改為2片/次，2次/d，再服用3周。也有人主張磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（複方磺胺甲噁唑）2片/次，2次/d，連服5天即可。亦可用呋喃唑酮，100mg/次，4次/d，10天為一個療程；兒童6mg/（kg·d），分4次服，療程同成人。乙胺嘧啶加磺胺嘧啶、伯氨喹加氯喹等均有一定療效；但甲硝唑、四環素等似乎無效。