人類的肺炎衣原體感染是世界普遍性的。肺炎衣原體傳染途徑是通過呼吸道分泌物的人-人傳播。因此，在半封閉的環境如家庭、學校、軍隊以及其他人口集中的工作區域可存在小範圍的流行。肺炎衣原體的感染還可能與哮喘、冠心病及動脈粥樣硬化的發病、慢性阻塞性肺疾病的急性發作和惡化有關。目前，肺炎衣原體已是繼肺炎雙球菌和流感嗜血杆菌之後引起社區獲得性肺炎的主要病原體，與嗜肺軍團菌和肺炎支原體一起成為社區獲得性肺炎的三種非典型病原體，占社區獲得性肺炎的10％～20％。
肺炎衣原體肺炎常繼發細菌感染，伴心內膜炎、心肌炎等。患者體溫通常在37.8-38.5℃並伴有胃寒，但真正寒戰（如肺炎雙球菌肺炎患者）很少見。與流感非典型肺炎臨床表現不同的是，肺炎支原體肺炎患者的肌肉酸痛、胃腸道症狀很少見。與腺病毒肺炎區別是後者有時伴隨有腹瀉，但肺炎支原體很少有腹瀉。
肺炎衣原體感染的潛伏期為15～23天，可引起上呼吸道感染，如鼻竇炎、中耳炎和咽炎；也可引起下呼吸道感染，但以後者為主，如支氣管炎和肺炎。肺炎衣原體肺炎係衣原體肺部感染的主要形式，不同於鸚鵡熱肺炎，此病患者無病鳥接觸史，肺炎衣原體呼吸道感染多數表現為咽痛、發熱、咳嗽（幹咳為主）、胸痛、頭痛、不適和疲勞。受累的肺葉部位可聽到囉音，但再感染的患者呼吸道症狀往往較輕，且較少發展為肺炎，老年肺炎衣原體肺炎患者臨床表現可能較為嚴重，有時是致死性的，尤其是合並細菌性感染或存在慢性阻塞性肺疾病等基礎疾病時。
肺炎衣原體肺炎係人類呼吸道疾病，與動物宿主無關，所以按一般呼吸道感染疾病預防即可患者應注意休息，保持室內空氣流通，並給予足量的維生素、蛋白質，多飲水、少食多餐，保持呼吸道通暢酌情給予吸氧及其他對症治療注意合理的養氣潤肺，健脾疏肝，調整營衛
肺炎衣原體肺炎應該做衣原體培養、微量免疫熒光試驗及X線胸片等檢查，具體如下。
1、衣原體的培養：取鼻咽部或咽後壁拭子，氣管和支氣管吸出物，肺泡灌洗液等標本培養。
2、微量免疫熒光試驗（MIF）：是目前國際上標準的且是最常用的肺炎衣原體血清學診斷方法，除性病門診患者和娼妓特定人群外，肺炎衣原體肺炎的MIF血清學診斷可使用肺炎衣原體單一抗原，即不需要同時檢測沙眼衣原體和鸚鵡熱衣原體抗體，血清學診斷標準為：MIF試驗IgG≥1∶512和（或）IgM≥1∶32，在排除類風濕因子（RF）所致的假陽性後可診斷為近期感染，雙份血清抗體滴度4倍或以上升高也診斷為近期感染，1∶16≤IgG<1∶512為既往感染。
3、X線胸片：開始主要表現為單側肺泡浸潤，以後可進展為雙側間質和肺泡浸潤，肺炎衣原體感染複發較為常見，尤其抗生素治療不充分時，但較少累及呼吸係統以外的器官。
肺炎衣原體肺炎患者的飲食以清淡、易消化為主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意營養充足。此外，患者還需注意忌辛辣、油膩、生冷的食物。
肺炎衣原體肺炎的治療一般是抗生素治療，具體如下。
1、抗生素治療：肺炎衣原體感染的治療與肺炎支原體相似，簡單而有效，耐藥不多見。但與肺炎支原體肺炎治療不同處在於治療的時間要長，以防止複發和清除存在於呼吸道的病原體。
主要為抗生素治療，首選治療為紅黴素，每次0.5g，4次/d；或多西環素，首劑0.2g，以後每次0.1g，2次/d；或四環素（不用於孕婦和兒童），每次0.25～0.5g，4次/d；口服，療程均為21天。新生兒和嬰兒的用量為紅黴素每天40mg/kg，療程2～3周。一般用藥後24～48h體溫下降，症狀開始緩解。應當注意.即使用此療法，部分病例仍可複發。如果沒有禁忌，可進行第2療程治療。近年來，也有采用克拉黴素和阿奇黴素治療肺炎衣原體感染的報道，其中阿奇黴素的療效要優於克拉黴素，但臨床應用經驗尚少。其用法為克拉黴素，0.5g/次，2次/d，療程21天；阿奇黴素，第1天0.5g，後4天0.25g/次，2次/d。亦可應用利福平（0.15g/次，3次/d），羅他黴素（0.2g/次，3次/d），羅紅黴素（0.15g/次，2次/d）進行治療。肺炎衣原體對氟喹諾酮類也敏感，如氧氟沙星或托氟沙星（0.2g/次，2次/d）可用於成人患者的治療，但不推薦用於兒童。
2、注意事項：抗生素療程一定要充足，以防複發。如果紅黴素的劑量太小，或療程太短，常使全身不適、咳嗽等症狀持續數月之久。