肺炎衣原體感染之病原體為肺炎衣原體。1965年Grayston首次在一中國台灣兒童之結膜分泌物中，分離出一株與其他衣原體不同的衣原體，當時命名為TW（Taiwan）-183。1983年又在美國西雅圖1名急性呼吸道感染的大學生咽部分泌物中，分離出另一株衣原體而命名為AR-39（acuterespiratory-39），後經研究鑒定，發現此兩株實為同一種衣原體，其包涵體形態與鸚鵡熱衣原體類似，但其網狀體超微結構、單克隆抗體反應及DNA同源性均有別於沙眼及鸚鵡熱衣原體，1989年正式命名為TWAR，又稱肺炎衣原體，為衣原體屬中之第三種衣原體。
肺炎衣原體的形態與另兩種衣原體有不同，但近似鸚鵡熱衣原體，包涵體為致密卵圓形，不含糖原碘染色陰性。電鏡下原體典型為梨形，亦可呈多形性，平均直徑380nm，周圍原漿區較大；始體為球形，平均直徑510nm。
肺炎衣原體的主要外膜蛋白（MOMP）為主要結構蛋白，其最重要的是熱休克蛋白（HSP），是其重要的致病物質，尤其與血管內膜損傷及動脈粥樣硬化的形成密切相關。目前所知有兩個血清型。
組織培養較其他衣原體困難，可用Hela細胞、229細胞、HEP-2（人喉癌）細胞、McCoy細胞及MTED（人氣管上皮）細胞培養，其中HEP-2細胞最敏感。
鑒於本病病原體發現時間不長，發病機製尚不清。肺炎衣原體侵入人體後，主要引起單核巨噬細胞反應，肺泡巨噬細胞作為病原體貯存和傳播的載體，造成其在宿主體內的持續感染。在非人哺乳動物如小鼠及猴的實驗動物研究中發現，感染後多無症狀，大部分在2個月後出現肺部病變，主要表現為間質性肺炎，早期局部有多核細胞浸潤，以後則為巨噬細胞和淋巴細胞浸潤。可從肺部及脾髒分離出肺炎衣原體。其感染多為慢性，故與許多慢性感染有關，如冠心病、動脈粥樣硬化、慢性阻塞性肺病（COPD）、支氣管喘息、結節病及反應性關節炎等。
肺炎衣原體感染可並發上額竇炎、心內膜炎、心肌炎、腦膜炎等。患有支氣管炎、支氣管哮喘，原有支氣管哮喘的患者感染肺炎衣原體後，可加重病情，還可引起咽炎、鼻竇炎及中耳炎，此多與肺炎及支氣管炎同時存在病變一般均較輕，但即使應用抗生素治療病情恢複較慢，咳嗽及全身不適等症狀可持續數星期至數月。病情嚴重者可因原基礎疾病加重或因發生並發症如細菌感染而死亡。
肺炎衣原體感染患者的症狀根據其感染部位不同，症狀也不盡相同，具體如下：
1、急性呼吸係感染
急性呼吸係感染是其主要表現，如咽炎、喉炎、鼻竇炎中耳炎、支氣管炎及肺炎，以肺炎最常見，支氣管炎次之。老年以肺炎多見，20歲以下的青少年，則多為支氣管炎及上呼吸道感染。常以發熱、全身不適、咽痛及聲音嘶啞起病，數日後出現咳嗽，此時體溫多已正常。亦可引起支氣管炎、支氣管哮喘，原有支氣管哮喘的患者感染肺炎衣原體後，可加重病情。病情嚴重者可因原基礎疾病加重或因發生並發症如細菌感染而死亡。
2、傷寒型
少數患者表現為高熱、頭痛、相對緩脈及肝脾大，易並發心肌炎、心內膜炎和腦膜炎，重症患者出現昏迷及急性腎功能衰竭，表現類似重型傷寒
3、其他
本病可引起虹膜炎、肝炎、心內膜炎、腦膜炎及結節性紅斑等。是艾滋病、惡性腫瘤或白血病等疾病發生繼發感染的重要原因。近年來發現，肺炎衣原體感染在COPD中常見。且發現COPD患者肺炎衣原體特異性抗體陽性率明顯高於健康人群。尤其是>50歲的COPD患者4％以上的急性發作與肺炎衣原體感染有關。
肺炎衣原體感染的預防包括講究衛生級合理應用抗生素，具體如下：
1、講究集體和個人衛生，應強化對環境公共衛生的管理和監督
2、合理地服用奏效的抗生素，務期盡快地達到根治，以防病程遷延，轉為慢性或長期帶菌
3、目前尚無疫苗肺炎衣原體感染大多無症狀或輕微，隱性感染高達90％，無需住院治療年大體弱多病者偶見死亡病曆注意日常的增強體質
肺炎衣原體感染應該做血象、病原學檢查及免疫學檢查等，具體如下。
一、血象
患者血白細胞計數多正常，重症患者可升高，血沉多增快。
二、病原學檢查
病原學檢查是確診本病的可靠方法，臨床診斷不常用。
1、直接塗片：塗片後用Giemsa或免疫熒光單克隆抗體染色，檢測肺炎衣原體包涵體及原體，方法簡便，但陽性率低。
2、組織培養法：雞胚卵黃囊接種因檢出陽性率低已少用，可用細胞培養法，取咽拭子或采集下呼吸道標本，用HEP-2細胞（喉癌細胞）或Hela229細胞培養24h，再用肺炎衣原體特異性單克隆抗體染色，檢測特異性包涵體，方法較繁雜，且較其他衣原體檢出率低。
三、免疫學檢查
1、直接免疫熒光法：用肺炎衣原體單克隆抗體染色，直接免疫熒光法檢測肺炎衣原體抗原，方法特異敏感且快速簡便。
2、微量免疫熒光（MIF）法：檢測肺炎衣原體抗體，特異性IgM滴度≥1∶16和（或）IgG≥l∶512或雙份血清滴度4倍以上升高者，均可診斷急性感染，如IgM≤1∶16或IgG≤1∶512，則為既往感染，本方法特異性敏感性均較高，且可用於區分原發感染和再感染，是目前最常用且最敏感的血清學方法，但要排除血循環中類風濕因子的影響。
3、補體結合抗體檢測：滴度≥l∶64和（或）雙份血清滴度4倍以上升高者，均可診斷急性感染，但不能用於早期診斷，亦不能區分為哪種衣原體感染。
四、PCR法
檢測肺炎衣原體DNA，敏感性更高，且可和其他種衣原體區分，其特異性敏感性高於其他方法，據統計，PCR法檢出率為50％～55％，而直接免疫熒光法及塗片法分別為24％～27％和6％～10％，用連接聚合酶鏈反應（LCR）檢測，可進一步提高靈敏性及檢出率，但尚未在臨床應用，據報告，PCR-EIA法是一種快速，簡便的酶免疫測定法，能提高PCR對肺炎衣原體DNA的擴增檢測效率，優於PCR法，更優於培養法。
五、肺部X線檢查
肺部X線檢查呈非典型肺炎表現，常為單側階段性肺炎表現，嚴重者病變廣泛甚至波及雙肺，可伴有胸膜炎或胸腔積液。
肺炎衣原體感染患者可多吃一些流食、清淡（如稀飯、米粥、燒青菜）的食物，平時還要多喝水或果汁（果汁要加水），還可以做點瘦肉粥、魚肉粥之類的。
肺炎衣原體感染的病原治療同另兩種衣原體感染，對四環素類、紅黴素及氟喹諾酮類藥物均極敏感，對磺胺耐藥，故常用四環素或紅黴素，2g/d，分4次口服。亦可用多西環素（doxycyc1ine）0.1g/次，2次/d，療程>3周。孕婦、哺乳期婦女及兒童禁用四環素和喹諾酮類藥物。兒童（包括嬰幼兒）可用克拉黴素（克拉紅黴素），有較好的療效。部分病例停藥後可複發，尤其是用紅黴素治療者，再用四環素或多西環素治療仍有效。近年來發現新型大環內酯類抗生素的阿奇黴素，在體外藥敏試驗對肺炎衣原體呈高敏反應，易進入細胞內，細胞內濃度是血濃度的200％，半衰期長，成人1g/次，1次/d，頓服，具高效和低胃腸道反應的優點。有報告認為阿奇黴素聯合利福平是本病最佳治療方法。另經多中心臨床試驗證實，對3～12歲兒童用克林黴素15mg/（kg·d）、紅黴素50mg/（kg·d）或阿奇黴素10mg/（kg·d）均有效。