生殖器皰疹約85％～90％由2型單純皰疹病毒（HSV-2）引起，10％～15％由1型單純皰疹病毒（HSV-1）引起。HSV是一種DNA病毒，核心為線狀雙鏈DNA，分子量為160×10Da，其外為一立體對稱20麵體的蛋白質衣殼，由162個殼粒所組成。衣殼外是脂質被膜。HSV基因組編碼病毒特異的核心蛋白及結構蛋白，包括存在於病毒表麵的糖蛋白，它們能誘導機體產生中和抗體。兩型HSV相關糖蛋白中除HSV-1的gC和HSV-2的gG具有特異性抗原決定簇外，其它結構基本相似，所產生的抗體在型間有交叉反應性。HSV基因組還編碼非結構蛋白，如胸苷激酶（TK）、DNK聚合酶等，它們對病毒的複製是很重要的。由於這些病毒酶不同於細胞酶，一些能選擇性抑製病毒酶的抗病毒藥物如阿昔洛韋，就是據此而研製出來的。
原發性生殖器皰疹都是通過與皰疹病毒感染者通過性交直接接觸感染，HSV經過皮膚黏膜輕微的擦傷或裂口侵入上皮細胞，並在其中複製、繁殖，引起細胞的氣球變性及壞死，炎性細胞的浸潤等炎症反應，並刺激機體的免疫反應。侵入機體的病毒沿外周感覺神經向上進入脊髓背根的感覺或運動神經節，建立潛伏感染，潛伏感染是生殖器皰疹複發的根源。潛伏病毒的激活與病毒的胸苷激酶等和機體的免疫與非免疫因素有關。潛伏的病毒受激活後，沿周圍神經軸索下行至皮膚和黏膜，引起複發。
生殖器皰疹在臨床上容易合並播散性皰疹、皰疹性腦膜炎、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經根疾病等一係列並發症。在艾滋病流行的地區，該病還可增加艾滋病病毒感染的危險性。因為勞累，機體抵抗力急劇降低，誘發生殖器皰疹播散性皰疹、皰疹性腦膜炎引起死亡。
生殖器皰疹與宮頸癌發生關係密切，據研究，宮頸癌患者中hsv-2的抗體陽性率明顯高於正常人群。可促進慢性疾病癌變。如肺癌手術後發現皰疹複發，反推過去為皰疹促使之形成。如果有其他疾病纏身如慢性活動性潰瘍、結腸炎直腸炎、慢性乙肝丙肝，可能在生殖器皰疹的影響下並發腫瘤，如直腸癌、肝癌。
生殖器皰疹也可能是導致女性習慣性流產以及男性不育的重要因素。此外，生殖器皰疹誘發病毒性前列腺炎，臨床經常看到；還可以合並難治性皰疹性尿道炎、難治性女性陰道炎與盆腔炎。
生殖器皰疹HSV感染後潛伏期平均約4～5日，外陰患部先有灼熱感，旋即發生成群丘疹，可為一簇或多簇，繼之形成水皰，數日後演變為膿皰，破潰後形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，最後結痂自愈，病程約2～3周。皮損多發於男性的包皮、龜頭、冠狀溝和陰莖等處，偶見於尿道口；女性則多見於大小陰唇、陰蒂、陰阜、子宮頸等處，亦見於尿道口。原發性生殖器皰疹往往伴有全身不適、低熱、頭痛等全身症狀，局部淋巴結腫大。本病常複發，複發性生殖器皰疹較原發者輕，損害小，往往無全身症狀。男性同性戀可出現肛門直腸HSV-2感染，其發病率僅次於淋球菌所致的肛門直腸炎，臨床表現為肛門直腸疼痛、便秘、分泌物增加和裏急後重，肛周可有皰疹性潰瘍，乙狀結腸鏡檢常見直腸下段粘膜充血、出血和潰瘍。
原發性生殖器皰疹
原發性生殖器皰疹潛伏期2~10日，平均為6日。發病部位男性為包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖，偶可見於尿道、前列腺和精囊，同性戀者可發生於肛門、直腸；女性則為外陰、大小陰唇、陰蒂、陰道、宮頸，也可發生於肛門、直腸及尿道。原發性感染的症狀往往比較嚴重，水皰出現前接種部位常先有灼熱、瘙癢或感覺異常，女性白帶增多，隨之局部出現淡紅色斑或丘疹，在此基礎上迅速出現芝麻至綠豆大群集性緊張水皰，皰液開始較清，逐漸可變成混濁甚至膿性。皰壁較薄，易破潰形成潰瘍麵較大，自覺疼痛，觸動後更明顯。
複發性生殖器皰疹
複發性生殖器皰疹常發生於原發性生殖器皰疹後1~3個月內。由HSV-2感染引起者複發率較高，發作的頻率也較高。第1次感染後1年內約60％的患者複發，第1年的發作次數為4~6次，有些多達10次以上。複發性生殖器皰疹的症狀比原發性生殖器皰疹輕。複發性生殖器皰疹可合並骶骨神經根病，表現為臀部或股部疼痛或感覺異常、尿瀦留、陰莖不能勃起等。其它合並症還有直腸炎、前列腺炎、尿道炎綜合征等。婦女發生宮頸癌的危險性比一般婦女大5-10倍。
生殖器皰疹是HSV病毒感染引起的性傳播疾病第一次Ⅱ型皰疹病毒感染後一年內將近60％患者複發，第一年可複發4~6次以後次數減少
生殖器皰疹目前尚無特異性預防方法，動物實驗表明，接種HSV死疫苗或減毒活疫苗均有免疫效果，因此病毒與某些癌症的關係密切，故不作常規預防使用
Ⅱ型皰疹病毒會潛伏在脊神經節處，病毒目前還沒有特效藥因此當身體抵抗力下降時病毒就會在神經節處大量複製繁殖，然後沿神經束到達原先皮損部位再次發病以下措施可以預防生殖器皰疹：
1、避免不潔性交及不正當的性關係，活動性生殖器皰疹患者禁止與任何人發生性關係；
2、治療期間禁行房事，必要時配偶亦要進行檢查；
3、對局部損害的護理，應注意保持清潔和幹燥，防止繼發感染；
4、治愈後或有複發者，要注意預防感冒、受涼、勞累等誘發因素，以減少複發
5、陰莖套可能減少疾病的傳播，尤其是在無症狀排毒期，但出現生殖器損害時，使用陰莖套也不能避免傳播
目前診斷生殖器皰疹主要靠病史、症狀和體征。在一些有條件的大醫院可做病毒分離，用免疫熒光檢查病毒包涵體，電鏡檢查病毒顆粒，酶聯免疫吸附試驗或放射免疫測定檢測病毒抗原。生殖器皰疹的實驗室檢查如下：
1.細胞學檢查：從皰底或潰瘍麵刮取少量組織作塗片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可檢出HSV感染具特征性的多核巨細胞內的嗜酸性包涵體，但不能區別HSV感染或水痘-帶狀皰疹病毒感染，敏感性僅為病毒分離的60％。
2.抗體檢測法：常用蛋白印跡法，也可用gD2作抗原檢測HSV-2抗體，具有敏感性高且能區分HSV-l和HSV-2的優點。
3.抗原檢測法：如PCR檢測皮損HSV的DNA，敏感性和特異性高，能大大提高生殖器潰瘍患者中HSV確診的能力，但費用昂貴，且受操作技術和實驗室條件及設備的影響，容易出現假陽性，故用於臨床診斷其準確性受影響。
對於生殖器皰疹患者，必要的忌口是防止複發的必要條件。常吃辛辣發物、抽煙、飲酒都對生殖器皰疹的康複不利，特別是飲酒可促使本病複發，加重本病的症狀，所以，患病後一定不要飲酒。
多吃富含維生素、蛋白質的食物有助於疾病的康複，如新鮮的蔬菜、水果及牛奶、雞蛋等。
杜絕不良性生活，性伴侶也要同時治療，避免交叉感染。
生殖器皰疹的治療，目前還有很多問題沒有解決，治療還不能徹底清除病毒，阻止疾病的複發。目前治療分一般性治療、抗病毒治療，具體如下。
一、一般治療
1、保持局部清潔、幹燥及皰壁完整。可每天用等滲生理鹽水清洗，疼痛者可口服止痛藥，給予精神安慰。
2、並發細菌感染者，可外用抗生素藥膏。
3、局部疼痛明顯者，可用5％鹽酸利多卡因軟膏或口服止痛藥。
4、精神安慰，說明複發的原因和如何治療及處理。
5、女性複發性生殖器皰疹須作婦科檢查以排除子宮頸癌。
二、抗病毒藥治療
1、無環鳥苷：被認為是目前最有效的抗HSV藥物。病情嚴重者可靜脈給藥，劑量為每公斤體重5mg，每8小時1次，共5～7天。一般患者可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。
2、三氮唑核苷：是一鳥嘌呤核苷的類似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能減輕疼痛和縮短病程。
3、免疫刺激劑：口服左旋咪唑有一定的療效，但有報告效果不太肯定，體外發現幹擾素對HSV有抑製作用，臨床治療作用尚在研究中。