鼠疫杆菌侵入皮膚後，靠莢膜、V/W抗原吞噬細胞吞噬，先有局部繁殖，隨後又靠透明質酸及溶纖維素等作用，迅速經有淋巴管至局部淋巴結繁殖，引起原發性淋巴結炎（腺鼠疫）。淋巴結裏大量繁殖的病菌及毒素入血，引起全身感染、敗血症和嚴重中毒症狀。脾、肝、肺、中樞神經係統等均可受累。病菌播及肺部，發生繼發性肺鼠疫。病菌如直接經呼吸道吸入，則病菌先在局部淋巴組織繁殖。繼而播及肺部，引起原發性肺鼠疫。
在原發性肺鼠疫基礎上，病菌侵入血流，又形成敗血症，稱繼發性敗血型鼠疫。少數感染極嚴重者，病菌迅速直接入血，並在其中繁殖，稱原發性敗血型鼠疫，病死率極高。
鼠疫基本病變是血管和淋巴管內皮細胞損害及急性出血性、壞死性病變。淋巴結腫常與周圍組織融合，形成大小腫塊，呈暗紅或灰黃色；脾、骨髓有廣泛出血；皮膚粘膜有出血點，漿膜腔發生血性積液；心、肝、腎可見出血性炎症。肺鼠疫呈支氣管或大葉性肺炎，支氣管及肺泡有出血性漿液性滲出以及散在細菌栓塞引起的壞死性結節。
敗血症型鼠會並發突然高熱或體溫不升，神誌不清，譫妄或昏迷。皮膚粘膜大麵積出血、鼻衄、嘔吐、便血或血尿、Dic和心力衰竭，多在發病後24小時內死亡，很少超過3天。病死率高達100％。因皮膚廣泛出血、瘀斑、紫紺、壞死，故死後屍體呈紫黑色，俗稱“黑死病”。
敗血型鼠疫又稱暴發型鼠疫。可原發或繼發。
原發型鼠疫因免疫功能差，菌量多，毒力強，所以發展極速。常突然高熱或體溫不升，神誌不清，譫妄或昏迷。無淋巴結腫。皮膚粘膜出血、鼻衄、嘔吐、便血或血尿、Dic和心力衰竭，多在發病後24小時內死亡，很少超過3天。病死率高達100％。因皮膚廣泛出血、瘀斑、紫紺、壞死，故死後屍體呈紫黑色，俗稱“黑死病”。
繼發性敗血型鼠疫，可由肺鼠疫、腺鼠疫發展而來，症狀輕重不一。
預防從嚴格控製傳染源做起1．管理患者發現疑似或確診患者，應立即按緊急疫情上報，同時將患者嚴密隔離，禁止探視及病人互相往來病人排泄物應徹底消毒，病人死亡應火葬或深埋接觸者應檢疫9天，對曾接受預防接種者，檢疫期應延至12天2．消滅動物傳染源 對自然疫源地進行疫情監測，控製鼠間鼠疫廣泛開展滅鼠愛國衛生運動旱獺在某些地區是重要傳染源，也應大力捕殺
預防從切斷傳播途徑做起1．滅蚤 滅蚤必須徹底，對貓、狗，家畜等也要噴藥2．加強交通及國鏡檢疫對來自疫源地的外國船隻、車輛、飛機等均應進行嚴格的國境衛生檢疫，實施滅鼠、滅蚤消毒，對乘客進行隔離留檢
預防從保護易感者做起1．預防接種自鼠間開始流行時，對疫區及其周圍的居民、進入疫區的工作人員，均應進行預防接種常用為EV無毒株幹燥活菌苗，皮膚劃痕法接種，即2滴菌液，相距3-4cm2周後可獲免疫一般每年接種一次，必要時6個月後再接種一次我國新研製的06173菌苗免疫動物後產生F1抗體較EV株效果高1倍2．個人防護進入疫區的醫務人員，必須接種菌苗，兩周後方能進入疫區工作時必須著防護服，戴口罩、帽子、手套、眼鏡、穿膠鞋及隔離衣接觸患者後可服下列一種藥物預防，四環素每日2g，分4次服；磺胺嘧啶每日2g，分4次服；或鏈黴素每日1g，分1～2次肌注，連續6天
敗血症型鼠疫的檢查包括血象檢查、尿檢查、大便檢查。血象檢查可見白細胞總數大多升高，常達20～30×109/L以上。初為淋巴細胞增高，以後中性粒細胞顯著增高，紅細胞、血紅蛋白與血小板減少。尿檢查可見尿量減少，有蛋白尿及血尿。大便檢查可見腸炎型者呈血性或粘液血便，培養常陽性。
細菌學檢查采淋巴結穿刺液、膿、痰、血、腦脊液進行檢查。塗片檢查用上述材料作塗片或印片，革蘭氏染色，可找到G－兩端濃染的短杆菌。約50～80％陽性。細菌培養檢材接種於普通瓊脂或肉湯培養基。血培養在腺鼠疫早期陽性率為70％，晚期可達90％左右。敗血症時可達100％陽性。動物接種將標本製成生理鹽水乳劑，注射於豚鼠或小白鼠皮下或腹腔內，動物於24～72小時死亡，取其內髒作細菌檢查。噬菌體裂解試驗 用鼠疫噬菌體加入已檢出的可疑細菌中，可看到裂體及溶菌現象。
血清學檢查（1）間接血凝 用F1抗原檢測患者或動物血清中F1抗體。F1抗體持續1～4年，故常用於流行病學調查及回顧性診斷。（2）熒光抗體染色檢查 用熒光標記的特異性抗血清檢測可疑標本。特異性、靈敏性較高。（3）其它 酶聯免疫吸附試驗，放射免疫沉澱試驗可測定F1抗體，靈敏性高，適合天大規模流行病學調查。
敗血症型鼠疫急性期應給患者流質飲食，並供應充分液體。流質食物是一種食物呈液體狀態、在口腔內能融化為液體，比半流質飲食更易於吞咽和消化無刺激性的食物。
流食適用於極度衰弱無力咀嚼食物的重症患者。如高燒，口腔、麵頰部及外科手術前後以及急性胃腸炎、食道狹窄等疾病患者。此種膳食隻能短期應用，作為過渡期的膳食。因為所供營養素均不足。
可用的食物有：
稠米湯，藕粉，杏仁茶，過蘿麥片粥；蒸蛋羹，蛋花湯，肉湯衝雞蛋，牛奶衝雞蛋；
各種牛奶及奶製品----奶酪，杏仁豆腐、酸奶、冰淇淋、可可牛奶，牛奶衝藕粉；
豆漿、過蘿豆湯；菜水，過蘿菜湯，西紅柿汁；
鮮果汁，煮果子水，果茶，果凍；
清雞湯，清肉湯，肝湯等。
凡確診或疑似鼠疫患者，均應迅速組織嚴密的隔離，就地治療，不宜轉送。隔離到症狀消失、血液、局部分泌物或痰培養（每3日1次）3次陰性，肺鼠疫6次陰性。
一般治療及護理：1．嚴格的隔離消毒患者應嚴格隔離於隔離病院或隔離病區，病區內必須做到無鼠無蚤。入院時對病人做好衛生處理（更衣、滅蚤及消毒）。病區、室內定期進行消毒，病人排泄物和分泌物應用漂白粉或來蘇液徹底消毒。工作人員在護理和診治病人時應穿連衣褲的“五緊”防護服，戴棉花沙布口罩，穿第筒膠鞋，戴薄膠手套及防護眼鏡。2．飲食與補液 急性期應給患者流質飲食，並供應充分液體，或予葡萄糖，生理鹽水靜脈滴注，以利毒素排泄。3．護理 嚴格遵守隔離製度，做好護理工作，消除病人顧慮，達到安靜休息目的。
病原治療：治療原則是早期、聯合、足量、應用敏感的抗菌藥物。1．鏈黴素 為治療各型鼠疫特效藥。成人首劑量1g，以後每次0.5g，每4小時1次，肌注，1～2天後改為每6小時1次。小兒20～40mg/kg/日，新生兒10～20mg/kg/日，分2～4次肌注。對嚴重病例應加大劑量，最初二日，每日4g，繼以每日2g，分4次肌注。鏈黴素可與磺胺類或四環素等聯合應用，以提高療效。療程一般7～10天，甚者用至15天。2．慶大黴素 每日24～32萬μ，分次稀釋後靜脈滴入，持續7～10天。3．四環素對鏈黴素耐藥時可使用。輕症者初二日，每日2～4g，分次口服，以後每日2g；嚴重者宜靜脈滴注，第1次0.75～1g，每日2～3g，病情好轉後改為口服。療程7～10天。4．氯黴素 每日3～4g，分次靜脈滴入或口服，退熱後減半，療程5～6天。對小兒及孕婦慎用。5．磺胺嘧啶 首劑5g，4小時後2g，以後每4小時1g，與等量碳酸氫鈉同服，用至體溫正常3日為止。不能口服者，可靜脈注射。磺胺隻對腺鼠疫有效，嚴重病例不宜單獨使用。
對症治療煩躁不安或疼痛者用鎮靜止痛劑。注意保護心肺功能，有心衰或休克者，及時強心和抗休克治療；有Dic者采用肝素抗凝療法；中毒症狀嚴重者可適當使用腎上腺皮質激素。對腺鼠疫淋巴結腫，可用濕熱敷或紅外線照射，未化膿切勿切開，以免引起全身播散。結膜炎可用0.25％氯黴素滴眼，一日數次。