針對病毒性心肌炎這種疾病，目前醫學上的治療方法有多種，其中一種就是使用藥物來治療，比如通常會使用到抗生素，還會使用抗病毒的藥物，使用能調節免疫功能的藥物等等。
1、抗生素
雖對引起心肌炎的病毒無直接作用，但因細菌感染是病毒性心肌炎的重要條件因子，故在開始治療時，均主張適當使用抗生素。一般應用青黴素肌注1～2周或400萬～960萬u/d靜脈滴注1周或克林黴素1.2g/d靜脈滴注1周，以清除鏈球菌和其他敏感細菌。
2、保護心肌
心肌炎時，自由基產生增多，而超氧化物歧化酶活性下降，自由基加重心肌細胞損傷。(1)維生素C具有保護心肌不受自由基和脂質過氧化損傷作用。用法：重症心肌炎患者，維生素C5g+5%葡萄糖注射液250ml，靜脈滴注，每日1次，療程1～2周。(2)輔酶Q10參與氧化磷酸化及能量的生成過程，並有抗氧自由基及膜穩定作用。用法：輔酶Q10片10mg口服，每日3次，療程1個月。(3)曲美他嗪通過抑製遊離脂肪酸β氧化，促進葡萄糖氧化，利用有限的氧，產生更多ATP，增加心髒收縮功能。用法：曲美他嗪20mg口服，每日3次，療程1個月。
3、抗病毒
近年來對原發病毒感染提出使用幹擾素或幹擾素誘導劑預防和治療心肌炎，與此同時，對其他抗病毒的藥物研究在繼續深化，並有新藥應用於臨床，如阿昔洛韋、更昔洛韋。李紅等研究結果表明，更昔洛韋有抗巨細胞病毒的活性，能明顯減少巨細胞病毒所誘導的細胞凋亡的發生。對中藥抗病毒的研究仍在繼續，如郭乃欖等研究發現大蒜素在體外能有效地抑製巨細胞病毒；李紅等在實驗中亦進一步證實了大蒜毒對巨細胞病毒臨床分離株的抑製作用。另外，其他一些中藥如大青葉、板藍根、連翹、虎杖等可能對病毒感染有效。
4、腎上腺皮質激素的應用
關於皮質激素的應用目前尚有爭論，多數認為：病程早期(即發病18天內)及輕症病例則不必使用；病情嚴重如心腦綜合征、心源性休克、Ⅱ度以上房室傳導阻滯、嚴重心力衰竭等應立即使用，病情緩解減量停藥；反複發作或病情遷延者，可能與自身免疫有關，故主張使用，一般病例口服強的鬆1～1.5mg/(kg.d)，3～4周，症狀緩解逐漸減量、停藥；嚴重病例使用氫化考的鬆8～12mg/(kg.d)或地塞米鬆0.2～0.4mg/(kg.d)靜脈滴注。
5、調節免疫功能
針對免疫情況選用免疫增強劑、轉移因子、胸腺肽針劑、幹擾素等。近年來研究的主要方向是，如何應用生物手段在病毒性心肌炎的早期進行有效治療，改善心肌病理改變，減少炎細胞浸潤，降低心肌纖維化程度，降低病死率。研究發現，中藥黃芪對提高免疫功能及改善心功能有益，葛根在治療病毒性心肌炎中亦有較好效果，在辨證組方中重用葛根，對緩慢性心律失常患者有提高心率的作用。
6、對症治療
出現心力衰竭者，按常規心力衰竭治療，但洋地黃用量偏小，貝那普利5～10mg或培哚普利2～4mg或咪達普利5～10mg口服，每天l次。心肌炎急性期不主張應用β受體阻滯劑，因其可降低心肌免疫力；但若有心髒擴大、心肌變薄等重構傾向時，即使急性期也應用。完全性房室傳導阻滯者，使用臨時體外起搏器，不能恢複者安裝永久心髒起搏器。根據心律失常情況選擇抗心律失常藥物治療。
