肛腸疾病在臨床有比較明顯的症狀：
1、瘙癢
肛門部皮膚由於膿液及其他排出物刺激，膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺皮膚瘙癢。肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成濕疹。
2、排膿
排膿是肛瘺的主要症狀。一般來說，新生成的瘺管排膿較多，膿汁粘稠，黃色、味臭;瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水;若膿量增加，則表示新瘺管生成。
3、膿腫
疼痛瘺管通暢無炎症時，一般無疼痛，隻有肛門局部略有腫脹感，行走時可加重，若外口封閉，瘺管存積膿液，或糞便進入瘺管，則會疼痛加重或排糞時疼痛加重，而內盲瘺則常感直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時疼痛加重。
4、劇烈腹痛、腹脹及嘔吐
常提示為急性便秘，應考慮有腸梗阻的可能。腸梗阻時，腹部聽診多可聞及腸鳴音亢進或聞及呈高調的金屬音，至晚期可發生腸麻痹。
5、硬結或瘢痕
瘺管壁及瘺口的反複刺激，使纖維組織增生，在管壁和瘺口形成質韌的結締組織，常表現為瘺管周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形，觸及條索狀硬結通向肛門內。
6、腹部或直腸、肛門內脹痛不適
解出堅硬而粗大的糞團後脹痛減輕，多提示為直腸性便秘;左下腹隱痛不適，解出呈栗子狀的堅硬糞團後，隱痛緩解，多提示結腸痙攣或腸易激綜合征。
7、腹瀉、臍周或下腹部隱痛
多提示為腸結核或腹腔內結核、克羅恩病、慢性潰瘍性結腸炎或腸易激綜合征等病變。
8、全身症狀
多數無全身症狀，當肛瘺侵犯範圍較大較深或支管較多時，反複炎症感染，會導致消瘦、貧血、便秘、排便困難等全身症狀。
9、腹部包塊
可能為結腸腫瘤、腹腔內腫瘤壓迫結腸、腸結核、克羅恩病(Crohn病)或腫大的淋巴結等。左下腹捫及活動度較大的索條狀或臘腸狀腸管時，應疑及是乙狀結腸痙攣。
