想要治療克羅恩，首先就要對這些疾病進行正確的診斷，而常見的診斷方法，就是通過臨床上的疑似表現進行診斷，或者是加上活檢提示CD的特征性改變排進而除腸結核。
① 具備臨床表現者可臨床疑診, 安排進一步檢查；
② 同時具備結腸鏡或小腸鏡(病變局限在小腸者) 特征以及影像學(CTE或MRE，無條件者采用小腸鋇劑造影) 特征者，可臨床擬診；
③ 如再加上活檢提示CD的特征性改變且能排除腸結核，可作出臨床診斷；
④ 如有手術切除標本(包括切除腸段及病變附近淋巴結) ，可根據標準作出病理確診；
⑤對無病理確診的初診病例，隨訪6～12個月以上，根據對治療反應及病情變化判斷，符合CD自然病程者，可作出臨床確診。如與腸結核混淆不清但傾向於腸結核者應按腸結核作診斷性治療8～12周，再行鑒別。
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