從現實生活來看，細菌汙染表現在多個方麵，其中最常見且危害性最大的主要表現在食品細菌汙染這方麵。食品一旦被細菌汙染極容易出現腐敗變質現象，再食用的話很容易造成中毒，還可能患上一些傳染性疾病，比如杆菌性痢疾等。
(一)導致食品腐敗變質：食品的腐敗變質泛指在以微生物為主的各種因素作用下，所發生的食品成分與感官性質的一切變化。這些變化往往是食品成分的降解伴隨著產生令人不愉快的色、香、味、形等感官性狀的變化，從而使食品降低或喪失營養價值與食用價值，是食品生產與經營中最常見的衛生問題之一。食品腐敗變質會導致食品的營養價值降低、食用價值降低甚至喪失，還可能會引起食物中毒，大多數微生物引起的腐敗具有明顯的感官性質改變，但有些芽孢杆菌引起的腐敗變質感官性質的變化不明顯，主要發生在發酵製品和罐頭食品中，由於產酸不產氣，而這些食品本身又帶有酸味，所以特征不明顯，容易被誤認為沒有問題，使用後則可能會引起食物中毒。
(二)誘發食物中毒：有的食品被致病菌汙染後，一方麵在適宜的溫度、水分、pH和營養條件下大量繁殖，使食品含有大量致病菌，當人體攝入一定數量的活菌後造成食物中毒;另一方麵有些汙染菌在食品中繁殖並產生毒素，引起食物中毒。
(三)引起食源性傳染病：有些致病菌如痢疾杆菌、傷寒杆菌等，在汙染食品後可在食品中存活一定時間，若食用前未采取殺菌措施，則可因食入活體致病菌而引起食源性傳染病。常見的通過食品傳播的細菌性傳染病有：痢疾、傷寒、霍亂等。
(四)造成經濟損失：無論因食品腐敗變質而造成的食品廢棄，還是誘發人類疾病都會伴隨著一定的經濟損失，據WHO統計，每年全球僅因食品腐敗變質而造成的經濟損失就多大幾百億美元。
食品細菌汙染的危害性質與程度取決於汙染食品的細菌種類和數量，如以雜菌為主的食品細菌汙染以引起食品腐敗變質為主;而當腸道致病菌汙染食品時可引起介食品傳播的傳染病或食物中毒。
