臨床上，有些疾病西醫西藥已有明確的療效，這類疾病以細菌感染性疾病為主，就可選擇直接看西醫(盡管說抗菌藥物的發明、發現才能算是現代醫學最成功的地方，但其造成的自然界微生物生態環境破壞，也已經越來越顯現出來它相反作用來)。但多數疾病西醫西藥都隻能起到短期內“控製”症狀的效果，許多疾病都還不明原因，當然也就沒有任何療效。對於大多數西醫療效不佳或無效的疾病，最好選擇中醫治療。
西醫西藥療效好的疾病，如細菌感染類疾病，臨床上多見有急性感染性的肺炎、急性腹膜炎、急性尿路感染、皮膚部位的各種化膿性感染性疾病、部分性傳播性疾病(梅毒、淋病、非淋菌性尿道炎等)、菌血症等等，因為西醫主要使用的抗菌藥物對此類疾病有很好的療效，且對病菌的治療也有針對性，故，建議選用看西醫為好。雖然中藥的療效也不錯，但因針對性不強，用藥又需要準確的辨證(因沒有相對客觀的指標，準確辨證需要較深厚的中醫臨床技能，而熟練掌握這些中醫的技能需要不少的臨床經驗積累)，沒有豐富臨床經驗的中醫師，較難做出正確辨證，故中醫已不在此治療類疾病的首選使用之列了。
中醫治療有優勢的疾病，如慢性前列腺炎，特別是慢性無菌性前列腺炎(也就是“前列腺功能失調症”)，目前看，西醫的治療效果還不理想，而中醫的治療更有針對性，效果也較好，所以，建議去看中醫男科;又如慢性萎縮性胃炎的治療，西醫也沒有什麼特別好的辦法，可去看中醫;還如偏頭痛那種病，西醫也沒有什麼好的治療辦法，而看中醫多能解決問題。還有許多慢性疾病，如老年癡呆、Ⅱ型糖尿病、白血病、各種腫瘤、男性不育、女性不孕、痛經、月經不調、重病之後的調理等，都是中醫的優勢所在。
